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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l7z | ||||||
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タイトル | x-ray structure of the N-acetyltransferase Pcryo_0637 from psychrobacter cryohalolentis in the presence of coenzyme A and UDP-di-N-acetyl-bacillosamine | ||||||
![]() | Putative acetyl transferase protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / beta helix / bacillosamine / lipopolysaccharide / carbohydrate | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of two enzymes from Psychrobacter cryohalolentis that are required for the biosynthesis of an unusual diacetamido-d-sugar. 著者: Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 23680.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5 / 遺伝子: Pcryo_0637 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 233分子 








#2: 化合物 | ChemComp-COA / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-XQA / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 23-26% MPD, 100 mM HEPES. protein incubated with 5 mM coenzyme A and 20 mM UDP-2,4-diacetamido-2,4,6-trideoxy-D-glucose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54718 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54718 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 33312 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5566 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7l7y 解像度: 1.55→30.983 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.614 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.657 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.983 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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