PDB-7lc0: Structure of D-Glucosaminate-6-phosphate Ammonia-lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lc0

タイトル

Structure of D-Glucosaminate-6-phosphate Ammonia-lyase

要素

Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

キーワード

LYASE / Aminotransferase fold / D-glucosaminate metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structure and Mechanism of d-Glucosaminate-6-phosphate Ammonia-lyase: A Novel Octameric Assembly for a Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent Enzyme, and Unprecedented Stereochemical ...
著者: Phillips, R.S. / Ting, S.C. / Anderson, K.

履歴

登録	2021年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lc0.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lc0.ent.gz	946.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lc0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lceC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lce-1 3iyh-d 3hu2-d 5dfm-3 3hu1-d 4kln-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

B: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

C: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

D: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

E: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

F: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

G: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

H: Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

ヘテロ分子

323 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.089, 205.572, 164.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.187, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase) 分子量: 40109.801 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: STM3768 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZL27

#1: タンパク質

Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase)

分子量: 40109.801 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: STM3768 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZL27

-
非ポリマー , 6種, 269分子

#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 0.2 M Mg(OAc)2, 16% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→53.87 Å / Num. obs: 87468 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 55.91 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.769 Å / Num. unique obs: 4373 / CC_1/2: 0.522

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→49.02 Å / SU ML: 0.3298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.163
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	1985	2.27 %
R_work	0.193	85464	-
obs	0.1938	87449	80.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22192	0	115	232	22539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0014	22606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4026	30637
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	3528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	3973
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8129	8107

