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- PDB-7lcm: Receiver Domain of RssB bound to beryllofluoride -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lcm
タイトルReceiver Domain of RssB bound to beryllofluoride
要素Regulator of RpoS
キーワードSIGNALING PROTEIN / receiver domain / response regulator / ClpXP adaptor
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist activity / sigma factor antagonist complex / phosphorelay response regulator activity / positive regulation of proteolysis / protein-DNA complex / protein destabilization / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Regulator of RpoS / : / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Regulator of RpoS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Deaconescu, A.M. / Schwartz, J. / Son, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM121975 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Phospho-dependent signaling during the general stress response by the atypical response regulator and ClpXP adaptor RssB.
著者: Schwartz, J. / Son, J. / Brugger, C. / Deaconescu, A.M.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of RpoS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6563
ポリマ－14,5661
非ポリマー902
水79344
1
A: Regulator of RpoS
ヘテロ分子

A: Regulator of RpoS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3136
ポリマ－29,1322
非ポリマー1814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2270 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.329, 46.329, 95.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Regulator of RpoS


分子量: 14566.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 / 遺伝子: rssB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEV1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.2M lithium sulfate, 22% PEG 3,350, and 0.1M Tris-HCl pH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.12 Å / Num. obs: 9736 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 35.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 908 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.366

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4080精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L9C

7l9c


解像度: 1.91→40.12 Å / SU ML: 0.1592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 968 9.95 %RANDOM
Rwork0.2022 8764 --
obs0.2065 9732 99.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数987 0 5 44 1036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10381359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6553135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-2.010.30491320.25331207X-RAY DIFFRACTION96.26
2.01-2.130.26661360.21551208X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.30.26521370.20451233X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.530.27191370.20541241X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.90.25711400.23311258X-RAY DIFFRACTION99.93
2.9-3.650.24641380.20571264X-RAY DIFFRACTION100
3.65-40.120.22561480.18471353X-RAY DIFFRACTION99.67
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.0058862267 Å / Origin y: -10.5907234563 Å / Origin z: 9.23832018953 Å
111213212223313233
T0.299500005773 Å2-0.0172693206935 Å20.0255079331211 Å2-0.251690271189 Å2-0.0269910151202 Å2--0.292501172857 Å2
L1.85281315809 °2-1.0300897804 °2-0.227881543851 °2-2.71791969133 °21.23644472554 °2--2.14386715094 °2
S-0.118283863784 Å °0.217815953706 Å °-0.260081711265 Å °-0.134125485866 Å °-0.0224704970798 Å °0.177018417387 Å °0.221222961644 Å °-0.119963460379 Å °0.124517980367 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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