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- PDB-7lfk: MODEL OF MHC CLASS Ib H2-M3 WITH MOUSE ND1 N-TERMINAL HEPTAPEPTID... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lfk | |||||||||
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Title | MODEL OF MHC CLASS Ib H2-M3 WITH MOUSE ND1 N-TERMINAL HEPTAPEPTIDE, THR MUTANT, REFINED AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN/PEPTIDE / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN-PEPTIDE COMPLEX | |||||||||
Function / homology | ![]() alpha-beta T cell activation involved in immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to hydroperoxide ...alpha-beta T cell activation involved in immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to hydroperoxide / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / cellular defense response / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / nitric oxide biosynthetic process / Neutrophil degranulation / : / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / response to organic cyclic compound / T cell mediated cytotoxicity / aerobic respiration / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / neuronal cell body / dendrite / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Deisenhofer, J. / Shen, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure and dynamics of major histocompatibility class Ib molecule H2-M3 complexed with mitochondrial-derived peptides. Authors: Strand, A. / Shen, S.T. / Tomchick, D.R. / Wang, J. / Wang, C.R. / Deisenhofer, J. #1: ![]() Title: Nonclassical binding of formylated peptide in crystal structure of the MHC class Ib molecule H2-M3 Authors: Wang, C.R. / Castano, A.R. / Peterson, P.A. / Slaughter, C. / Lindahl, K.F. / Deisenhofer, J. #2: ![]() Title: H2-M3 encodes the MHC Class I molecule presenting the maternally transmitted antigen of the mouse Authors: Wang, C.R. / Loveland, B.E. / Lindahl, K.F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7lfiC ![]() 7lfjC ![]() 7lflC ![]() 7lfmC ![]() 1mhcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Protein | Mass: 32650.650 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G299 deletion Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11704.359 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 3 molecules CF![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Protein/peptide | Mass: 913.091 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: First seven amino-terminal residues / Mutation: I6T / Source method: obtained synthetically / Details: The N-terminal methionine is N-Formylmethionine / Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P03888, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) #4: Sugar | ChemComp-NAG / | |
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-Non-polymers , 2 types, 467 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Hepes, 20% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 1 / Detector: CCD / Date: Jan 4, 1999 / Details: monochromator |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.908 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→31.7 Å / Num. obs: 93324 / % possible obs: 86.7 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5139 / % possible all: 68 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1MHC Resolution: 1.6→31.62 Å / SU ML: 0.1955 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 27.252 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→31.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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