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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7les | ||||||
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タイトル | Acanthamoeba castellanii CYP51 (AcCYP51)-Imidazole complex | ||||||
![]() | Obtusifoliol 14alphademethylase, putative | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cyp51 / ergosterol biosynthesis / Acanthamoeba / 14-alpha-demethylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / bile acid biosynthetic process / methyltransferase activity / cholesterol homeostasis / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, V. / Podust, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Homodimerization Counteracts the Detrimental Effect of Nitrogenous Heme Ligands on the Enzymatic Activity of Acanthamoeba castellanii CYP51. 著者: Nienhaus, K. / Sharma, V. / Nienhaus, G.U. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 366.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 299.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6q2cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 52447.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 42 N terminal residues were replaced with leading sequence MAKKTSSKGK. 6xHis tag was added to the c Terminus. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ACA1_372720 / プラスミド: pCW-LIC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 54分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-IMD / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 % / 解説: single needle shaped red crystals of 0.5 mm size |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 16%PEG 3350, 2% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M sodium citrate pH 5.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen Flow / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→100.71 Å / Num. obs: 71061 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0.3 / 冗長度: 6.86 % / Biso Wilson estimate: 78.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/av σ(I): 1.44 / Net I/σ(I): 12.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.96 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 2.98 / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 5200 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6Q2C 解像度: 2.65→100.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 19.882 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.639 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.976 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.65→100.71 Å
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拘束条件 |
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