+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lgc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MOAP1 CA-like C-terminal domain | ||||||
![]() | Modulator of apoptosis 1 | ||||||
![]() | APOPTOSIS / domesticated Gag | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding ...: / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zurowska, K. / Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural evidence that MOAP1 and PEG10 are derived from retrovirus/retrotransposon Gag proteins. 著者: Zurowska, K. / Alam, A. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 69.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 426.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.0850261478233, -0.996375649977, 0.0024735238471), (-0.99637026138, -0.0850149345878, 0.00433164337043), (-0.00410565751062, -0.0028328485516, -0.999987559195) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0850261478233, -0.996375649977, 0.0024735238471), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12427.097 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris 20% PEG 3350 3% hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 20575 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 18.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 18.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 713 / Rpim(I) all: 0.604 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 65.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Low resolution experimental model 解像度: 1.85→30.16 Å / SU ML: 0.2408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.6924 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30.16 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.806472204472 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|