PDB-7lfq: Pyrococcus RNA ligase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lfq

タイトル

Pyrococcus RNA ligase

要素

DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
RNA-splicing ligase RtcB

キーワード

LIGASE/DNA / RNA repair / LIGASE / LIGASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / RNA ligase (ATP) activity / intron homing / intein-mediated protein splicing / GMP binding / tRNA processing / manganese ion binding / endonuclease activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Goldgur, Y. / Shuman, S. / Banerjee, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2021
タイトル: Structure of 3'-PO 4 /5'-OH RNA ligase RtcB in complex with a 5'-OH oligonucleotide.
著者: Banerjee, A. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

履歴

登録	2021年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2022年6月29日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num
改定 2.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7lfq.ent.gz	168.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	7lfq_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/7lfq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dwrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pex-1 4dwr-1 4tz3-d 4dwr-2 4isj-2 5e9n-d 3qyh-2 4tyv-1 2fba-d 4isz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (13) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: RNA-splicing ligase RtcB

B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.379, 151.379, 82.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw

#1: タンパク質	RNA-splicing ligase RtcB / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase 分子量: 55801.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: rtcB, PH1602 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O59245, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APTPGPTPCPC)-3') 分子量: 1784.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Morpheus G6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 26802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 67.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 293064

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	11.1	1.311	1311	0.743	0.411	1.375	0.972	100
2.75-2.8	11	1.085	1291	0.799	0.342	1.138	0.963	100
2.8-2.85	10.8	0.915	1327	0.837	0.292	0.961	0.985	100
2.85-2.91	10.6	0.795	1310	0.87	0.255	0.836	1.01	100
2.91-2.97	10	0.628	1324	0.923	0.208	0.662	1.015	100
2.97-3.04	9.1	0.484	1307	0.936	0.168	0.513	1.011	100
3.04-3.12	9.1	0.405	1312	0.963	0.14	0.429	1.029	100
3.12-3.2	10.9	0.336	1335	0.977	0.106	0.353	1.031	100
3.2-3.3	12	0.258	1326	0.986	0.077	0.27	1.062	100
3.3-3.4	12.2	0.207	1307	0.991	0.062	0.216	1.096	100
3.4-3.52	12	0.162	1342	0.995	0.049	0.169	1.156	100
3.52-3.66	12	0.114	1325	0.997	0.034	0.119	1.151	100
3.66-3.83	11.9	0.092	1336	0.998	0.028	0.096	1.165	100
3.83-4.03	11.7	0.07	1335	0.999	0.021	0.073	1.182	100
4.03-4.29	11.6	0.053	1342	0.999	0.016	0.055	1.097	99.9
4.29-4.62	11.2	0.043	1344	0.999	0.013	0.045	1.052	100
4.62-5.08	10.8	0.04	1371	0.999	0.012	0.042	1.04	100
5.08-5.81	9.3	0.043	1368	0.999	0.015	0.046	1.09	100
5.81-7.32	10.5	0.035	1387	1	0.011	0.037	1.018	100
7.32-50	10.8	0.024	1502	1	0.008	0.025	0.913	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874+SVN	精密化
PHENIX	1.18.2_3874+SVN	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DWR

