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- PDB-7l6l: Crystal Structure of the DNA-binding Transcriptional Repressor De... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l6l
タイトルCrystal Structure of the DNA-binding Transcriptional Repressor DeoR from Escherichia coli str. K-12
要素Deoxyribose operon repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / DNA-binding / Transcriptional Repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
DeoR-type HTH domain / DeoR C-terminal sensor domain / : / DeoR C terminal sensor domain / DeoR-like helix-turn-helix domain / DeoR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Deoxyribose operon repressor / Transcription regulator, HTH DeoR-type, conserved site / DeoR-type HTH domain signature. / DeoR C terminal sensor domain ...DeoR-type HTH domain / DeoR C-terminal sensor domain / : / DeoR C terminal sensor domain / DeoR-like helix-turn-helix domain / DeoR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Deoxyribose operon repressor / Transcription regulator, HTH DeoR-type, conserved site / DeoR-type HTH domain signature. / DeoR C terminal sensor domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyribose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the DNA-binding Transcriptional Repressor DeoR from Escherichia coli str. K-12.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose operon repressor
B: Deoxyribose operon repressor
C: Deoxyribose operon repressor
D: Deoxyribose operon repressor
E: Deoxyribose operon repressor
F: Deoxyribose operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,77434
ポリマ-127,4636
非ポリマー2,31128
22,2491235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15310 Å2
ΔGint-329 kcal/mol
Surface area42940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.751, 64.734, 140.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Deoxyribose operon repressor


分子量: 21243.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
: K12 / 遺伝子: deoR, nucR, b0840, JW0824 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: P0ACK5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1235 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 3.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 5% Glycerol, TEV; Screen: Classics II (G5), 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月17日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 127632 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.07 / Χ2: 1.348 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6297 / CC1/2: 0.814 / CC star: 0.947 / Rpim(I) all: 0.393 / Rrim(I) all: 0.876 / Rsym value: 0.781 / Χ2: 1.006 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.571 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1832 6304 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.1593 120563 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.5 Å2 / Biso mean: 28.471 Å2 / Biso min: 15.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å20 Å21.71 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8583 0 121 1309 10013
Biso mean--46.49 39.11 -
残基数----1078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0139100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.64912366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3711.57519395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.48151122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.72822.43461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.039151466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.3321548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0520.0210163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0470.021957
