PDB-7lgl: Structural characterization of two b-KTx scorpion toxins. One of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lgl

タイトル

Structural characterization of two b-KTx scorpion toxins. One of them blocks human KCNQ1 potassium channels

要素

Potassium channel toxin TcoKIK

キーワード

TOXIN / B-KTx / NMR solution structure / scorpion toxins / cysteine-stabilized ab motif / TcoKIK / Beta-KTx14.3 / KCNQ1 / Kv7.1.

機能・相同性

Long chain scorpion toxin family / Long chain scorpion toxin, cysteine-stabilized alpha/beta domain / BetaSPN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / other organism cell membrane / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / membrane / Potassium channel toxin TcoKIK

機能・相同性情報

生物種

Tityus costatus (サソリ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

del Rio-Portilla, F. / Lopez-Giraldo, A.E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: b-KTx scorpion toxin blocks human KCNQ1 potassium channels
著者: del Rio-Portilla, F. / Lopez-Giraldo, A.E.

履歴

登録	2021年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lgl.cif.gz	287.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lgl.ent.gz	239.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lgl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/7lgl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hkr-d 1fxr-d 6l34-d 5hkn-d 7jl5-2 1lr8-d 2jnd-d 2dwy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30846Structural characterization of two b-KTx scorpion toxins. One of them blocks human KCNQ1 potassium channels

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Potassium channel toxin TcoKIK

5.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Potassium channel toxin TcoKIK 分子量: 5294.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tityus costatus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q0GY42
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1.2 mM TcoKIK, 95% H2O/5% D2O / Label: 1H_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 1.2 mM / 構成要素: TcoKIK / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Label: 1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	16	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	1.5	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	1.5	Keller and Wuthrich	peak picking

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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