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- PDB-7lfa: Fab 3B6 bound to ApoL1 NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lfa
タイトルFab 3B6 bound to ApoL1 NTD
要素
  • Apolipoprotein L1
  • Fab 3B6 heavy chain
  • Fab 3B6 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein metabolic process / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / lipid transport / cytolysis by host of symbiont cells / chloride channel activity / Scavenging of heme from plasma / cholesterol metabolic process / chloride transmembrane transport / Post-translational protein phosphorylation ...lipoprotein metabolic process / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / lipid transport / cytolysis by host of symbiont cells / chloride channel activity / Scavenging of heme from plasma / cholesterol metabolic process / chloride transmembrane transport / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / lipid binding / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein L / Apolipoprotein L / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.857 Å
データ登録者Ultsch, M. / Kirchhofer, D.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the ApoL1 and ApoL2 N-terminal domains reveal a non-classical four-helix bundle motif.
著者: Ultsch, M. / Holliday, M.J. / Gerhardy, S. / Moran, P. / Scales, S.J. / Gupta, N. / Oltrabella, F. / Chiu, C. / Fairbrother, W. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein L1
B: Fab 3B6 heavy chain
C: Apolipoprotein L1
D: Fab 3B6 light chain
H: Fab 3B6 heavy chain
L: Fab 3B6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,03910
ポリマ－123,7846
非ポリマー2554
水6,954386
1
A: Apolipoprotein L1
B: Fab 3B6 heavy chain
D: Fab 3B6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0205
ポリマ－61,8923
非ポリマー1282
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
2
C: Apolipoprotein L1
H: Fab 3B6 heavy chain
L: Fab 3B6 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0205
ポリマ－61,8923
非ポリマー1282
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.753, 71.867, 123.436
Angle α, β, γ (deg.)80.160, 85.050, 90.160
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain H
13chain D
23chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEARGARGchain AAA66 - 15924 - 117
21GLUGLUVALVALchain CCC69 - 16827 - 126
12GLNGLNLYSLYSchain BBB1 - 2201 - 220
22GLNGLNLYSLYSchain HHE1 - 2201 - 220
13GLNGLNTHRTHRchain DDD1 - 2121 - 212
23GLNGLNTHRTHRchain LLF1 - 2121 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Apolipoprotein L1 / Apolipoprotein L / ApoL / Apolipoprotein L-I / ApoL-I


分子量: 15289.139 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 61-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOL1, APOL / 発現宿主: Baculoviridae sp. (ウイルス) / 参照: UniProt: O14791

-
抗体 , 2種, 4分子 BHDL

#2: 抗体 Fab 3B6 heavy chain


分子量: 23916.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4
#3: 抗体 Fab 3B6 light chain


分子量: 22686.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4

-
非ポリマー , 3種, 390分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.93 % / 解説: plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 40% MPD, 5% PEG 8000, 0.1M Na Cacodylate pH 6.5 / PH範囲: 6.0 - 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.857→70.99 Å / Num. obs: 82724 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.858→2.044 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4136 / CC1/2: 0.635 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 0.701 / % possible all: 52.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VL5

