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万見
- PDB-7lb2: Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lb2
タイトルCrystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ZS1-589
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 1
キーワードGENE REGULATION / TBP / TATA box / non-BET / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of androgen receptor activity / histone H4K16ac reader activity / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / midbrain development ...positive regulation of androgen receptor activity / histone H4K16ac reader activity / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to ATP / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / midbrain development / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / histone acetyltransferase activity / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / kinase activity / positive regulation of protein binding / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Chem-XWY / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the tandem bromodomain (BD1, BD2) of human TAF1 bound to ZS1-589
著者: Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2021年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,00611
ポリマ－30,9681
非ポリマー1,03710
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint29 kcal/mol
Surface area13110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.237, 55.001, 121.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAFII250


分子量: 30968.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-XWY / (3R)-3-methyl-4-{6-[1-(S-methylsulfonimidoyl)cyclopropyl]-2-(naphthalen-1-yl)pyrimidin-4-yl}morpholine


分子量: 422.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→60.83 Å / Num. obs: 34233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 225305 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.736.61.3091181617870.5320.551.4221.699.9
9-60.8350.05814072840.9960.0270.06529.699.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4085精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KO3

7ko3


解像度: 1.7→50.12 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 1709 5 %
Rwork0.1719 32461 -
obs0.1733 34170 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.15 Å2 / Biso mean: 29.0171 Å2 / Biso min: 13.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2011 0 158 168 2337
Biso mean--32.53 32.67 -
残基数----247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3012889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.886292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011365
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.750.33121390.328226532792100
1.75-1.810.30751420.267426702812100
1.81-1.870.26651390.226726452784100
1.87-1.950.23781390.180726622801100
1.95-2.030.21181420.164226952837100
2.03-2.140.18811410.166426652806100
2.14-2.280.18611420.164626992841100
2.28-2.450.18611410.148726842825100
2.45-2.70.18841430.15372702284599
2.7-3.090.17931440.161527342878100
3.09-3.890.17971440.15727572901100
3.89-50.120.20251530.175228953048100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.81250.847-7.09712.8841-0.59819.71440.3346-0.13720.4790.5885-0.05090.1407-0.305-0.1969-0.28420.2999-0.01640.01520.213-0.03990.171-130.157-149.3195142.3552
24.25330.63861.80842.71590.46384.5825-0.17530.03210.4127-0.16420.0169-0.032-0.2365-0.18360.17810.1409-0.01280.02310.13190.02130.2027-123.0655-146.368122.0744
32.18250.1345-0.70491.43630.0117.50270.0785-0.06340.12140.12770.0870.0016-0.1248-0.5074-0.11910.13720.00220.00170.190.02240.1974-132.5734-152.2545128.172
43.18720.214-3.20131.1380.79417.1627-0.2031-0.0592-0.13770.1601-0.0284-0.03730.4347-0.23570.28250.1997-0.0185-0.00210.1291-0.00680.1865-124.0407-158.5985127.498
56.0721.0651-5.74292.0793-1.1096.7222-0.0001-0.498-0.03390.2548-0.0473-0.11160.0860.4914-0.00080.1850.0005-0.02720.1931-0.00710.1842-118.0164-155.7081135.0542
62.15050.73680.50742.15941.36111.89760.1977-0.2072-0.18650.6407-0.0714-0.09020.10590.3263-0.09440.3713-0.07770.0320.32490.02230.1296-134.1303-161.9602149.3836
72.4371-0.5018-3.58154.26043.36989.1559-0.0585-0.2761-0.11720.47820.0796-0.34110.43420.5348-0.06130.22190.0068-0.04430.23680.03750.17-135.0292-178.6916140.0673
81.66440.6654-1.19783.8446-1.68462.7686-0.0365-0.0093-0.0334-0.0288-0.0132-0.0587-0.03080.04690.05030.1530.0059-0.01650.1911-0.03940.1858-131.6528-172.4148118.7441
91.99290.3487-0.95981.33490.46695.78980.0456-0.0588-0.00810.0393-0.02570.0666-0.1346-0.1364-0.01030.14880.007-0.00010.1179-0.00380.1617-139.2697-173.8414128.1375
103.20271.4544-2.85862.7367-2.33145.5846-0.19250.0889-0.489-0.0549-0.0325-0.22780.3594-0.01630.12620.1625-0.0124-0.00360.1227-0.04020.2634-137.9882-185.3812121.874
116.0508-2.5265-0.67037.36410.79624.765-0.3459-0.4557-0.25910.74120.29410.40360.3582-0.36190.06230.3594-0.05550.06350.32520.04970.1903-146.0841-178.8426144.9891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1379 through 1397 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1398 through 1416 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1417 through 1441 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1442 through 1464 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1465 through 1483 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1484 through 1501 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1502 through 1517 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1518 through 1549 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1550 through 1583 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1584 through 1606 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1607 through 1625 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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