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Yorodumi- PDB-7kxa: Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kxa | ||||||
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Title | Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii in complex with NAD | ||||||
Components | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Mycobacterium kansasii / InhA / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium kansasii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii in complex with NAD Authors: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kxa.cif.gz | 151.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kxa.ent.gz | 96.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kxa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kxa_validation.pdf.gz | 751.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7kxa_full_validation.pdf.gz | 751.7 KB | Display | |
Data in XML | 7kxa_validation.xml.gz | 14.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7kxa_validation.cif.gz | 22 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/7kxa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6udfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 29896.293 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: MykaA.00472.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium kansasii (bacteria) / Gene: inhA, BZL29_3124, BZL30_8369 / Plasmid: MykaA.00472.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A1V3XDT0, UniProt: X7XQY2*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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-Non-polymers , 5 types, 267 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAD / |
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#3: Chemical | ChemComp-K / |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.26 Å3/Da / Density % sol: 63.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: RigakuReagents JCSG+ screen C9: 25% (V/V) propanediol-1,2, 10% (V/V) glycerol, 100mM potassium phosphate monobasic / sodium phosphate dibasic pH 6.5: MykaA.00472.a.B1.PS38576 at 27.08mg/ml + ...Details: RigakuReagents JCSG+ screen C9: 25% (V/V) propanediol-1,2, 10% (V/V) glycerol, 100mM potassium phosphate monobasic / sodium phosphate dibasic pH 6.5: MykaA.00472.a.B1.PS38576 at 27.08mg/ml + 4.5mM NAD: tray 318760 c9: cryo: 20% EG: puck nso5-4. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 37516 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.439 % / Biso Wilson estimate: 34.693 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 23.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 6udf, apo structure Resolution: 1.8→33.87 Å / SU ML: 0.168 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.9494 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→33.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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