2vl5


解像度: 1.857→70.799 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 4035 4.88 %
Rwork0.2047 78601 -
obs0.2065 82636 55.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 233.76 Å2 / Biso mean: 55.7817 Å2 / Biso min: 16.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.857→70.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7841 0 30 386 8257
Biso mean--37.65 35.82 -
残基数----1058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3110988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6482775
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A826X-RAY DIFFRACTION6.295TORSIONAL
12C826X-RAY DIFFRACTION6.295TORSIONAL
21B2466X-RAY DIFFRACTION6.295TORSIONAL
22H2466X-RAY DIFFRACTION6.295TORSIONAL
31D2389X-RAY DIFFRACTION6.295TORSIONAL
32L2389X-RAY DIFFRACTION6.295TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8572-1.87910.242730.24121042
1.8791-1.9020.222570.23531894
1.902-1.92610.3644220.2582846
1.9261-1.95140.2589230.24524259
1.9514-1.97820.2698330.263763613
1.9782-2.00640.2203460.24283217
2.0064-2.03640.281630.2231112423
2.0364-2.06820.2892830.2205169534
2.0682-2.10210.2304960.2162194539
2.1021-2.13840.25171140.2347196040
2.1384-2.17720.2589990.2222215643
2.1772-2.21910.23751170.2217211143
2.2191-2.26440.3297960.2379220945
2.2644-2.31370.26691120.2434234647
2.3137-2.36750.27171180.2548238449
2.3675-2.42670.25661570.2482257453
2.4267-2.49230.26291320.2612289758
2.4923-2.56570.28571480.2685307163
2.5657-2.64850.27861800.2561336868
2.6485-2.74310.29722100.2596368876
2.7431-2.8530.28582060.2572427987
2.853-2.98280.2942660.2376470296
2.9828-3.14010.27352290.2385483198
3.1401-3.33680.25922470.2035478697
3.3368-3.59440.22232530.1958478097
3.5944-3.95610.23162410.1813479497
3.9561-4.52850.18282340.1531472696
4.5285-5.70510.19922440.1618481197
5.7051-70.7990.22932560.19489499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0598-0.0829-0.12412.44641.80611.3351-0.06140.4706-0.46390.26520.2067-0.11621.050.2566-0.05991.60020.05010.45371.1037-0.25740.773114.6096-63.9924-15.9069
20.5522-1.0558-1.56282.96593.92425.80730.2020.1577-0.1687-0.7664-0.1699-0.23770.14090.3682-0.59691.3354-0.02380.23091.6268-0.52560.71813.0887-63.102-22.7639
30.2425-0.0451-0.07941.8995-1.4782.895-0.18160.1510.1251-0.7799-0.131-0.81690.52680.6380.35120.9561-0.00390.26351.1895-0.03170.478719.9658-42.874-19.9124
42.68490.6669-1.81962.591-0.4832.2925-0.11320.7293-0.6029-0.59560.05610.29980.3431-0.170.02840.26350.0313-0.10790.4325-0.06380.3722-3.5277-54.05147.9787
51.977-0.85021.23122.9421-0.98571.98830.0223-0.11450.17390.1592-0.10140.1675-0.0483-0.12910.06930.14070.03610.01340.08570.07760.4987-27.7189-44.048723.7012
65.6176-0.9921-4.77795.36282.13724.3856-0.2023-0.0504-0.69440.06150.46780.1531.1248-0.5031-0.03331.553-0.2376-0.13011.24970.32971.2182-16.5285-26.713270.7598
71.3964-0.2329-0.63072.1012-2.00063.0046-0.1769-0.7577-0.92451.0038-0.0190.32620.8467-0.1616-0.43731.4764-0.14680.03441.25630.49730.7118-13.8372-23.389575.4229
85.84275.2397-5.61035.0093-5.17865.45740.278-1.0108-0.60171.60380.24411.67880.3132-1.3666-0.41931.0659-0.14890.26941.4760.11720.8109-21.3415-10.122969.5869
92.5390.0510.23832.41470.64890.1943-0.07260.8661-0.0646-0.7189-0.046-0.8966-0.64680.67390.21450.92830.05340.22061.33340.21141.0824-23.8897-11.940394.1256
101.5253-0.74520.61092.0578-0.06530.85340.22320.67070.5014-0.497-0.09680.1216-0.2765-0.29140.06150.28740.18420.01110.50280.26620.47642.8595-33.79973.8524
111.499-0.2211-0.28181.14540.99891.35790.1805-0.11110.2311-0.0348-0.2270.12130.284-0.0198-0.65230.20990.0542-0.03520.13210.14110.56-21.1187-33.865727.2596
121.9941-0.34930.15572.69920.62032.46930.0394-0.28380.14790.3329-0.19390.03330.1053-0.06780.06980.12490.0343-0.05320.13450.06970.586-21.4057-31.775534.5641
131.7073-0.5824-0.80491.92220.61731.0762-0.0027-0.6925-0.79680.6378-0.0006-0.27640.37550.0837-0.15740.3089-0.0437-0.20520.49420.30330.68781.6862-18.131946.6643
140.96660.24760.42391.69810.4980.9530.01660.0116-0.1979-0.1548-0.1267-0.0738-0.08330.07320.00360.1403-0.0507-0.030.04040.07630.69925.8606-8.094731.0963
153.3382-0.35390.87952.9564-0.06691.65150.1764-0.98080.0990.6551-0.0474-0.1631-0.28520.1701-0.09740.3185-0.1389-0.02960.4959-0.0240.2347-4.7881.933250.9277
162.20270.8233-1.18650.3077-0.44270.63780.493-0.30510.56770.2173-0.22610.2197-0.2219-0.009-0.22490.3155-0.10870.12040.2291-0.16070.50327.128513.09138.3327
172.4119-0.0738-0.44792.62330.02732.39130.07990.25590.0048-0.1758-0.15330.13290.18960.0253-0.01840.14390.0339-0.05110.09790.010.432919.52161.521622.3488
182.1028-0.5040.143.2-0.34313.06960.17190.58490.1425-0.576-0.185-0.28410.22360.24730.01730.18050.07320.02190.20070.04840.514423.01753.744316.8065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 66 through 90 )A66 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 125 )A91 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 126 through 159 )A126 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 125 )B1 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 126 through 220 )B126 - 220
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 69 through 90 )C69 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 91 through 133 )C91 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 134 through 146 )C134 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 147 through 168 )C147 - 168
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1 through 103 )D1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 104 through 132 )D104 - 132
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 133 through 212 )D133 - 212
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 1 through 125 )H1 - 125
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 126 through 220 )H126 - 220
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 1 through 103 )L1 - 103
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 104 through 116 )L104 - 116
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 117 through 174 )L117 - 174
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 175 through 212 )L175 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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