PDB-7lbu: Crystal structure of the Propionibacterium acnes surface sialidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lbu

タイトル

Crystal structure of the Propionibacterium acnes surface sialidase

要素

Exo-alpha-sialidase

キーワード

HYDROLASE / acne

機能・相同性

ACETATE ION / PHOSPHATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Cutibacterium acnes (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Yu, A.C.Y. / Volkers, G. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Propionibacterium acnes surface sialidase, a drug target for P. acnes-associated diseases.
著者: Yu, A.C.Y. / Volkers, G. / Jongkees, S.A.K. / Worrall, L.J. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2021年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lbu.cif.gz	164.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lbu.ent.gz	126.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lbu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/7lbu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lbvC 1eurS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xzk-2 2f29-2 4ncs-d 2f12-d 1cvm-d 7p1q-d 1qlg-d 7p1r-4 3sre-d 2f13-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exo-alpha-sialidase

ヘテロ分子

48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.973, 46.847, 49.600
Angle α, β, γ (deg.)	116.510, 98.940, 91.690
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Exo-alpha-sialidase / Sialidase 分子量: 48789.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cutibacterium acnes (バクテリア) 遺伝子: B1B09_09755, FD518_10685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2B7IY20
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol monomethylether 2000, 100 mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 17676 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.26
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.235 / Num. unique obs: 1000 / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EUR

1eur

解像度: 2.11→43.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 11.696 / SU ML: 0.159 / SU R Cruickshank DPI: 0.2873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2328	967	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.1759	17676	92.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.08 Å² / B_iso mean: 39.361 Å² / B_iso min: 27.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0.34 Å²	0.22 Å²
2-	-	0.37 Å²	-0.07 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.11→43.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2895	0	9	165	3069
B_iso mean	-	-	57.03	38.54	-
残基数	-	-	-	-	380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.913	1.942	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.497	5	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.505	22.701	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.68	15	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.739	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2335

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.163 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	82	-
R_work	0.228	1247	-
obs	-	-	90.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5798	-0.3692	0.7916	2.1663	-0.0471	1.0146	0.0859	-0.0443	-0.1931	-0.1368	-0.078	0.1806	0.2918	-0.1851	-0.0079	0.1677	0.0281	-0.0477	0.2118	0.0355	0.2774	-19.496	-17.218	5.849
2	0.9993	-0.1004	-0.2994	0.9977	-0.1978	0.8883	-0.0024	-0.1405	-0.1582	0.2044	0.0281	0.0462	0.0448	0.0272	-0.0257	0.0863	0.069	0.0035	0.183	0.0968	0.1866	-17.487	-4.786	21.736
3	1.6935	0.8981	0.1954	3.4362	0.4171	0.8494	-0.0356	-0.1166	0.0166	0.255	0.0914	-0.2824	-0.0702	0.096	-0.0558	0.0862	0.0697	-0.0189	0.1904	0.0735	0.1471	-8.331	10.689	19.024
4	1.2211	-1.0458	0.3567	5.6946	-0.9587	0.5233	-0.0663	-0.1221	0.0428	-0.0055	0.0238	-0.1954	-0.0298	0.1627	0.0425	0.0783	0.0341	0.0027	0.1906	0.0729	0.1588	-5.062	4.765	14.809
5	2.4342	-1.1153	-0.4871	1.8913	-0.0844	0.167	-0.0026	0.2048	-0.0064	0.0251	-0.0019	0.0317	-0.0077	-0.068	0.0045	0.0799	0.051	-0.0138	0.2203	0.0744	0.2101	-13.443	3.248	5.207
6	1.1007	-0.1005	0.2352	0.6533	0.4236	0.5366	0.0374	0.0115	-0.0354	-0.0398	-0.0161	-0.0043	-0.1088	0.06	-0.0214	0.0928	0.0393	0.0022	0.1877	0.0718	0.1681	-14.172	7.906	2.672
7	2.9402	-0.5226	-0.8057	0.9168	-0.3993	1.8636	0.2083	0.2968	0.1072	-0.0474	-0.0824	0.085	-0.1492	-0.0796	-0.126	0.0831	0.059	-0.014	0.2098	0.0681	0.1463	-25.268	8.194	0.641
8	8.9234	-0.5827	2.3522	0.3424	-2.4371	17.7716	0.1271	0.41	-0.3489	-0.0217	-0.1134	0.0123	0.107	0.6878	-0.0137	0.0694	0.0762	-0.0051	0.1627	-0.0149	0.1933	-19.985	-10.595	-7.439
9	4.3666	-2.581	-1.8811	1.8807	0.857	1.44	0.0346	-0.0514	-0.6012	-0.1099	-0.1169	0.4392	-0.153	-0.0648	0.0823	0.1459	0.0812	-0.0144	0.1963	0.0472	0.267	-31.22	-0.324	3.226
10	2.8905	0.4073	0.5398	0.7007	-0.474	0.5714	-0.0291	0.0975	-0.2799	-0.0245	0.1104	-0.0058	0.0136	-0.0582	-0.0814	0.0765	0.0702	-0.0297	0.2533	0.0536	0.2656	-32.808	-0.883	4.47
11	1.9298	-0.512	0.7008	1.3868	-0.5772	1.7471	0.1229	-0.0369	-0.229	-0.0552	-0.1029	0.0874	0.0935	-0.2015	-0.02	0.0473	0.0412	-0.012	0.1625	0.0808	0.2063	-29.909	-5.513	8.014
12	3.1337	0.2494	2.4099	1.9595	1.5469	5.8754	0.2477	0.2068	-0.5038	-0.0181	0.1067	0.2346	0.4937	-0.0178	-0.3543	0.061	0.0135	-0.0324	0.1923	0.0746	0.3574	-30.912	-11.868	5.524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	143 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	169 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	201 - 217
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	218 - 279
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	280 - 315
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	316 - 328
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	329 - 340
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	341 - 353
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	354 - 386
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	387 - 408

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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