+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lc0 | ||||||
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Title | Structure of D-Glucosaminate-6-phosphate Ammonia-lyase | ||||||
Components | Putative selenocysteine synthase (L-seryl-tRNA(Ser) selenium transferase) | ||||||
Keywords | LYASE / Aminotransferase fold / D-glucosaminate metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Phillips, R.S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021 Title: Structure and Mechanism of d-Glucosaminate-6-phosphate Ammonia-lyase: A Novel Octameric Assembly for a Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent Enzyme, and Unprecedented Stereochemical Inversion in ...Title: Structure and Mechanism of d-Glucosaminate-6-phosphate Ammonia-lyase: A Novel Octameric Assembly for a Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent Enzyme, and Unprecedented Stereochemical Inversion in the Elimination Reaction of a d-Amino Acid. Authors: Phillips, R.S. / Ting, S.C. / Anderson, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lc0.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lc0.ent.gz | 969.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lc0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/7lc0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 40109.801 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (bacteria) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: STM3768 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8ZL27 |
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-Non-polymers , 6 types, 269 molecules
#2: Chemical | ChemComp-DMS / #3: Chemical | ChemComp-ACY / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M MES, pH 6.5, 0.2 M Mg(OAc)2, 16% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→53.87 Å / Num. obs: 87468 / % possible obs: 93.3 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 55.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.769 Å / Num. unique obs: 4373 / CC1/2: 0.522 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.6→49.02 Å / SU ML: 0.3298 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.163 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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