PDB-7l18: Crystal structure of a tandem deletion mutant of rat NADPH-cytoch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l18

タイトル

Crystal structure of a tandem deletion mutant of rat NADPH-cytochrome P450 reductase

要素

NADPH--cytochrome P450 reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / Catalytic mechanism / Hydride transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

iron-cytochrome-c reductase activity / nitrate catabolic process / organofluorine metabolic process / demethylation / carnitine metabolic process / flavonoid metabolic process / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to gonadotropin stimulus / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.542 Å

データ登録者

Hubbard, P.A. / Xia, C. / Shen, A.L. / Kim, J.J.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Structural and kinetic investigations of the carboxy terminus of NADPH-cytochrome P450 oxidoreductase.
著者: Hubbard, P.A. / Xia, C. / Shen, A.L. / Kim, J.P.

履歴

登録	2020年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l18.cif.gz	275.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l18.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l18_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l18_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7l18_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	7l18_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/7l18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1amoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ure-1 3qfr-2 1amo-2 4yaw-2 3qfc-2 5uri-1 4yaf-1 1ja0-1 3qfc-1 4yau-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (11)

登録構造単位

AAA: NADPH--cytochrome P450 reductase

BBB: NADPH--cytochrome P450 reductase

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: NADPH--cytochrome P450 reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
72.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: NADPH--cytochrome P450 reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.058, 114.821, 120.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADPH--cytochrome P450 reductase / P450R 分子量: 70466.219 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 57-678 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Por / Variant: DELTA56 / プラスミド: pOR263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C-1A / 参照: UniProt: P00388, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% PEG4000, 150 mM HEPES, pH 7.0, 150 mM sodium acetate, protein, two-fold molar excess of NADP+

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月22日
放射	モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→30 Å / Num. obs: 43215 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.54→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.263 / Num. unique obs: 1879

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1AMO

1amo

解像度: 2.542→29.787 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / WR_factor R_free: 0.255 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 11.843 / SU ML: 0.247 / Average fsc free: 0.8899 / Average fsc work: 0.9144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.342 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2538	2143	5.007 %
R_work	0.1807	40657	-
all	0.184	-	-
obs	-	42800	89.816 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.758 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.818 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.681 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.499 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.542→29.787 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9724	0	247	320	10291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10222
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	9316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.65	13879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.222	1.581	21476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.928	5	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.897	22.168	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.587	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.01	15	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.22	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	8691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4478
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.089	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.318	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.321	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.03	4.954	4838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.029	4.953	4837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.749	7.42	6037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.749	7.421	6038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.054	5.253	5384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.055	5.255	5377
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.981	7.74	7842
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.98	7.74	7843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.661	56.366	11340
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.66	56.373	11313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.542-2.608	0.373	113	0.271	2327	X-RAY DIFFRACTION	70.2967
2.608-2.679	0.309	150	0.247	2781	X-RAY DIFFRACTION	86.282
2.679-2.757	0.329	142	0.253	2755	X-RAY DIFFRACTION	88.5662
2.757-2.842	0.273	146	0.207	2744	X-RAY DIFFRACTION	90.2561
2.842-2.935	0.291	157	0.204	2678	X-RAY DIFFRACTION	91.0112
2.935-3.038	0.293	135	0.211	2651	X-RAY DIFFRACTION	92.3128
3.038-3.152	0.285	138	0.205	2579	X-RAY DIFFRACTION	93.4641
3.152-3.281	0.314	127	0.204	2475	X-RAY DIFFRACTION	92.4006
3.281-3.426	0.271	133	0.197	2309	X-RAY DIFFRACTION	91.5636
3.426-3.593	0.256	135	0.188	2229	X-RAY DIFFRACTION	91.2389
3.593-3.787	0.254	128	0.193	2120	X-RAY DIFFRACTION	91.3821
3.787-4.017	0.226	95	0.169	2003	X-RAY DIFFRACTION	91.0195
4.017-4.293	0.209	100	0.147	1956	X-RAY DIFFRACTION	92.2801
4.293-4.636	0.195	81	0.134	1847	X-RAY DIFFRACTION	94.2327
4.636-5.077	0.193	91	0.132	1715	X-RAY DIFFRACTION	95.6568
5.077-5.674	0.227	91	0.158	1580	X-RAY DIFFRACTION	96.4224
5.674-6.547	0.242	78	0.16	1418	X-RAY DIFFRACTION	97.4593
6.547-8.006	0.249	48	0.142	1233	X-RAY DIFFRACTION	96.972
8.006-11.272	0.163	35	0.146	871	X-RAY DIFFRACTION	86.7816
11.272-29.787	0.314	20	0.257	384	X-RAY DIFFRACTION	64.127

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