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- PDB-7l9u: Crystal Structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l9u
タイトルCrystal Structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA from Mycobacterium tuberculosis in complex with a 12-mer PEG
要素S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase / UmaA / Mycobacterium tuberculosis / short-chain fatty acid modification / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mycolic acid cyclopropane synthase / Mycolic acid cyclopropane synthetase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA from Mycobacterium tuberculosis in complex with a 12-mer PEG
著者: Abendroth, J. / Weiss, M.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9316
ポリマ－34,1631
非ポリマー7685
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.020, 103.020, 49.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-553-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase UmaA / SAM-dependent methyltransferase UmaA


分子量: 34162.746 Da / 分子数: 1 / 断片: MytuD.00149.b.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: umaA, Rv0469, LH57_02505 / プラスミド: MytuD.00149.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MX39, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 316分子

#2: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytics MCSG1 screen, condition C9: 32% (w/V) PEG 4000, 800mM lithium chloride, 100mM Tris Base/ HCl pH 8.50: MytuD.00149.b.B1.PW38903, tray 318922c9, cryo: 15% EG, puck ynm8-4. For ...詳細: Microlytics MCSG1 screen, condition C9: 32% (w/V) PEG 4000, 800mM lithium chloride, 100mM Tris Base/ HCl pH 8.50: MytuD.00149.b.B1.PW38903, tray 318922c9, cryo: 15% EG, puck ynm8-4. For phasing, a crystal from the same screen and well set up with 5mM AMPPNP/MgCl2 was incubated for 20sec in a solution of 10% saturated NaI in EG + 90% reservoir, followed by a 20sec soak in 20% of saturated NaI in EG + 80% reservoir: tray 318925c9, cryo: 20% EG + NaI: puck zxc1-11. Anomalous data were collected at the home source at CuKalpha radiation.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-3001CCD2020年12月10日Beryllium Lenses
RIGAKU SATURN 944+2CCD2020年12月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 44265 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.337 % / Biso Wilson estimate: 31.363 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 27.33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.597.0970.6062.9832600.8530.653100
1.59-1.637.3590.4544.131720.9210.488100
1.63-1.687.3750.3415.4730940.9550.366100
1.68-1.737.380.2577.2629810.9710.276100
1.73-1.797.3760.1999.428990.9840.214100
1.79-1.857.4110.14512.8528250.9910.156100
1.85-1.927.430.1116.4926990.9950.118100
1.92-27.4040.08221.7426230.9970.089100
2-2.097.4020.06527.4924910.9980.07100
2.09-2.197.4190.05332.8324130.9980.057100
2.19-2.317.4130.04438.5822810.9990.04799.9
2.31-2.457.3930.0443.2621780.9990.04299.9
2.45-2.627.3170.03647.3220490.9990.03899.9
2.62-2.837.3720.03252.5318830.9990.03599.7
2.83-3.17.290.02956.2817800.9990.03199.8
3.1-3.477.3210.02561.3615810.9990.02799.6
3.47-47.2180.02364.3713990.9990.02599.1
4-4.97.220.02264.912020.9990.02499
4.9-6.937.2130.02264.293010.02497.9
6.93-506.4760.02762.035250.9980.0393.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc4 4035精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→43.46 Å / SU ML: 0.155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.4137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1753 2055 4.64 %0
Rwork0.1571 42198 --
obs0.158 44253 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→43.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 50 311 2611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00892405
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9783243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7391898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.28231160.2412826X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.630.23831100.20472805X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.670.19651250.1832789X-RAY DIFFRACTION99.97
1.67-1.720.20671450.16832803X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.770.19461090.17192833X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.840.1861160.16832810X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.910.21491230.18432836X-RAY DIFFRACTION99.97
1.91-20.23961640.16872736X-RAY DIFFRACTION99.97
2-2.10.18911340.16222805X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.240.19671680.15852807X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.410.18191430.15672790X-RAY DIFFRACTION99.93
2.41-2.650.19011500.1692818X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.030.18461520.16382815X-RAY DIFFRACTION99.76
3.03-3.820.16291380.14212848X-RAY DIFFRACTION99.53
3.82-43.460.13741620.14082877X-RAY DIFFRACTION98.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.968030821110.2374365553290.8914803993240.1020912437470.1358164857760.8617505175780.1712718244720.2691900010110.192569466239-0.4050736935070.0409660465067-0.89877428805-0.3794584709610.66290814769-0.1157891177730.333475518618-0.1211896452980.1415533253070.390235389567-0.06442716481310.6391093856849.546108314914.31354717299.14337446055
21.17780394923-0.7060248456690.3904078034791.77423393262-0.2350048702142.85492025087-0.02126553410430.00378937475259-0.004552414192540.0211949882840.0107936350545-0.006263789032720.0280162576651-0.1996097404130.03825782298680.14598111214-0.02630137167220.01274685245610.158563640861-0.008272273467830.16091986932522.966752637311.44702338253.16376145914
31.25116250451-0.4255206991830.1907646913982.23007986862-0.1593367433622.653258860080.08343780379910.2354427802090.165555262959-0.263197276357-0.118627999321-0.359530210916-0.022173058140.1895061173430.03765722883770.178549275974-0.006366024946110.06675972300460.2432351053740.02785278721850.20969439657431.618373488412.0281272615-8.26403597391
41.630200166750.0757020737641.32037507451.744989194890.7146761148433.40114619645-0.136450712102-0.02868748715420.404176843844-0.01783754715320.0598128239645-0.163982301841-0.5779328640.005785213196690.05721794429650.259347463365-0.02678948761750.02907158400980.1757426332210.0227972653690.32526992765730.778276720730.66384429616.5571830142
50.710627445255-0.3413068381461.825702443421.46286746981-0.4778579573944.12463279015-0.2439326191340.4190985390660.596952403012-0.281474812537-0.165335246226-0.771425458359-0.3908789153670.1798588465430.097373038330.279744253885-0.02602926904520.004554931149140.2521010108680.09314485343660.483413078129.177795813332.2263655911-3.17151590108
61.86706220566-0.8316047552410.9129507345392.33960897295-1.055011395441.47886291656-0.0990176553005-0.04555734151810.1958852247890.227988741921-0.00098360346372-0.256771404675-0.1686705767190.03630739847540.1234738110430.184961184496-0.01949402213570.005615900687510.139366215096-0.02866792869560.20135318767731.240543027519.648205317611.3388821542
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 24 )3 - 241 - 22
22chain 'A' and (resid 25 through 75 )25 - 7523 - 73
33chain 'A' and (resid 76 through 156 )76 - 15674 - 154
44chain 'A' and (resid 157 through 197 )157 - 197155 - 195
55chain 'A' and (resid 198 through 217 )198 - 217196 - 213
66chain 'A' and (resid 218 through 286 )218 - 286214 - 282

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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