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.67	0.4495	9	0.3175	498	X-RAY DIFFRACTION	6.55
2.67-2.74	0.3672	55	0.2942	2453	X-RAY DIFFRACTION	32.18
2.74-2.82	0.329	74	0.2807	3790	X-RAY DIFFRACTION	49.93
2.82-2.91	0.2899	121	0.2713	4867	X-RAY DIFFRACTION	64.41
2.91-3.01	0.3385	149	0.2834	6031	X-RAY DIFFRACTION	78.81
3.01-3.14	0.3149	161	0.2757	7200	X-RAY DIFFRACTION	95.57
3.14-3.28	0.3102	182	0.2374	7504	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.28-3.45	0.2862	167	0.2104	7569	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.45-3.67	0.2585	174	0.1909	7602	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.67-3.95	0.1873	188	0.1644	7590	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.95-4.35	0.1794	178	0.1589	7584	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.35-4.98	0.208	176	0.16	7521	X-RAY DIFFRACTION	98.15
4.98-6.27	0.2063	177	0.1889	7593	X-RAY DIFFRACTION	99.76
6.27-49.02	0.1814	174	0.175	7662	X-RAY DIFFRACTION	99.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.44198189327	0.0833965647356	0.836155836234	5.22932657722	0.233546184606	0.443342493773	0.113188679902	0.825794581556	-0.637908303304	-0.366260278242	-0.156071602525	0.211884448036	0.537499821407	-0.11324200433	0.0326613852862	0.749823747158	-0.0329325512307	-0.0035834573405	0.631316852815	-0.134131811974	0.247555051581	20.4806047758	70.5107838229	67.1441756076
2	2.39424208798	0.110814410845	0.111884701775	3.17975601357	-1.50288222416	2.17397281526	-0.2701125278	-0.0672173807318	0.107102588418	0.0143106229551	0.139932376233	0.31299258061	-0.137951969908	-0.0606353392466	0.136842323733	0.336585009333	-0.0054327770844	-0.0682163071283	0.274972102183	-0.0656002161901	0.354249544812	4.31532635489	74.3892596082	89.7168329039
3	2.19078944894	-3.94650012942	-1.25420407346	8.73313390259	2.26672433617	0.780014370139	0.128246336987	0.626842751854	-0.91048042538	-0.0609210834996	-0.258860860234	1.30220246941	0.106164029884	0.135712955439	0.297052533289	1.01595974874	-0.190657215414	-0.351764445086	0.789363789552	-0.156785211188	0.910947649254	7.53193834653	63.2978242981	64.9586499992
4	2.91373702062	1.3145157605	-0.826070236992	0.72915926031	-1.0711781558	3.5472609474	-0.396650415286	-0.664595780237	0.0489021352964	0.463691625382	0.268966567014	0.568008831753	1.04866518176	-0.804566885443	0.149456981423	1.14120540127	-0.104985389642	-0.191302219282	0.769384800314	-0.105200315943	1.17995951272	8.24092306013	45.6022203722	70.4045593342
5	3.33240580787	-0.198392488636	0.693299219248	3.99196449468	-1.32072485837	1.55428133265	0.753286650983	0.183254391161	-1.20353269592	0.396131546981	-0.430589844552	-0.149496707142	0.700529693566	0.165858729989	-0.311002239873	1.358234948	-0.0942650986627	-0.223675560084	0.614376723448	-0.163590765312	1.0382288931	21.7438162285	46.8474945299	69.8504371829
6	4.20709519042	-2.06746571309	-2.67263261713	1.2783078975	1.58965991443	4.45840622675	0.112187049429	0.119226143574	0.278915792982	-0.365116065921	-0.147750430107	0.120387618726	-0.245747523582	0.165298848184	0.027083822789	0.564287427689	-0.109153306733	-0.0533749152127	0.240998761284	0.0965323434305	0.352036078397	42.024935724	129.882605179	113.14844586
7	1.78491331707	0.155618421394	0.725410044071	1.8903600748	1.00555637292	1.5770079576	-0.0918888496431	0.064541833913	0.0248433788235	-0.273834058845	-0.0953327761901	0.364456246422	-0.242511262128	-0.225082110391	0.157698949883	0.46582523166	0.0308583906309	-0.163079999084	0.270445013215	0.00772815487631	0.420922047319	18.6646164563	114.131118987	110.368566441
8	7.50860222515	0.320028489663	-5.7731252648	0.46446531703	0.645227082542	5.38302504026	-0.126752059289	1.09412944835	-0.324832461873	-0.118090866602	-0.387839108584	-0.110202329928	-0.348890596217	-0.516231202531	0.378156133704	0.740462093211	-0.0217028687573	-0.178912954842	0.523565042966	0.173781111894	0.483853838768	38.6490894894	131.321320204	95.1714760866
9	4.10272312801	-0.809026885646	-3.75655094632	4.72594985842	3.93510309745	7.8235714477	-0.213749764229	0.405820002583	0.0433408813344	-0.217047971169	-0.182530065793	-0.663229105883	0.997207716123	0.581137743029	0.336240301577	0.759455870338	0.0241839624855	-0.0979439826026	0.603817760743	0.202838767839	0.548815078007	55.5971828396	120.033235634	92.5755843168
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 46 )	A	A	1 - 46	1 - 46
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3	3	chain 'A' and (resid 249 through 282 )	A	A	249 - 282	249 - 282
4	4	chain 'A' and (resid 283 through 302 )	A	A	283 - 302	283 - 302
5	5	chain 'A' and (resid 303 through 369 )	A	A	303 - 369	303 - 369
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 46 )	B	C	1 - 46	1 - 46
7	7	chain 'B' and (resid 47 through 248 )	B	C	47 - 248	47 - 248
8	8	chain 'B' and (resid 249 through 302 )	B	C	249 - 302	249 - 302
9	9	chain 'B' and (resid 303 through 331 )	B	C	303 - 331	303 - 331
10	10	chain 'B' and (resid 332 through 369 )	B	C	332 - 369	332 - 369
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 46 )	C	F	1 - 46	1 - 46
12	12	chain 'C' and (resid 47 through 248 )	C	F	47 - 248	47 - 248
13	13	chain 'C' and (resid 249 through 301 )	C	F	249 - 301	249 - 301
14	14	chain 'C' and (resid 302 through 369 )	C	F	302 - 369	302 - 369
15	15	chain 'D' and (resid 1 through 46 )	D	H	1 - 46	1 - 46
16	16	chain 'D' and (resid 47 through 248 )	D	H	47 - 248	47 - 248
17	17	chain 'D' and (resid 249 through 282 )	D	H	249 - 282	249 - 282
18	18	chain 'D' and (resid 283 through 306 )	D	H	283 - 306	283 - 306
19	19	chain 'D' and (resid 307 through 323 )	D	H	307 - 323	307 - 323
20	20	chain 'D' and (resid 324 through 369 )	D	H	324 - 369	324 - 369
21	21	chain 'E' and (resid 1 through 46 )	E	J	1 - 46	1 - 46
22	22	chain 'E' and (resid 47 through 248 )	E	J	47 - 248	47 - 248
23	23	chain 'E' and (resid 249 through 282 )	E	J	249 - 282	249 - 282
24	24	chain 'E' and (resid 283 through 301 )	E	J	283 - 301	283 - 301
25	25	chain 'E' and (resid 302 through 369 )	E	J	302 - 369	302 - 369
26	26	chain 'F' and (resid 1 through 46 )	F	N	1 - 46	1 - 46
27	27	chain 'F' and (resid 47 through 126 )	F	N	47 - 126	47 - 126
28	28	chain 'F' and (resid 127 through 248 )	F	N	127 - 248	127 - 248
29	29	chain 'F' and (resid 249 through 282 )	F	N	249 - 282	249 - 282
30	30	chain 'F' and (resid 283 through 302 )	F	N	283 - 302	283 - 302
31	31	chain 'F' and (resid 303 through 331 )	F	N	303 - 331	303 - 331
32	32	chain 'F' and (resid 332 through 369 )	F	N	332 - 369	332 - 369
33	33	chain 'G' and (resid 1 through 46 )	G	O	1 - 46	1 - 46
34	34	chain 'G' and (resid 47 through 248 )	G	O	47 - 248	47 - 248
35	35	chain 'G' and (resid 249 through 269 )	G	O	249 - 269	249 - 269
36	36	chain 'G' and (resid 270 through 288 )	G	O	270 - 288	270 - 288
37	37	chain 'G' and (resid 289 through 315 )	G	O	289 - 315	289 - 315
38	38	chain 'G' and (resid 316 through 369 )	G	O	316 - 369	316 - 369
39	39	chain 'H' and (resid 1 through 46 )	H	P	1 - 46	1 - 46
40	40	chain 'H' and (resid 47 through 248 )	H	P	47 - 248	47 - 248
41	41	chain 'H' and (resid 249 through 281 )	H	P	249 - 281	249 - 281
42	42	chain 'H' and (resid 282 through 301 )	H	P	282 - 301	282 - 301
43	43	chain 'H' and (resid 302 through 331 )	H	P	302 - 331	302 - 331
44	44	chain 'H' and (resid 332 through 369 )	H	P	332 - 369	332 - 369

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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