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 499 -
Rwork0.251 8747 -
all-9246 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.64232.2177-1.32462.7321-0.44864.12480.1608-0.16730.25110.0913-0.01620.161-0.29590.15-0.14470.10650.00960.03320.01810.00770.050953.160946.819220.9976
22.94110.8027-1.05282.6457-0.96662.08990.15410.06770.2350.12020.06950.2878-0.3047-0.2094-0.22360.05320.04260.01760.06270.03060.102644.221534.975527.608
31.4884-0.01730.18621.4729-0.30991.00780.0833-0.17790.15430.0080.0250.0149-0.19370.0593-0.10830.0907-0.010.00330.12540.01320.09755.471530.438335.1105
48.9107-0.03580.59590.86910.5210.3552-0.06650.0598-0.3290.02120.06780.03570.01090.0478-0.00130.09490.02380.02560.1050.02620.044555.469916.707632.7153
51.10610.0298-0.84381.1711-0.01151.43730.02240.11160.0156-0.12120.00060.0469-0.016-0.0889-0.0230.0593-0.0003-0.01130.05260.01130.063456.002528.65818.1301
62.67930.6656-1.4385.2244-0.04643.0045-0.07130.60590.0225-0.58080.19640.3490.0961-0.4518-0.12510.1296-0.0104-0.0790.18650.02240.057647.993932.24827.8986
77.43963.0010.694412.0975-0.96983.353-0.13310.0635-0.3319-0.1710.29980.780.043-0.3127-0.16670.01110.0042-0.02220.11340.03890.176616.832210.717473.2401
81.3117-0.3086-0.51951.483-0.57552.0209-0.01040.11420.0254-0.12430.05460.08820.0559-0.1251-0.04430.0291-0.0102-0.04440.06950.00430.080331.648717.309861.6063
97.5403-0.6978-2.57651.2122-0.5081.3677-0.1152-0.3424-0.1153-0.13220.0323-0.06190.14530.11170.08290.1109-0.0262-0.02230.0431-0.00280.084835.7570.692761.117
103.45520.11520.37237.6053-0.98940.1765-0.0425-0.016-0.28190.00230.0472-0.10020.00150.0049-0.00470.07890.01050.03440.08150.01120.086747.54467.528958.3763
111.31150.2575-0.52781.4983-0.44851.6633-0.0274-0.1018-0.06970.02450.00090.005-0.01390.10230.02650.02140.0032-0.03930.0832-0.00860.090236.37529.905475.8727
125.6396-0.17790.78582.94-0.26184.86590.1735-0.29910.09750.3051-0.0527-0.0606-0.36840.141-0.12080.085-0.008-0.00180.0651-0.0410.038833.865318.278887.3204
137.66365.81114.397711.64594.310.26940.0746-0.0445-0.10880.1876-0.0251-0.47030.06790.717-0.04950.02360.048-0.01090.19570.02150.059887.7339-2.418939.0674
141.7833-0.85590.39641.53980.06953.2727-0.0065-0.0206-0.078-0.05710.0209-0.05220.29740.3084-0.01440.06470.0518-0.01130.07460.01740.050378.7709-4.15628.8369
151.0511-0.07430.48044.30031.65811.61370.08710.0421-0.0691-0.15030.0244-0.42190.05890.268-0.11160.05250.04340.0150.10380.01470.061179.96573.870121.975
160.5476-0.5582-0.10891.8352-0.35771.14-0.0486-0.0913-0.02030.12920.04110.00270.03920.06510.00750.03150.0193-0.02670.08320.00950.051570.78646.325535.6136
172.9749-0.81881.56162.39640.50834.3367-0.0077-0.2584-0.00290.32310.02720.10160.267-0.2341-0.01950.07880.0130.02120.07490.04360.051971.1989-4.435646.1975
1811.218-3.1162-3.85773.62030.33364.81110.079-0.1011-0.40170.04270.04950.28540.5369-0.4487-0.12860.1232-0.0609-0.02130.10160.05920.075468.2595-9.22844.5777
191.29230.67550.24763.22161.33372.05320.0478-0.00470.22210.00060.00730.006-0.20630.093-0.05510.0409-0.0346-0.00950.11540.01410.122269.241531.539357.8069
207.70571.1015-0.60880.97090.11161.77330.13080.21010.33560.0993-0.00450.1316-0.2453-0.0052-0.12630.0847-0.04140.00240.08220.00190.092569.180333.685352.4281
212.08010.2961-0.18320.7499-0.15681.1260.05120.01860.15270.05430.0165-0.0303-0.13590.0566-0.06760.0275-0.0262-0.00740.0810.01370.051461.154328.438544.0419
227.33080.4562-0.09670.0384-0.01160.009-0.06460.028-0.2161-0.0120.0374-0.02260.0128-0.0160.02730.0936-0.02160.03090.1283-0.01650.09458.781815.214741.4421
