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- PDB-7l33: X-ray Structure of a Cu-Bound De Novo Designed Peptide Trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l33
タイトルX-ray Structure of a Cu-Bound De Novo Designed Peptide Trimer
要素Cu-3SCC
キーワードDE NOVO PROTEIN / Coiled Coil / Copper / Metallopeptide / Artificial Enzymes
機能・相同性COPPER (II) ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Chakraborty, S. / Wawrzak, Z. / Prasad, P. / Mitra, S. / Prakash, D.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: De Novo Design of a Self-Assembled Artificial Copper Peptide that Activates and Reduces Peroxide
著者: Mitra, S. / Prakash, D. / Rajabimoghadam, K. / Wawrzak, Z. / Prasad, P. / Wu, T. / Misra, S.K. / Sharp, J.S. / Garcia-Bosch, I. / Chakraborty, S.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cu-3SCC
B: Cu-3SCC
C: Cu-3SCC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9676
ポリマ－9,7763
非ポリマー1913
水23413
1
A: Cu-3SCC
ヘテロ分子

A: Cu-3SCC
ヘテロ分子

A: Cu-3SCC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9676
ポリマ－9,7763
非ポリマー1913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
2
B: Cu-3SCC
ヘテロ分子

B: Cu-3SCC
ヘテロ分子

B: Cu-3SCC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9676
ポリマ－9,7763
非ポリマー1913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area5740 Å2
手法PISA
3
C: Cu-3SCC
ヘテロ分子

C: Cu-3SCC
ヘテロ分子

C: Cu-3SCC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9676
ポリマ－9,7763
非ポリマー1913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.260, 39.260, 83.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CU

21B-101-

CU

31C-101-

CU

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...
21(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...
31(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ACEACEGLYGLY(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA0 - 11 - 2
12ALAALAILEILE(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA3 - 54 - 6
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA67
14ACEACEGLYGLY(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA0 - 301 - 31
15ACEACEGLYGLY(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA0 - 301 - 31
16ACEACEGLYGLY(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA0 - 301 - 31
17ACEACEGLYGLY(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA0 - 301 - 31
18ACEACEGLYGLY(chain A and (resid 0 through 1 or resid 3...AA0 - 301 - 31
21ACEACEGLYGLY(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB0 - 11 - 2
22ALAALAILEILE(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB3 - 124 - 13
23LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB1314
24ACEACEGLYGLY(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB0 - 301 - 31
25ACEACEGLYGLY(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB0 - 301 - 31
26ACEACEGLYGLY(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB0 - 301 - 31
27ACEACEGLYGLY(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB0 - 301 - 31
28ACEACEGLYGLY(chain B and (resid 0 through 1 or resid 3...BB0 - 301 - 31
31ACEACEGLYGLY(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC0 - 11 - 2
32ALAALAILEILE(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC3 - 54 - 6
33ACEACEACEACE(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC01
34ACEACEGLYGLY(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC0 - 301 - 31
35ACEACEGLYGLY(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC0 - 301 - 31
36ACEACEGLYGLY(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC0 - 301 - 31
37ACEACEGLYGLY(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC0 - 301 - 31
38ACEACEGLYGLY(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC0 - 301 - 31
39ACEACEGLYGLY(chain C and (resid 0 through 1 or resid 3...CC0 - 301 - 31

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cu-3SCC


分子量: 3258.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2.6H20, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→31.5 Å / Num. obs: 12815 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 138001
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.497.23.79161288530.3721.4394.0740.690.8
6.48-31.5100.07415461540.9990.0250.0783098

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DZL

4dzl


解像度: 1.45→20.907 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 48.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2945 554 4.4 %
Rwork0.2687 12029 -
obs0.2698 12583 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.43 Å2 / Biso mean: 40.1871 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→20.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数670 0 3 13 686
Biso mean--84.81 43.89 -
残基数----93
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A231X-RAY DIFFRACTION9.217TORSIONAL
12B231X-RAY DIFFRACTION9.217TORSIONAL
13C231X-RAY DIFFRACTION9.217TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.45-1.59590.4421290.4256280391
1.5959-1.82670.40161700.354302399
1.8267-2.3010.33271240.3088310099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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