[日本語] English
万見
- PDB-7lbk: Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me3... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lbk
タイトルCrystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me3 peptide
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • histone H3 T3phK4me3 peptide
キーワードCELL CYCLE / lysine methylation / threonine phosphorylation / histone H3 / CPC
機能・相同性
機能・相同性情報


survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center / protein-containing complex localization ...survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center / protein-containing complex localization / chromosome passenger complex / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / nuclear chromosome / cobalt ion binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / cytoplasmic microtubule / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / SUMOylation of DNA replication proteins / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Chromatin modifying enzymes / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / centriole / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / tubulin binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / spindle microtubule / HDACs deacetylate histones / RHO GTPases Activate Formins / RNA Polymerase I Promoter Escape / sensory perception of sound / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / kinetochore / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / small GTPase binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / spindle / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Separation of Sister Chromatids / structural constituent of chromatin / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / mitotic cell cycle / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / protein-folding chaperone binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / midbody / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / microtubule binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / microtubule / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / cell division / protein phosphorylation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 ...: / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Stukenberg, P.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053163 米国
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2022
タイトル: Tip60 acetylation of histone H3K4 temporally controls chromosome passenger complex localization.
著者: Niedzialkowska, E. / Liu, L. / Kuscu, C. / Mayo, Z. / Minor, W. / Strahl, B.D. / Adli, M. / Stukenberg, P.T.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
D: histone H3 T3phK4me3 peptide
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
C: histone H3 T3phK4me3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6446
ポリマ－36,5134
非ポリマー1312
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.292, 71.369, 82.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010B6 - 139
2010A6 - 139

-
要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Apoptosis inhibitor 4 / Apoptosis inhibitor survivin


分子量: 16826.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC5, API4, IAP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15392
#2: タンパク質・ペプチド histone H3 T3phK4me3 peptide / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 1430.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The crystal was obtained by mixing 1 uL of protein at 10 mg/mL with 1 uL of mother liquor composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 14% PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.27822 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 13890 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
直接法位相決定
MLPHARE位相決定
HKL-3000位相決定
BUCCANEERモデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→41.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 21.775 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.321
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 623 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 11791 87.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å2-0.17 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 2 34 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.9653118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05134900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5765279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45224.775111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.74315383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8381511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6763 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 19 -
Rwork0.299 483 -
obs--49.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5476-1.2830.92810.82841.43913.57260.0712-0.16490.6669-0.15490.00330.4706-0.2078-0.1073-0.07450.1756-0.0078-0.01660.1243-0.06490.1798-40.63640.51693.397
231.3267-3.6603-4.10473.0773-0.10983.72990.2322-0.38140.2612-0.1371-0.0321-0.0672-0.388-0.2129-0.20020.3565-0.0297-0.0020.1204-0.04640.1746-73.15631.34999.617
35.7710.69430.328211.93541.44094.9657-0.10590.07570.0128-0.18940.08420.09680.02240.09250.02180.26530.02730.01510.0872-0.03630.0207-25.64111.22872.437
41.1733-0.1955-3.27180.03860.851526.6829-0.1513-0.00050.1650.00970.0006-0.02170.42920.01090.15080.4449-0.00650.01510.0298-0.00170.2558-23.03824.81160.76
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3B5 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4B92 - 140

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る