PDB-7l76: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-Phenylbenzofur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l76

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-Phenylbenzofuran-3-yl)acetic acid

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Elaboration of a benzofuran scaffold and evaluation of binding affinity and inhibition of Escherichia coli DsbA: A fragment-based drug design approach to novel antivirulence compounds.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Dhouib, R. / Totsika, M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.

履歴

登録	2020年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7l76.ent.gz	134.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l76_validation.pdf.gz	718.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l76_full_validation.pdf.gz	720.2 KB	表示
XML形式データ	7l76_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	7l76_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l76	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xspC 6xsqC 6xt3C 7l7cC 7lhpC 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qn4-1 5ql0-1 5qno-2 5qkh-1 6pvz-2 5qku-2 5qn1-1 5qlr-1 5qmp-2 5qnq-1 5qn2-2 5qke-1 5ql1-1 5qks-1 6whd-1 5qm3-1 6pd7-2 6pvy-2 5qm9-1 5qkh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.513, 64.031, 74.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-449- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-XPV / (6-phenyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid 分子量: 252.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₆H₁₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月17日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→47.64 Å / Num. obs: 39774 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.83→1.93 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5741 / R_pim(I) all: 0.368 / R_rim(I) all: 0.757 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.83→37.28 Å / SU ML: 0.2282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	1997	5.02 %
R_work	0.1816	37763	-
obs	0.1838	39760	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2886	0	20	348	3254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0175	3028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3811	4119
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0819	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0102	560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.259	426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.88	0.359	155	0.3095	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.88-1.93	0.293	112	0.2778	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.93-1.98	0.3316	126	0.2384	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.05	0.2628	154	0.214	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.05-2.12	0.2447	128	0.2157	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.21	0.251	148	0.215	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.31	0.2716	133	0.209	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.43	0.2545	134	0.1975	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.43-2.58	0.275	153	0.1965	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.78	0.2497	148	0.1875	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.06	0.2387	153	0.1864	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.5	0.2281	141	0.169	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.1669	154	0.1448	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-37.28	0.1813	158	0.1537	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.85901750733	1.19206933265	-0.656753610824	7.7802346126	2.12664520625	1.50809068476	0.128131985774	0.354248032582	0.174598327001	-1.2949279941	0.0979114158968	0.018810865203	-0.475687922133	1.43847665811	-0.121806269496	0.550908294743	-0.110438564953	-0.0592906703665	0.605178061948	-0.0222794732186	0.257019446108	30.8184444689	-9.51522086307	-11.4902384938
2	0.597161938272	0.831385844179	0.535221649907	6.67890684815	3.22388722345	3.21071712925	0.0383803718917	0.213559804081	-0.100017135112	0.259638759637	-0.00338766195559	-0.127892968212	0.258690283969	-0.0370571144912	-0.0408523761828	0.241581747752	-0.10105979131	-0.0214071504353	0.307141472708	-0.0470628637317	0.210615319578	31.0091957879	-10.0421377284	6.20913787336
3	4.24402340618	-0.245726200785	-0.043097583805	1.36124944577	-0.560963350613	3.83484903124	-0.0968805305817	0.0380044804291	-0.0857105035347	0.0394353019369	-0.00995496755496	0.0326653767086	0.126403689391	-0.0790656379667	0.120093512262	0.183466607033	-0.0594979378156	-0.0243051285277	0.159443801215	-0.0183575115132	0.130877344401	33.2231037262	-2.99074110868	19.0253583646
