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万見
- PDB-7l0f: Monobody 12VC3 Bound to HRAS(WT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l0f
タイトルMonobody 12VC3 Bound to HRAS(WT)
要素
  • GTPase HRas
  • Monobody 12VC3
キーワードSIGNALING PROTEIN / RAS GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants ...GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / adipose tissue development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / : / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / myelination / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of GTPase activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / positive regulation of MAP kinase activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cellular response to gamma radiation / Regulation of RAS by GAPs / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / endocytosis / positive regulation of type II interferon production / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / chemotaxis / MAPK cascade / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTPase HRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Teng, K.W. / Hattori, T. / Tsai, S. / Koide, S.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA194864 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA212608 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F32 CA225131 米国
American Cancer SocietyPF-18-180-01-TBE 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Selective and noncovalent targeting of RAS mutants for inhibition and degradation.
著者: Teng, K.W. / Tsai, S.T. / Hattori, T. / Fedele, C. / Koide, A. / Yang, C. / Hou, X. / Zhang, Y. / Neel, B.G. / O'Bryan, J.P. / Koide, S.
履歴
登録2020年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: GTPase HRas
F: Monobody 12VC3
A: GTPase HRas
B: Monobody 12VC3
G: GTPase HRas
H: Monobody 12VC3
L: GTPase HRas
M: Monobody 12VC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,07016
ポリマ－116,8158
非ポリマー2,2548
水11,548641
1
E: GTPase HRas
F: Monobody 12VC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7674
ポリマ－29,2042
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
2
A: GTPase HRas
B: Monobody 12VC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7674
ポリマ－29,2042
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
3
G: GTPase HRas
H: Monobody 12VC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7674
ポリマ－29,2042
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
4
L: GTPase HRas
M: Monobody 12VC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7674
ポリマ－29,2042
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.012, 64.816, 127.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21A
12E
22G
13E
23L
14F
24B
15F
25H
16F
26M
17A
27G
18A
28L
19B
29H
110B
210M
111G
211L
112H
212M

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010E1 - 166
2010A1 - 166
1020E1 - 166
2020G1 - 166
1030E1 - 166
2030L1 - 166
1040F3 - 94
2040B3 - 94
1050F3 - 94
2050H3 - 94
1060F3 - 95
2060M3 - 95
1070A1 - 166
2070G1 - 166
1080A1 - 166
2080L1 - 166
1090B2 - 95
2090H2 - 95
10100B3 - 94
20100M3 - 94
10110G1 - 166
20110L1 - 166
10120H3 - 94
20120M3 - 94

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 18962.268 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112, small monomeric GTPase
#2: 抗体
Monobody 12VC3


分子量: 10241.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.225 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 77326 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 388685
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-2.014.90.76738390.770.370.8540.58295.3
2.01-2.0550.61938290.8380.2970.6890.63796.9
2.05-2.0950.55239120.8770.2640.6140.67396.4
2.09-2.135.10.49438550.8940.2360.5480.7696.8
2.13-2.185.10.44238690.9070.2110.4910.8597.4
2.18-2.2350.37638970.9290.180.4180.90796.1
2.23-2.294.90.32336680.9370.1560.3590.96492.3
2.29-2.355.10.27337430.9570.1310.3040.98692.9
2.35-2.425.20.23639230.9650.1120.2621.09497.8
2.42-2.495.20.21239560.9680.1010.2351.09697.8
2.49-2.5850.17338680.9770.0840.1931.07397.6
2.58-2.6950.1539070.9780.0730.1681.13796.8
2.69-2.8150.13636350.9820.0660.1521.08290.8
2.81-2.965.10.11439550.9880.0550.1271.01997.8
2.96-3.145.20.10739230.9870.0520.1190.96298.1
3.14-3.395.10.09139470.9910.0440.1011.07597.5
3.39-3.734.80.08337670.9920.0410.0931.05893.2
3.73-4.265.10.07339800.9940.0350.0811.02198.2
4.26-5.374.90.06738880.9930.0330.0751.06294.9
5.37-504.90.0739650.9950.0340.0781.03394.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMACv5.8.0238精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4g0n

4g0n


解像度: 1.98→44.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 6.181 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1912 3851 5 %RANDOM
Rwork0.1594 ---
obs0.161 73461 95.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.2 Å2 / Biso mean: 35.681 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å2-0.11 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8102 0 132 641 8875
Biso mean--23.98 39.13 -
残基数----1037
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E52990.07
12A52990.07
21E51790.09
22G51790.09
31E51900.09
32L51900.09
41F26480.08
42B26480.08
51F26360.07
52H26360.07
61F26670.08
62M26670.08
71A52300.08
72G52300.08
81A52500.08
82L52500.08
91B26640.09
92H26640.09
101B26790.04
102M26790.04
111G52960.08
112L52960.08
121H26430.07
122M26430.07
LS精密化 シェル解像度: 1.982→2.033 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 273 -
Rwork0.213 5104 -
all-5377 -
obs--89.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5709-0.10590.07441.4530.13841.44770.0261-0.09140.0851-0.0083-0.02120.0621-0.0814-0.0603-0.00490.0154-0.0103-0.01940.1156-0.0020.0576-3.328-5.75747.149
22.39050.6260.28672.446-0.23081.072-0.03510.0674-0.2165-0.18430.0518-0.19160.15690.0783-0.01670.0446-0.0007-0.0040.0916-0.0280.061811.578-25.33644.732
31.39180.20990.28141.4285-0.08541.63320.00880.10230.05680.01610.0052-0.1172-0.04440.0543-0.0140.02080.0049-0.03520.15710.00410.0796-19.627-2.08614.807
43.1893-0.6720.32573.33650.50211.57080.02830.0944-0.40920.138-0.00370.17810.2731-0.1335-0.02460.1101-0.0388-0.03840.1338-0.00030.1053-34.593-21.61212.939
52.00980.3386-0.21782.96470.68172.14350.04840.2253-0.08350.0803-0.28650.58490.2511-0.33160.2380.0493-0.04470.04410.3301-0.09420.28158.589-4.2912.047
62.1667-0.5081-0.11874.0381-0.30651.7735-0.033-0.08250.16780.3096-0.0360.0244-0.1557-0.03270.0690.04270.00460.01250.1887-0.00540.078423.47915.01816.176
71.6804-0.3564-0.13171.40210.09491.38430.0320.0345-0.0666-0.00370.0016-0.11820.08410.116-0.03360.0076-0.00260.00340.1159-0.01770.1008-31.526-8.41249.531
84.0860.9007-0.36812.91420.43331.39910.0638-0.15080.5347-0.1237-0.08040.1729-0.1626-0.05680.01660.0293-0.00440.020.0735-0.00990.159-46.58311.1549.914
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E1 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2F3 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5G1 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6H2 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7L1 - 166
8X-RAY DIFFRACTION8M3 - 95

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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