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- PDB-7kys: Crystal structure of human BCCIP beta (Native2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kys
タイトルCrystal structure of human BCCIP beta (Native2)
要素BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
キーワードTRANSFERASE / BRCA2 / eIF6 / cancer suppressor / ribosome biogenesis / GNAT / GCN5-related acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / microtubule anchoring / neuroendocrine cell differentiation / kinase regulator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / mitotic spindle pole / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic spindle assembly / centriole / tubulin binding ...nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / microtubule anchoring / neuroendocrine cell differentiation / kinase regulator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / mitotic spindle pole / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic spindle assembly / centriole / tubulin binding / mitotic spindle organization / microtubule cytoskeleton organization / DNA repair / centrosome / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Choi, W.S. / Liu, B. / Shen, Z. / Yang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036146 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structure of human BCCIP and implications for binding and modification of partner proteins.
著者: Choi, W.S. / Liu, B. / Shen, Z. / Yang, W.
履歴
登録2020年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
B: BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
C: BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,65112
ポリマ－88,0493
非ポリマー6039
水4,288238
1
A: BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7227
ポリマ－29,3501
非ポリマー3726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4562
ポリマ－29,3501
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4743
ポリマ－29,3501
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.040, 67.000, 99.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.031, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 60 through 75 or resid 77...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 60 through 75 or resid 77...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 60 through 75 or resid 77...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISLYSA2 - 17
d_12ens_1LEULEUA19 - 25
d_13ens_1ALAILEA27 - 39
d_14ens_1GLNLYSA41 - 49
d_15ens_1GLUTHRA55 - 66
d_16ens_1ARGARGA68
d_17ens_1GLYGLYA70
d_18ens_1GLNGLNA72 - 78
d_19ens_1LEUCYSA80 - 85
d_110ens_1ASNVALA88 - 94
d_111ens_1LEULEUA97 - 152
d_112ens_1ILEVALA154 - 159
d_113ens_1LEUVALA162 - 184
d_114ens_1THRASNA204 - 218
d_115ens_1ILEVALA220 - 230
d_21ens_1HISLYSB2 - 17
d_22ens_1LEULEUB19 - 25
d_23ens_1ALAILEB27 - 39
d_24ens_1GLNLYSB41 - 49
d_25ens_1GLUTHRB55 - 66
d_26ens_1ARGARGB68
d_27ens_1GLYGLYB70
d_28ens_1GLNGLNB72 - 78
d_29ens_1LEUCYSB80 - 85
d_210ens_1ASNVALB88 - 94
d_211ens_1LEULEUB98 - 153
d_212ens_1ILEVALB155 - 160
d_213ens_1LEUVALB163 - 185
d_214ens_1THRASNB206 - 220
d_215ens_1ILEVALB222 - 232
d_31ens_1HISLYSC2 - 17
d_32ens_1LEULEUC19 - 25
d_33ens_1ALAILEC27 - 39
d_34ens_1GLNLYSC41 - 49
d_35ens_1GLUTHRC55 - 66
d_36ens_1ARGARGC68
d_37ens_1GLYGLYC70
d_38ens_1GLNGLNC73 - 79
d_39ens_1LEUCYSC81 - 86
d_310ens_1ASNVALC89 - 95
d_311ens_1LEULEUC98 - 153
d_312ens_1ILEVALC156 - 161
d_313ens_1LEUVALC165 - 187
d_314ens_1THRASNC206 - 220
d_315ens_1ILEVALC222 - 232

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.972851876936, -0.0731377304113, -0.219567980206), (0.203814947064, -0.17866793352, 0.96256804273), (-0.109629799302, -0.981187363311, -0.158910871821)-14.9317271535, -78.4255893669, 36.5334308963
2given(-0.998748245431, -0.0262290455403, 0.0425908372565), (-0.011677476425, -0.705689388202, -0.708425101139), (0.0486372161262, -0.70803568028, 0.704499749225)39.7508724952, -3.62826440096, -31.193954651

-
要素

#1: タンパク質 BRCA2 and CDKN1A-interacting protein / P21- and CDK-associated protein 1 / Protein TOK-1


分子量: 29349.605 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 61-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCCIP, TOK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P287
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid, pH 4.5, 1-2% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 39873 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 52.75 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.59
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 2987 / CC1/2: 0.467