4dwr

解像度: 2.7→47.87 Å / SU ML: 0.3218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1111
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2161	2000	7.48 %
R_work	0.1912	24752	-
obs	0.1931	26752	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3769	118	6	17	3910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0109	3981
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3513	5397
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0625	575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	689
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.4431	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.3167	139	0.3031	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.77-2.84	0.3099	140	0.2802	1733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.93	0.328	140	0.2622	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.02	0.2842	141	0.2446	1744	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.02-3.13	0.2606	140	0.2364	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.26	0.25	142	0.2333	1758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.4	0.2569	141	0.2206	1733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.58	0.2466	142	0.2209	1778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.81	0.2362	141	0.2015	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.1	0.2028	144	0.1813	1779	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.51	0.1704	143	0.159	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.17	0.1896	145	0.1545	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-6.51	0.2042	147	0.1856	1812	X-RAY DIFFRACTION	100
6.51-47.87	0.18	155	0.1603	1927	X-RAY DIFFRACTION	99.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.88503928813	0.609126596027	0.501292698579	2.27143686129	0.424286772425	1.64812799206	-0.0692621002235	-0.136720067317	0.479529693624	-0.120538682819	0.0153868878455	0.034738125715	-0.42810375317	-0.073990247535	0.124544413287	0.438945717807	0.113972226603	-0.0206506978881	0.446397726211	0.0630782964204	0.45384854467	52.4141739197	25.4538361699	18.4404800407
2	6.65079448242	-2.38201993576	-0.778590853658	1.73464436895	2.24617567917	4.70785667094	0.331936274831	0.33770771554	0.82659390084	-0.653526425973	0.202262599871	0.849164143382	-0.522751714626	-1.58001819868	-0.57814701626	0.561750032157	0.0427721560706	-0.0106632698869	0.945048801496	0.0357568982702	1.02114419897	25.0509941444	17.943836374	12.1801073918
3	3.79180711271	-0.500128824467	-1.52402457185	3.42466529064	0.958885139287	3.44882133697	-0.0696155318054	-0.173982632802	-0.041020971695	0.228864324353	0.0152927848456	0.601355779086	0.144544679937	-0.478325222175	0.0924182105608	0.412628474749	0.0288308867643	-0.0433662348368	0.5061885087	0.0412583031165	0.452717503568	37.5233804089	13.8970412334	13.4569762538
4	2.05107198098	0.167445175679	0.32161915055	3.35656859821	0.528831292163	2.48691792917	-0.0472606634446	-0.520056403614	0.867796482947	0.20793723583	0.207441801581	0.26363730091	-0.709362565765	-0.442443466798	-0.0101204156686	0.510987249824	0.212353990928	0.0760676138524	0.670885989653	0.0115291889772	0.749036359273	39.8988719324	28.3766204338	22.0035754599
5	2.92858455362	0.537387555124	0.737366596166	3.28899591271	2.00210387083	4.3144618201	0.0445821021846	-0.116907321918	0.00496132983709	0.0671779022776	-0.101376359129	0.460202113922	-0.0205077615782	-0.321570252779	0.0701980156386	0.317995164864	0.0501679884921	0.0635882016702	0.492970426846	0.0870687262659	0.477111979221	41.8282329762	12.7364769041	18.1040683499
6	3.69459357334	1.13617999678	-0.921914121831	1.70461157013	1.67090847137	3.00867507668	-0.131945597202	-0.0198248922935	0.316514514851	-0.264466503494	0.115203113599	0.442748157037	-0.553700331537	-0.0626750823641	0.022938671916	0.515828626871	0.115157566727	-0.0480405700045	0.430796493659	0.00120977707957	0.467647689311	53.9058577916	20.2062463435	17.1994077273
7	3.29096416622	-0.265619818459	1.51727515433	2.37597596143	0.401947747975	3.229329346	0.0215340419108	0.759725107834	0.708487514446	-0.727217807089	-0.075906751198	-0.0024420388751	-0.300067543068	0.374264016429	0.0496572489981	0.730252936408	0.0328165731237	0.0459385834175	0.666945645532	0.151467664246	0.680494061485	52.0054874291	22.4069803612	0.627089854572
8	1.88730187791	-0.622363706938	2.73400392555	8.49352657255	-5.82183869454	6.86550372423	-1.24280018955	0.0640216087495	2.0393701217	0.534040203843	1.7202829963	2.00873207445	-1.12395769552	0.31107475079	-0.471046002043	1.33686605508	0.263020135869	-0.477134761004	1.47908647892	-0.136972973779	1.99887283113	34.2832511876	35.6165491499	8.89879432989

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 126 )	A	A	1 - 126	1 - 126
2	2	chain 'A' and (resid 127 through 157 )	A	A	127 - 157	127 - 157
3	3	chain 'A' and (resid 158 through 221 )	A	A	158 - 221	158 - 221
4	4	chain 'A' and (resid 222 through 275 )	A	A	222 - 275	222 - 275
5	5	chain 'A' and (resid 276 through 384 )	A	A	276 - 384	276 - 384
6	6	chain 'A' and (resid 385 through 413 )	A	A	385 - 413	385 - 413
7	7	chain 'A' and (resid 414 through 481 )	A	A	414 - 481	414 - 481
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 6 )	B	B	1 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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