231.87730.0889-0.88590.751-0.05351.37840.0411-0.12780.06980.0436-0.03250.02720.02160.0459-0.00860.0175-0.0259-0.02240.1126-0.00650.088959.031921.366559.3169
243.64171.8507-1.22184.16280.45174.60050.1146-0.5692-0.18930.2001-0.1433-0.09660.23340.44160.02870.0464-0.0179-0.04940.21680.04810.084967.256520.947670.1821
2510.0708-9.0349-4.011311.29044.22655.46390.1265-0.09390.30040.0325-0.0176-0.41940.05980.5613-0.1090.0354-0.0339-0.00210.14620.00710.042192.224427.65913.8474
263.5628-0.0362-1.00283.53390.57233.9441-0.0184-0.13240.04850.0590.0329-0.127-0.13620.457-0.01460.0406-0.0394-0.00790.0899-0.00680.010282.456426.140710.818
272.4005-1.1277-0.03728.62235.14963.2695-0.0676-0.06950.10930.13680.1464-0.1580.06090.1106-0.07880.0709-0.0341-0.00640.1124-0.01380.052388.609729.962216.1605
281.51050.1794-0.25422.321-0.04541.8206-0.0221-0.0512-0.0558-0.0114-0.0071-0.15760.05410.29670.02920.04080.01170.00520.10040.00880.014279.197117.127315.8902
290.803-0.3407-0.95880.62970.37221.81540.01220.08640.0117-0.0877-0.0049-0.04410.0406-0.0377-0.00730.0863-0.00590.01070.06790.00040.037677.005920.9732-0.3184
303.5349-1.01961.07063.2292-0.71535.63990.20060.04860.0663-0.1205-0.2088-0.0385-0.1655-0.0020.00830.0614-0.0190.03330.0530.01230.072882.487132.0366-9.0929
318.0156-4.4241.17211.3267-4.97335.45970.07890.0581-0.10840.06620.11540.34590.0164-0.5104-0.19430.0067-0.02050.00790.1398-0.03890.06225.48380.224530.0071
322.74810.82160.85972.99910.1394.03340.1047-0.1233-0.35630.2324-0.0652-0.01060.4417-0.4199-0.03940.0951-0.07420.00240.06570.01010.099534.8466-5.30838.2964
330.59980.46220.33514.19331.46790.96020.0509-0.0781-0.06110.2939-0.07640.1180.1939-0.30330.02540.1747-0.07150.0020.17770.01560.113134.82261.28447.6295
341.66040.4893-0.01051.27281.66152.46860.086-0.0092-0.1846-0.01670.0187-0.1538-0.0569-0.0154-0.10470.161-0.0232-0.0220.11550.00210.181844.90777.018338.4733
352.19540.86040.83083.843-0.15613.7707-0.08050.2112-0.0575-0.22340.0207-0.0923-0.1868-0.02610.05980.0336-0.01260.01490.0455-0.02470.020440.55556.298428.2073
365.1518-0.1872-0.67471.6282-0.29164.25610.06170.4214-0.0825-0.2376-0.1048-0.08240.2302-0.0710.04310.0589-0.00120.02560.0864-0.05870.081942.0315-1.00421.1701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A74 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3A121 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4A157 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5A163 - 223
6X-RAY DIFFRACTION6A224 - 252
7X-RAY DIFFRACTION7B70 - 81
8X-RAY DIFFRACTION8B82 - 145
9X-RAY DIFFRACTION9B146 - 154
10X-RAY DIFFRACTION10B155 - 163
11X-RAY DIFFRACTION11B164 - 235
12X-RAY DIFFRACTION12B236 - 252
13X-RAY DIFFRACTION13C74 - 84
14X-RAY DIFFRACTION14C85 - 111
15X-RAY DIFFRACTION15C112 - 151
16X-RAY DIFFRACTION16C152 - 223
17X-RAY DIFFRACTION17C224 - 243
18X-RAY DIFFRACTION18C244 - 252
19X-RAY DIFFRACTION19D74 - 99
20X-RAY DIFFRACTION20D100 - 115
21X-RAY DIFFRACTION21D116 - 156
22X-RAY DIFFRACTION22D157 - 162
23X-RAY DIFFRACTION23D163 - 223
24X-RAY DIFFRACTION24D224 - 252
25X-RAY DIFFRACTION25E75 - 89
26X-RAY DIFFRACTION26E90 - 107
27X-RAY DIFFRACTION27E108 - 114
28X-RAY DIFFRACTION28E115 - 159
29X-RAY DIFFRACTION29E160 - 228
30X-RAY DIFFRACTION30E229 - 252
31X-RAY DIFFRACTION31F74 - 84
32X-RAY DIFFRACTION32F85 - 112
33X-RAY DIFFRACTION33F113 - 153
34X-RAY DIFFRACTION34F154 - 200
35X-RAY DIFFRACTION35F201 - 224
36X-RAY DIFFRACTION36F225 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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