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7KYQ

7kyq


解像度: 2.2→29.73 Å / SU ML: 0.2822 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 26.9465
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 1053 2.64 %
Rwork0.2048 38807 -
obs0.2053 39860 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 0 39 238 5737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26227574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0615866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.45932093
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.82036357458
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.796929374629
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.30.33721410.33284884X-RAY DIFFRACTION99.84
2.3-2.420.30841260.30284837X-RAY DIFFRACTION99.74
2.42-2.570.27511330.28014869X-RAY DIFFRACTION99.68
2.57-2.770.28061330.25684874X-RAY DIFFRACTION99.74
2.77-3.050.30911310.24724890X-RAY DIFFRACTION99.9
3.05-3.490.21091330.20924886X-RAY DIFFRACTION99.58
3.49-4.40.17391270.17774790X-RAY DIFFRACTION97.46
4.4-29.730.21191290.17114777X-RAY DIFFRACTION94.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.05976957818-0.2679352198110.601695369716.68482618110.7300853506583.214258601720.01662813048440.03390100455170.0251301800453-0.562676457716-0.08128332902030.4926609193690.00343047601604-0.5193942012740.02600183786740.3998928458460.0604265911575-0.08443344106860.4914176766390.0136222293120.41503764985417.8627385695-5.8132401917626.2240473142
22.99628169597-1.2136452391-0.1231007340562.595693267760.3202472888143.38655363103-0.0204789890458-0.168339830224-0.0006531719968070.0781327500728-0.16865889723-0.006233643187610.1044360221090.07049064220660.1760148523850.3002248563720.00214254430446-0.002147333703010.36400815760.01332947031550.31068335828626.9934776877-10.702064185336.6138305943
32.16556101648-0.8834801943641.684945851044.3226597801-4.221022684824.505078448040.147138635083-0.4060741163310.4001965866980.0598730025445-1.40422953552-0.1883837499090.5000240421350.8863706154981.076874868541.15781539289-0.1741537113380.03257598084821.011243712950.1090111662250.94671933393338.2306692535-4.9356453309417.6504163437
42.98832866186-0.941719847487-0.5422773542554.04825198994-0.4075519763663.25463561436-0.0969913920651-0.4483848509250.4682621781070.521113168394-0.163793419971-0.31426198755-0.3415415181620.2403839848180.2334849549420.345942620229-0.0270653172448-0.0785928254150.5197467285120.02498265627750.51990561671732.8535753149-2.8158076202240.6496002207
54.026077493550.0178068781344-1.528720011333.932448765990.04556759888877.47188554069-0.1896090422030.0888283172015-0.406968571947-0.2003435125130.03600270417820.5514765219410.960404091607-0.7918679857260.0559910640240.521707445895-0.101808559967-0.05427711648940.497427625731-0.0340666256990.624735310331-2.89296428691-48.534699685436.230184289
64.85408593476-0.250046475457-2.246031458364.69133200816-0.03170361085316.792375728710.02325246315080.458944266912-0.226386765986-0.435635324151-0.1872537225030.136906812694-0.0553944136727-0.6592676367250.2661127966280.24286040522-0.07163686596830.01657674637090.6635590456320.05113226694510.483697078353-3.86235151494-43.009277797637.6041932589
73.241776164564.52616854145-0.7759897957346.4169286724-0.993362633882.231446841450.170635743801-0.878129534817-0.6913256486690.435949447917-0.22740567346-0.591148999025-0.2653106545770.3546127605150.06956507647020.3653507994010.00637412289036-0.0387433012970.7352411940190.03862240600950.3819782402187.30823870564-38.024673832650.8689798915
81.593321745170.970051668360.6478786505064.42628717020.5778153162423.42225322528-0.105755457397-0.0134667383133-0.279426656307-0.178185633390.254799651993-0.253406845336-0.4549511606090.0568228315895-0.2768373893420.242377234826-0.05696065230.02422536518220.5114067220460.007774940881350.3901174115225.76235783954-32.596742512342.6880938309
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 59 through 108 )AA59 - 1081 - 50
22chain 'A' and (resid 109 through 267 )AA109 - 26751 - 183
33chain 'A' and (resid 268 through 287 )AA268 - 287184 - 203
44chain 'A' and (resid 288 through 314 )AA288 - 314204 - 230
55chain 'B' and (resid 59 through 108 )BB59 - 1081 - 50
66chain 'B' and (resid 109 through 139 )BB109 - 13951 - 71
77chain 'B' and (resid 140 through 156 )BB140 - 15672 - 88
88chain 'B' and (resid 157 through 188 )BB157 - 18889 - 121
99chain 'B' and (resid 189 through 267 )BB189 - 267122 - 184
1010chain 'B' and (resid 268 through 277 )BB268 - 277185 - 194
1111chain 'B' and (resid 278 through 287 )BB278 - 287195 - 205
1212chain 'B' and (resid 288 through 314 )BB288 - 314206 - 232
1313chain 'C' and (resid 59 through 109 )CC59 - 1091 - 51
1414chain 'C' and (resid 120 through 169 )CC120 - 16952 - 102
1515chain 'C' and (resid 170 through 267 )CC170 - 267103 - 186
1616chain 'C' and (resid 268 through 287 )CC268 - 287187 - 205
1717chain 'C' and (resid 288 through 314 )CC288 - 314206 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る