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Yorodumi- PDB-7l76: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-Phenylbenzofur... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l76 | ||||||
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Title | Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-Phenylbenzofuran-3-yl)acetic acid | ||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Elaboration of a benzofuran scaffold and evaluation of binding affinity and inhibition of Escherichia coli DsbA: A fragment-based drug design approach to novel antivirulence compounds. Authors: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Dhouib, R. / Totsika, M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l76.cif.gz | 203.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l76.ent.gz | 134.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l76.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7l76_validation.pdf.gz | 718.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7l76_full_validation.pdf.gz | 720.2 KB | Display | |
Data in XML | 7l76_validation.xml.gz | 19.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7l76_validation.cif.gz | 29 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l76 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xspC 6xsqC 6xt3C 7l7cC 7lhpC 1fvkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21155.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / Plasmid: B0013 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0AEG4 #2: Chemical | ChemComp-XPV / ( | #3: Chemical | ChemComp-CU / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2014 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.83→47.64 Å / Num. obs: 39774 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 27.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.93 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5741 / Rpim(I) all: 0.368 / Rrim(I) all: 0.757 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FVK Resolution: 1.83→37.28 Å / SU ML: 0.2282 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.3419 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→37.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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