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万見
- PDB-7l6k: ApoL1 N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l6k
タイトルApoL1 N-terminal domain
要素Apolipoprotein L1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / kidney disease / lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / lipid transport / chloride channel activity / cytolysis by host of symbiont cells / Scavenging of heme from plasma / chloride transmembrane transport / cholesterol metabolic process / Post-translational protein phosphorylation ...lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / lipid transport / chloride channel activity / cytolysis by host of symbiont cells / Scavenging of heme from plasma / chloride transmembrane transport / cholesterol metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / lipid binding / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein L / Apolipoprotein L
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Holliday, M.J. / Ultsch, M. / Moran, P. / Fairbrother, W.J. / Kirchhofer, D.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the ApoL1 and ApoL2 N-terminal domains reveal a non-classical four-helix bundle motif.
著者: Ultsch, M. / Holliday, M.J. / Gerhardy, S. / Moran, P. / Scales, S.J. / Gupta, N. / Oltrabella, F. / Chiu, C. / Fairbrother, W. / Eigenbrot, C. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2020年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein L1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3091
ポリマ－13,3091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8160 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein L1 / Apolipoprotein L / ApoL / Apolipoprotein L-I / ApoL-I


分子量: 13309.070 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 61-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOL1, APOL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14791

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
1121isotropic12D 1H-13C TROSY aromatic
1131isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
1191isotropic23D HNCA
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCO
1141isotropic23D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
1151isotropic23D HN(CA)CO
1111isotropic13D (H)CC(CO)NH
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1171isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ApoL1 (61-172), 93% H2O/7% D2O
詳細: 0.9 mM 13C15N APOL1 61-172 / Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料濃度: 0.9 mM / 構成要素: ApoL1 (61-172) / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: 25 mM MES, 25 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 5.5 / イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
simulated annealing1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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