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- PDB-6udf: Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6udf | ||||||
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Title | Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii | ||||||
![]() | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Mycobacterium kansasii / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / InhA | ||||||
Function / homology | ![]() enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal stucture of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii Authors: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 147.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2h7i S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 29896.293 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A1V3XDT0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Optimization condition around Microlytic MCSG1 screen, condition F8: 3000mM sodium formate pH 7.0: MykaA.00472.a.B1.PS38576, at 27.1mg/ml: cryo: 20%EG: tray 311486 b1: puck ybk8-4. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2019 / Details: Rigaku VariMax | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 29565 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 28.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 36.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2h7i ![]() 2h7i Resolution: 1.95→46.49 Å / SU ML: 0.2041 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.5248
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→46.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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