PDB-7kyp: PsaBC from Streptococcus pneumoniae in complex with Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kyp

タイトル

PsaBC from Streptococcus pneumoniae in complex with Fab

要素

Manganese ABC transporter, ATP-binding protein
Manganese ABC transporter, permease protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter manganese

機能・相同性

機能・相同性情報

response to zinc ion / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae serotype 2

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Sjohamn, J.

資金援助

オーストラリア,

日本, 7件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1080784	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1140554	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1122582	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP170102102	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	FT170100006	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	FT180100397	オーストラリア
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101079	日本

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The structural basis of bacterial manganese import.
著者: Neville, S.L. / Sjohamn, J. / Watts, J.A. / MacDermott-Opeskin, H. / Fairweather, S.J. / Ganio, K. / Carey Hulyer, A. / McGrath, A.P. / Hayes, A.J. / Malcolm, T.R. / Davies, M.R. / Nomura, N. ...

履歴

登録	2020年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kyp.cif.gz	735.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kyp.ent.gz	607 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kyoSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kyp-4 7kyp-2 7kyp-3 6lir-d 7aqv-d 3vqt-5 6ulr-d 10122 6mi7-d 2vwk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

B: Manganese ABC transporter, permease protein

C: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

D: Manganese ABC transporter, permease protein

E: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

F: Manganese ABC transporter, permease protein

G: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

H: Manganese ABC transporter, permease protein

I: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

J: Manganese ABC transporter, permease protein

K: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

L: Manganese ABC transporter, permease protein

M: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

N: Manganese ABC transporter, permease protein

O: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

P: Manganese ABC transporter, permease protein

ヘテロ分子

467 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

B: Manganese ABC transporter, permease protein

C: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

D: Manganese ABC transporter, permease protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

F: Manganese ABC transporter, permease protein

G: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

H: Manganese ABC transporter, permease protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

J: Manganese ABC transporter, permease protein

K: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

L: Manganese ABC transporter, permease protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
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4

M: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

N: Manganese ABC transporter, permease protein

O: Manganese ABC transporter, ATP-binding protein

P: Manganese ABC transporter, permease protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.550, 129.560, 169.620
Angle α, β, γ (deg.)	95.35, 92.21, 98.66
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Manganese ABC transporter, ATP-binding protein / PsaB 分子量: 26879.217 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌) 株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: psaB, SPD_1461 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZNF3
#2: タンパク質	Manganese ABC transporter, permease protein / PsaC 分子量: 31084.178 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌) 株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: psaC, SPD_1462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZPI2
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド分子量: 508.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₄O₁₁
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 0.2 M calcium chloride dihydrate, 33% v/v PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 156113 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.2 % / R_pim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 15332 / R_pim(I) all: 0.697

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0218	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 7KYO

7kyo

解像度: 2.9→49.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 29.142 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2809	7870	5 %	RANDOM
R_work	0.26041	-	-	-
obs	0.26145	148164	90.82 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.11 Å²	7.55 Å²	5.61 Å²
2-	-	-9.01 Å²	-2.1 Å²
3-	-	-	-5.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→49.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30985	0	180	12	31177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	31765
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	31221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.712	1.977	43095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.662	3	72013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.974	5	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.404	24.305	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.416	15	5419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.197	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	5325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	34500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.28	4.017	16326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.28	4.017	16325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.534	6.023	20382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.534	6.023	20383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.115	4.081	15439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.113	4.076	15408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.257	6.103	22661
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.015	49.29	35841
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.015	49.283	35839
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	509	-
R_work	0.358	9546	-
obs	-	-	78.94 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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