PDB-7l32: Molybdopterin biosynthesis MoaE protein from Burkholderia ambifar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l32

タイトル

Molybdopterin biosynthesis MoaE protein from Burkholderia ambifaria MC40-6

要素

MPT synthase subunit 2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / SSGCID / Molybdopterin biosynthesis / moaE / Burkholderia ambifaria / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

molybdopterin synthase / molybdopterin synthase activity / Molybdopterin biosynthesis MoaE / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit superfamily / MoaE protein / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / BROMIDE ION / MPT synthase subunit 2

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Molybdopterin biosynthesis MoaE protein from Burkholderia ambifaria MC40-6
著者: Sroge, C.D. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l32.cif.gz	230.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l32.ent.gz	153.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l32_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l32_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	7l32_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	7l32_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l32	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qieS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ddd-d 3bx7-d 6hn6-d 3wx6-d 5brk-d 5jsf-d 1i3s-3 5js6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MPT synthase subunit 2

B: MPT synthase subunit 2

C: MPT synthase subunit 2

ヘテロ分子

55.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MPT synthase subunit 2

ヘテロ分子

A: MPT synthase subunit 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MPT synthase subunit 2

C: MPT synthase subunit 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.680, 93.290, 65.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.103, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 20 or resid 22...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 20 or resid 22...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ALA	LEU	A	1 - 19
d_1	2	ens_1	ALA	ALA	A	21 - 30
d_1	3	ens_1	PHE	THR	A	32 - 90
d_1	4	ens_1	ALA	THR	A	92 - 120
d_1	5	ens_1	GLU	GLU	A	125 - 144
d_2	1	ens_1	ALA	LEU	B	2 - 20
d_2	2	ens_1	ALA	ALA	B	22 - 31
d_2	3	ens_1	PHE	LEU	B	33 - 40
d_2	4	ens_1	ALA	THR	B	43 - 93
d_2	5	ens_1	ALA	THR	B	95 - 123
d_2	6	ens_1	GLU	GLU	B	128 - 147
d_3	1	ens_1	ALA	LEU	C	1 - 19
d_3	2	ens_1	ALA	ALA	C	21 - 30
d_3	3	ens_1	PHE	THR	C	32 - 90
d_3	4	ens_1	ALA	GLU	C	92 - 140

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.177746461837, -0.984042510317, 0.00815678816071), (0.984005818881, -0.177628409971, 0.0134423353564), (-0.0117789521172, 0.0104156545619, 0.999876377572)	-21.6280278199, 30.9379761287, 5.82643920671
2	given	(0.187878131208, -0.982169722939, -0.00666656997871), (-0.982187585647, -0.18789402832, 0.00183867411661), (-0.00305849873607, 0.006202375615, -0.999976087775)	-21.3467122905, 31.313905014, 71.0627614894

#1: タンパク質	MPT synthase subunit 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis protein E / Molybdopterin synthase catalytic subunit / ...Molybdenum cofactor biosynthesis protein E / Molybdopterin synthase catalytic subunit / Molybdopterin-converting factor large subunit / Molybdopterin-converting factor subunit 2 分子量: 18423.844 Da / 分子数: 3 / 断片: BuamA.00098.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (バクテリア) 株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_1760 / プラスミド: BuamA.00098.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1YRH1, molybdopterin synthase
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, B5:10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550 0.03 M of each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5: BuamA.00098.a.B1. ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, B5:10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550 0.03 M of each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5: BuamA.00098.a.B1.PS37913 at 49.6 mg/ml + 0.5% n-Octyl-??-D-glucopyranoside: cryo: direct: tray 317329b5, puck xxu3-9

結晶

マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, B5:10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550 0.03 M of each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5: BuamA.00098.a.B1. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月30日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 52076 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.672 % / B_iso Wilson estimate: 37.499 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.939 / Net I/σ(I): 16.26

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	2.991	0.392	3.04	3372	0.915	0.474	87.4
1.95-2	3.331	0.372	3.65	3740	0.932	0.442	98.5
2-2.06	3.745	0.272	5.43	3660	0.957	0.319	99.9
2.06-2.12	3.781	0.22	6.46	3618	0.97	0.257	100
2.12-2.19	3.782	0.164	8.3	3460	0.983	0.191	100
2.19-2.27	3.775	0.129	10.25	3373	0.987	0.151	99.8
2.27-2.36	3.792	0.107	11.91	3187	0.99	0.125	99.7
2.36-2.45	3.791	0.092	13.32	3139	0.993	0.107	99.9
2.45-2.56	3.783	0.072	16.37	2956	0.994	0.084	99.8
2.56-2.69	3.778	0.061	18.49	2876	0.996	0.071	99.9
2.69-2.83	3.798	0.053	20.88	2709	0.997	0.062	99.8
2.83-3	3.782	0.047	24.06	2572	0.996	0.054	99.9
3-3.21	3.756	0.043	26.47	2427	0.997	0.051	99.8
3.21-3.47	3.73	0.04	29.33	2274	0.997	0.047	99.8
3.47-3.8	3.727	0.036	31.36	2073	0.998	0.042	99.8
3.8-4.25	3.712	0.034	32.57	1872	0.997	0.04	99.5
4.25-4.91	3.66	0.033	33.58	1650	0.998	0.039	99.8
4.91-6.01	3.6	0.034	32.87	1410	0.998	0.039	99.5
6.01-8.5	3.604	0.031	33.7	1094	0.998	0.036	99.5
8.5-50	3.393	0.03	33.77	614	0.998	0.035	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19RC4-4035	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2qie as per Morda

