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- PDB-7kyp: PsaBC from Streptococcus pneumoniae in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kyp
タイトルPsaBC from Streptococcus pneumoniae in complex with Fab
要素
  • Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
  • Manganese ABC transporter, permease protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter manganese
機能・相同性
機能・相同性情報


response to zinc ion / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, TroCD-like / ABC 3 transport family / : / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transporter, TroCD-like / ABC 3 transport family / : / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / PHOSPHATE ION / Manganese ABC transporter, ATP-binding protein / Manganese import system permease protein ScaB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 2
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Maher, M.J. / Sjohamn, J.
資金援助 オーストラリア, 日本, 7件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1080784 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1140554 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1122582 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170102102 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT170100006 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT180100397 オーストラリア
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101079 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The structural basis of bacterial manganese import.
著者: Neville, S.L. / Sjohamn, J. / Watts, J.A. / MacDermott-Opeskin, H. / Fairweather, S.J. / Ganio, K. / Carey Hulyer, A. / McGrath, A.P. / Hayes, A.J. / Malcolm, T.R. / Davies, M.R. / Nomura, N. ...著者: Neville, S.L. / Sjohamn, J. / Watts, J.A. / MacDermott-Opeskin, H. / Fairweather, S.J. / Ganio, K. / Carey Hulyer, A. / McGrath, A.P. / Hayes, A.J. / Malcolm, T.R. / Davies, M.R. / Nomura, N. / Iwata, S. / O'Mara, M.L. / Maher, M.J. / McDevitt, C.A.
履歴
登録2020年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
B: Manganese ABC transporter, permease protein
C: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
D: Manganese ABC transporter, permease protein
E: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
F: Manganese ABC transporter, permease protein
G: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
H: Manganese ABC transporter, permease protein
I: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
J: Manganese ABC transporter, permease protein
K: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
L: Manganese ABC transporter, permease protein
M: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
N: Manganese ABC transporter, permease protein
O: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
P: Manganese ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,50128
ポリマ－463,70716
非ポリマー2,79412
水21612
1
A: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
B: Manganese ABC transporter, permease protein
C: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
D: Manganese ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6257
ポリマ－115,9274
非ポリマー6993
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area39880 Å2
手法PISA
2
E: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
F: Manganese ABC transporter, permease protein
G: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
H: Manganese ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6257
ポリマ－115,9274
非ポリマー6993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12310 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area39900 Å2
手法PISA
3
I: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
J: Manganese ABC transporter, permease protein
K: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
L: Manganese ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6257
ポリマ－115,9274
非ポリマー6993
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area40650 Å2
手法PISA
4
M: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
N: Manganese ABC transporter, permease protein
O: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
P: Manganese ABC transporter, permease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6257
ポリマ－115,9274
非ポリマー6993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area40130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.550, 129.560, 169.620
Angle α, β, γ (deg.)95.35, 92.21, 98.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Manganese ABC transporter, ATP-binding protein / PsaB


分子量: 26879.217 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: psaB, SPD_1461 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZNF3
#2: タンパク質
Manganese ABC transporter, permease protein / PsaC


分子量: 31084.178 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: psaC, SPD_1462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZPI2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 0.2 M calcium chloride dihydrate, 33% v/v PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 156113 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 15332 / Rpim(I) all: 0.697

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0218精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7KYO

7kyo


解像度: 2.9→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 29.142 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2809 7870 5 %RANDOM
Rwork0.26041 ---
obs0.26145 148164 90.82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.11 Å27.55 Å25.61 Å2
2---9.01 Å2-2.1 Å2
3----5.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30985 0 180 12 31177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01931765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0231221
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7121.97743095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.662372013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.97454077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40424.3051087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.416155419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1971569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.25325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0234500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.284.01716326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.284.01716325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5346.02320382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.5346.02320383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1154.08115439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1134.07615408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.2576.10322661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.01549.2935841
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.01549.28335839
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 509 -
Rwork0.358 9546 -
obs--78.94 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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