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万見
- PDB-7l90: BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l90
タイトルBG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-8 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
要素
  • (BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - ...) x 2
  • (Rh.33311 pAbC-8 - ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / HIV / vaccine design / BG505 / VIRAL PROTEIN / Polyclonal antibodies / EMPEM / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Antanasijevic, A. / Sewall, L.M. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1196345 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Polyclonal antibody responses to HIV Env immunogens resolved using cryoEM.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman / Raiza Bastidas / Celia LaBranche / Joel D Allen / Jeffrey Copps / Hailee R Perrett / Kimmo Rantalainen / Fabien Cannac / Yuhe R Yang / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Froes Rocha / Zachary T Berndsen / David Baker / Neil P King / Rogier W Sanders / John P Moore / Shane Crotty / Max Crispin / David C Montefiori / Dennis R Burton / William R Schief / Guido Silvestri / Andrew B Ward /
要旨: Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate ...Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate the immunogenicity of several stabilized BG505 SOSIP constructs both as free trimers and presented on a nanoparticle. We applied a cryoEM-based method for high-resolution mapping of polyclonal antibody responses elicited in immunized animals (cryoEMPEM). Mutational analysis coupled with neutralization assays were used to probe the neutralization potential at each epitope. We demonstrate that cryoEMPEM data can be used for rapid, high-resolution analysis of polyclonal antibody responses without the need for monoclonal antibody isolation. This approach allowed to resolve structurally distinct classes of antibodies that bind overlapping sites. In addition to comprehensive mapping of commonly targeted neutralizing and non-neutralizing epitopes in BG505 SOSIP immunogens, our analysis revealed that epitopes comprising engineered stabilizing mutations and of partially occupied glycosylation sites can be immunogenic.
履歴
登録2021年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23243
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23243
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp120
B: BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp41
C: BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp120
D: BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp41
E: BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp120
F: BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp41
H: Rh.33311 pAbC-8 - Heavy Chain
L: Rh.33311 pAbC-8 - Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,54670
ポリマ－235,8278
非ポリマー16,72062
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp120


分子量: 56417.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 - gp41


分子量: 16477.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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Rh.33311 pAbC-8 - ... , 2種, 2分子 HL

#3: タンパク質 Rh.33311 pAbC-8 - Heavy Chain


分子量: 9209.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: This is a polyclonal antibody and the sequence is inherently unknown. Poly-alanine pseudo-model is used to depict the backbone of this antibody.
由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル)
#4: タンパク質 Rh.33311 pAbC-8 - Light Chain


分子量: 7932.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: This is a polyclonal antibody and the sequence is inherently unknown. Poly-alanine pseudo-model is used to depict the backbone of this antibody.
由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル)

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糖 , 3種, 62分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-8 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)COMPLEXPolyclonal complexes were generated by incubation of isolated polyclonal Fabs with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification. Map and model were reconstructed from the immune complex dataset using the focused classification approach.#1-#40MULTIPLE SOURCES
2BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 gp120/gp41COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3polyclonal Fab pAbC-8 from animal Rh.33311COMPLEX#3-#41NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)11676
23Macaca mulatta (アカゲザル)9544
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HClTris-HCl1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Polyclonal complexes were generated by incubation of isolated polyclonal Fabs with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 9.75 sec. / 電子線照射量: 44.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 6268
画像スキャン動画フレーム数/画像: 39 / 利用したフレーム数/画像: 1-39

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4RELION3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10RosettaEMモデル精密化
11RELION3初期オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
13RELION3分類
14RELION3３次元再構成
画像処理詳細: Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1267693 / 詳細: Particles picked using template picker
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29622 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: 29622 symmetry-expanded particles. See the Methods section of the manuscript for details.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16VL5

6vl5

16VL51PDBexperimental model
24KTE

4kte

14KTE2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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