2qie

解像度: 1.9→48.25 Å / SU ML: 0.2188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.8287
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2031	1986	3.82 %	0
R_work	0.1792	50069	-	-
obs	0.1801	52055	98.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3279	0	8	362	3649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	3380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8472	4601
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0607	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	598
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3228	1206

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.560993342605
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.24405046506

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3176	132	0.264	3114	X-RAY DIFFRACTION	87.21
1.95-2	0.2568	125	0.2398	3577	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2-2.06	0.2512	162	0.2085	3541	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.06-2.13	0.2394	142	0.1915	3656	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.13-2.2	0.2148	155	0.1814	3592	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.2-2.29	0.182	133	0.173	3583	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.29-2.39	0.2004	144	0.1817	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.39-2.52	0.2357	171	0.1798	3581	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.52-2.68	0.2091	136	0.1807	3610	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.68-2.88	0.2142	148	0.1871	3601	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.88-3.17	0.2065	138	0.1879	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.17-3.63	0.1893	128	0.1758	3670	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.63-4.58	0.1931	128	0.1552	3614	X-RAY DIFFRACTION	99.6
4.58-48.25	0.1778	144	0.1751	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.58086719933	0.135024700758	2.98224049287	5.77361287823	2.05088868962	8.59581852755	0.0752608085515	0.207365766174	0.571880863558	0.109378865014	0.112537198168	0.36429816461	-1.38449968581	-0.304879985873	-0.199522667358	0.408548668391	0.0359451896362	0.0302273566248	0.203131079285	0.0808149564764	0.27031212632	-4.11088334072	24.3232291806	19.5843706653
2	3.78671713738	0.494800082471	0.236598454985	1.86807267763	-0.865583604229	4.06247113744	0.0151794090306	-0.355124634203	0.459902217946	0.0914464047939	0.112057076879	0.117485558916	-0.591299414899	-0.104490153345	-0.0762974156007	0.283730633452	0.0891835093694	0.0252524034351	0.231449906832	-0.0619577375472	0.279289045757	-10.8198489942	21.8591867205	32.8659347451
3	2.94730570832	0.460726669379	0.643464298237	1.43686711759	-0.442125271079	4.043461022	-0.0132622719416	0.595185065144	0.185349553095	-0.261102168127	-0.0169137593491	-0.293239182483	-0.428612561038	0.834076818869	0.0463375251486	0.246485878818	-0.0253075701888	0.0401717796546	0.330800552064	0.0356334694339	0.291895701379	3.85396771078	17.9472014572	18.3961119258
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9	9	chain 'A' and (resid 143 through 152 )	A	A	143 - 152	135 - 144
10	10	chain 'B' and (resid 1 through 22 )	B	B	1 - 22	1 - 22
11	11	chain 'B' and (resid 23 through 36 )	B	B	23 - 36	23 - 36
12	12	chain 'B' and (resid 37 through 48 )	B	B	37 - 48	37 - 43
13	13	chain 'B' and (resid 49 through 56 )	B	B	49 - 56	44 - 51
14	14	chain 'B' and (resid 57 through 72 )	B	B	57 - 72	52 - 67
15	15	chain 'B' and (resid 73 through 102 )	B	B	73 - 102	68 - 97
16	16	chain 'B' and (resid 103 through 137 )	B	B	103 - 137	98 - 132
17	17	chain 'B' and (resid 138 through 152 )	B	B	138 - 152	133 - 147
18	18	chain 'C' and (resid 2 through 12 )	C	C	2 - 12	1 - 11
19	19	chain 'C' and (resid 13 through 36 )	C	C	13 - 36	12 - 35
20	20	chain 'C' and (resid 37 through 72 )	C	C	37 - 72	36 - 64
21	21	chain 'C' and (resid 73 through 102 )	C	C	73 - 102	65 - 94
22	22	chain 'C' and (resid 103 through 127 )	C	C	103 - 127	95 - 119
23	23	chain 'C' and (resid 128 through 144 )	C	C	128 - 144	120 - 132
24	24	chain 'C' and (resid 145 through 152 )	C	C	145 - 152	133 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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