4	5.26237102738	3.67886324912	-3.51846660556	3.39130712977	-3.40011132751	3.69229986053	-0.344254836982	-0.243987503867	-0.134742187887	-0.0294834830663	-0.0172515368976	-0.524406355801	0.522071251676	0.843392877451	0.431851257363	0.26800887343	0.0138324367389	-0.0465338214101	0.375253607129	-0.0191376704916	0.240854589361	44.400993586	-1.42976554913	23.3548468288
5	4.25368569796	-0.150772166718	2.33501034875	2.54900261042	-0.555913460102	3.65561115253	-0.18524902006	0.40188486297	0.11930600893	-0.430576294849	0.165952555428	-0.331612381894	-0.0932103793771	0.725643182243	0.105620071645	0.27520330805	-0.159215527226	0.0245193311725	0.424043926545	0.0313333869009	0.23983628405	42.1860773548	2.78644065067	5.19722533741
6	0.384512168997	0.98040868937	0.82918343853	6.88955072883	1.56190396131	2.81028835395	0.113183034848	0.218572085432	0.0222602674258	-0.353230573553	-0.0270497538953	0.453858911266	-0.0368895019995	0.373296693067	-0.0831457846673	0.256714741677	0.0010087147974	-0.0802428474423	0.367709399078	-0.0842201375889	0.249967982068	27.1786114647	-14.0166608753	-3.73009392601
7	2.43179908844	1.59645068259	-1.31051469671	5.01548715291	2.10746096447	4.20759792012	0.34757053961	0.42750903091	0.544895284922	-0.940264873541	-0.0884873682918	0.451379722834	-1.13182141723	-0.792173242362	-0.14282626424	0.741869577892	0.22608562644	0.10687916177	0.442214290138	0.0614084199187	0.522586730809	2.65186015692	9.41710864246	21.4495268544
8	3.35916159615	0.0788920382484	-0.927439482147	4.18123119679	3.31591359188	6.87688182988	0.240939820023	0.278092261564	0.222983589283	-0.162968478397	-0.189569695941	0.345613979632	-0.338082187919	-0.582002218752	-0.0722571044423	0.237198131834	0.00125563030461	0.0204012490351	0.1694708901	0.0466708400607	0.249728489747	6.91025654413	-7.537090792	21.9041765662
9	8.62045018267	0.428076474785	-2.14628111948	5.56040732375	0.874275531115	4.44395367622	0.0878278830629	-0.0862206438785	0.0570473570801	-0.144370950962	-0.189980714611	0.132188779298	-0.0848910517789	-0.231112885332	0.0908118240633	0.18307326204	-0.0546291498334	-0.052657065657	0.194830226041	0.00234020609347	0.161384104278	6.13917236031	-18.1570551507	15.5894441795
10	9.00595103599	1.82791587665	0.475725623688	4.88546701745	0.101937585501	4.83457574735	-0.459446069291	0.0535158491641	-0.874222516353	-0.134450667155	0.159771733044	-0.269600414566	0.299615317463	-0.213614158033	0.243342216562	0.187887325435	-0.0320714937881	0.0191522798908	0.194984068644	-0.00743331320846	0.216192522051	6.20803109642	-26.4315941077	12.9760426328
11	4.12578568746	0.0557844399058	1.17603727184	1.63927601868	0.311142054837	3.03863983079	0.387986091883	0.540266781979	0.80788219718	-0.495144239758	0.0389354081851	0.415218460264	-1.05958952584	-0.89105956483	0.0380388414527	0.492672290774	0.248738462415	0.0157893126045	0.568379196793	0.186653102944	0.412803210029	0.227285307413	-3.33912837207	12.5034491167
12	0.407223590334	0.663314581213	-0.991209483208	3.94288462511	-3.64008537289	3.84656273832	0.162103711018	-0.0427734990281	0.238047184298	-0.291806238774	-0.0624320726658	-0.438255510219	-0.389627399103	0.497718000095	0.00976149431611	0.655257412613	-0.043472311782	0.318022162527	0.247413448764	-0.0627471393007	0.56438490754	15.9134676843	5.10129972203	27.309234853
13	0.469205711653	1.65302252017	0.344120883849	6.06219783383	0.33598940898	6.86522137296	0.301135140218	-0.0492545772526	0.404293743966	-0.054535837079	0.168737713828	0.678525539313	-0.492386544015	-1.00060986104	-0.231509731334	0.482951664271	0.0762722812296	0.285293958295	0.142951493641	-0.053486984175	0.48851827896	5.69776302587	4.02826689442	30.4582686803

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 21 )	A	A	1 - 21	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 22 through 65 )	A	A	22 - 65	22 - 65
3	3	chain 'A' and (resid 66 through 114 )	A	A	66 - 114	66 - 114
4	4	chain 'A' and (resid 115 through 128 )	A	A	115 - 128	115 - 128
5	5	chain 'A' and (resid 129 through 145 )	A	A	129 - 145	129 - 145
6	6	chain 'A' and (resid 146 through 188 )	A	A	146 - 188	146 - 188
7	7	chain 'B' and (resid 1 through 21 )	B	C	1 - 21	1 - 21
8	8	chain 'B' and (resid 22 through 65 )	B	C	22 - 65	22 - 65
9	9	chain 'B' and (resid 66 through 97 )	B	C	66 - 97	66 - 97
10	10	chain 'B' and (resid 98 through 128 )	B	C	98 - 128	98 - 128
11	11	chain 'B' and (resid 129 through 161 )	B	C	129 - 161	129 - 161
12	12	chain 'B' and (resid 162 through 170 )	B	C	162 - 170	162 - 170
13	13	chain 'B' and (resid 171 through 188 )	B	C	171 - 188	171 - 188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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