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- PDB-7l4k: Crystal structure of the DRM2-CCG DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4k
タイトルCrystal structure of the DRM2-CCG DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA methyltransferase / complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / defense response to fungus / methylation / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAM-dependent methyltransferase DRM / SAM-dependent methyltransferase DRM-type domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Fang, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Substrate deformation regulates DRM2-mediated DNA methylation in plants.
著者: Fang, J. / Leichter, S.M. / Jiang, J. / Biswal, M. / Lu, J. / Zhang, Z.M. / Ren, W. / Zhai, J. / Cui, Q. / Zhong, X. / Song, J.
履歴
登録2020年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
B: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2836
ポリマ－51,7153
非ポリマー5693
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.968, 231.582, 54.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2 / Protein DOMAINS REARRANGED METHYLASE 2


分子量: 40622.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9M548, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5578.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*CP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 5513.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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非ポリマー , 3種, 60分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2% v/v Tacsimate(pH 6.0), 0.1 M BIS-TRIS (pH 6.5) and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350.
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→49.2 Å / Num. obs: 23003 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 115890 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.61-2.734.31.6391182727530.4090.8591.860.899.3
9.04-49.24.60.03527435960.9980.0170.0429.795.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ONJ

4onj


解像度: 2.61→41.318 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 1995 8.69 %
Rwork0.2132 20961 -
obs0.2156 22956 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.49 Å2 / Biso mean: 58.6855 Å2 / Biso min: 24.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→41.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 733 38 57 3644
Biso mean--52.54 49.42 -
残基数----388
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.61-2.67530.35661360.3594142898
2.6753-2.74760.38651420.3382149299
2.7476-2.82840.36411410.32131487100
2.8284-2.91970.34431410.3071470100
2.9197-3.0240.36681430.31381517100
3.024-3.1450.30071390.29091453100
3.145-3.28810.27711410.2577148499
3.2881-3.46140.26131430.2372150599
3.4614-3.67810.27481420.2214148699
3.6781-3.96190.23031430.2018150299
3.9619-4.36020.18611440.1637150199
4.3602-4.99020.18741440.155153099
4.9902-6.28360.20031460.1771152199
6.2836-41.3180.16391500.1555158596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.04690.61021.19033.7281.3984.7860.68110.3484-0.74870.2378-0.2337-0.15280.7031-0.0189-0.34150.57850.05520.01250.30640.00710.452713.294220.679-5.5568
21.55460.0291-0.51210.89550.12191.86290.005-0.0156-0.16270.0545-0.05-0.04550.26620.0260.05580.37170.057-0.01390.31710.04380.362717.336529.8752-7.3286
33.48480.7504-0.50514.31861.00583.532-0.0187-0.198-0.5849-0.2859-0.0587-0.64390.40910.81510.12990.52360.15520.02040.75130.09390.644439.751327.0923-27.6484
41.4776-0.1779-0.55050.53140.52380.74030.1450.36490.0645-0.2821-0.1738-0.1249-0.41980.07290.0150.48390.04020.01520.51230.03760.400825.216941.6135-20.1426
52.65540.6297-1.73220.7906-0.09131.6524-0.14650.1648-0.1024-0.16350.0464-0.08720.11640.06420.01980.3880.068-0.00050.3751-0.03120.403118.003739.785-8.7055
63.64791.1602-0.03751.35550.04711.21810.02340.11660.4429-0.16860.0550.1449-0.1645-0.1138-0.0440.35780.03740.01610.32260.04380.308310.856748.1643-3.1146
73.5296-1.00011.05872.4303-0.15063.8346-0.0267-0.21750.13380.25590.02870.038-0.55640.09030.09460.3669-0.0644-0.01240.3518-0.01450.340612.890552.77897.6673
82.7082-1.4599-0.2171.98470.9910.9814-0.0914-0.5401-0.11890.33110.0596-0.04470.10750.09880.06230.4477-0.0003-0.04160.42250.07260.348621.133538.74998.3359
94.44981.94662.16474.22440.45653.52710.3676-0.39590.14660.546-0.2306-0.7289-0.63160.5509-0.14540.4966-0.15240.05570.55210.0310.646939.007152.8592-12.6061
102.8155-2.0054-0.25183.21040.07872.36540.17360.2561-0.863-1.5507-0.58940.06461.14170.00030.45320.96950.1886-0.01680.6107-0.00810.918536.833420.1271-7.0064
114.6704-0.5228-0.02754.52270.16150.99390.2799-0.6604-0.52740.3757-0.75970.12230.69091.21460.41871.36150.1148-0.04230.79890.33591.641639.24857.8706-2.9443
122.17771.72350.7765.07730.31743.3009-0.4764-0.0604-0.4498-0.11720.4513-0.01620.45870.69790.03350.57130.1370.05620.43980.13860.536431.733926.312-9.2778
130.42460.5485-0.36794.931-4.7654.67530.2934-0.3450.08430.5088-1.3149-0.99020.17351.45091.04740.5401-0.0721-0.02630.65570.20560.704144.54247.4498-10.4419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 275 through 294 )A275 - 294
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 295 through 400 )A295 - 400
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 401 through 435 )A401 - 435
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 436 through 470 )A436 - 470
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 471 through 494 )A471 - 494
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 495 through 547 )A495 - 547
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 548 through 575 )A548 - 575
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 576 through 626 )A576 - 626
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 5 )B1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 6 through 18 )B6 - 18
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 6 through 11 )C6 - 11
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 12 through 18 )C12 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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