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- PDB-7lhb: Crystal structure of Bcl-2 in complex with prodrug ABBV-167 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lhb
タイトルCrystal structure of Bcl-2 in complex with prodrug ABBV-167
要素Apoptosis regulator Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / prodrug / ABBV-167
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / gland morphogenesis / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / ear development / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / regulation of nitrogen utilization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / oocyte development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of ossification / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of B cell apoptotic process / response to UV-B / response to iron ion / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / BH domain binding / organ growth / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / hair follicle morphogenesis / B cell lineage commitment / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / BH3 domain binding / regulation of calcium ion transport / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of anoikis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / behavioral fear response / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to glucose starvation / skeletal muscle fiber development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to glucocorticoid / ovarian follicle development / spleen development / positive regulation of B cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / post-embryonic development / axonogenesis / ossification / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / reactive oxygen species metabolic process / response to cytokine
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XZD / Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.068 Å
データ登録者Judge, R.A. / Salem, A.H.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: Expanding the Repertoire for "Large Small Molecules": Prodrug ABBV-167 Efficiently Converts to Venetoclax with Reduced Food Effect in Healthy Volunteers.
著者: Salem, A.H. / Tao, Z.F. / Bueno, O.F. / Chen, J. / Chen, S. / Edalji, R. / Elmore, S.W. / Fournier, K.M. / Harper, K.C. / Hong, R. / Jenkins, G.J. / Ji, J. / Judge, R.A. / Kalvass, J.C. / ...著者: Salem, A.H. / Tao, Z.F. / Bueno, O.F. / Chen, J. / Chen, S. / Edalji, R. / Elmore, S.W. / Fournier, K.M. / Harper, K.C. / Hong, R. / Jenkins, G.J. / Ji, J. / Judge, R.A. / Kalvass, J.C. / Klix, R.C. / Ku, Y.Y. / Leverson, J.D. / Marks, R.A. / Marsh, K.C. / Menon, R.M. / Park, C.H. / Phillips, D.C. / Pu, Y.M. / Rosenberg, S.H. / Sanzgiri, Y.D. / Sheikh, A.Y. / Shi, Y. / Stolarik, D. / Suleiman, A.A. / Wang, X. / Zhang, G.G.Z. / Catron, N.D. / Souers, A.J.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02022年4月13日Group: Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2
B: Apoptosis regulator Bcl-2
C: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0026
ポリマ－58,0673
非ポリマー2,9353
水3,693205
1
A: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3342
ポリマ－19,3561
非ポリマー9781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3342
ポリマ－19,3561
非ポリマー9781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3342
ポリマ－19,3561
非ポリマー9781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.362, 49.448, 89.359
Angle α, β, γ (deg.)90, 103.63, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19355.580 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-91 replaced with DVEENRTEAPEGTESE / 変異: A4P, R26K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: BCL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415
#2: 化合物 ChemComp-XZD / Phosphoric acid mono-[5-(5-{4-[2-(4-chloro-phenyl)-4,4-dimethyl-cyclohex-1-enylmethyl]-piperazin-1-yl}-2-{3-nitro-4-[(tetrahydro-pyran-4-ylmethyl)-amino]-benzenesulfonylaminocarbonyl}-phenoxy)-pyrrolo[2,3-b]pyridin-7-ylmethyl] ester


分子量: 978.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H53ClN7O11PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% w/v PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.068→60.61 Å / Num. obs: 32544 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.068→2.104 Å / Num. unique obs: 1588 / CC1/2: 0.733

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSBuilt 20191015データ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4LVT

4lvt


解像度: 2.068→60.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.167
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 1607 -RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2042 32544 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.3137 Å20 Å2-11.4027 Å2
2--9.9266 Å20 Å2
3---9.3871 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.068→60.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3383 0 201 205 3789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083699HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.815026HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1306SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes737HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3699HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion407SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3137SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.71
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3325 38 -
Rwork0.2689 --
obs0.2726 651 99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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