PDB-7kws: Cj1441 with NAD+ and UDP-glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kws

タイトル

Cj1441 with NAD+ and UDP-glucose

要素

UDP-glucose 6-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Polysaccharide / CARBOHYDRATE

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucuronate biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / NAD binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Riegert, A.S. / Raushel, F.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Functional and Structural Characterization of the UDP-Glucose Dehydrogenase Involved in Capsular Polysaccharide Biosynthesis from Campylobacter jejuni .
著者: Riegert, A.S. / Raushel, F.M.

履歴

登録	2020年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年3月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kws.cif.gz	177 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kws.ent.gz	137.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kws.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kws_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kws_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7kws_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	7kws_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kws	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dljS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5abf-2 1ktc-1 4ais-1 5abg-1 1mfz-2 5uan-d 2xm1-1 2xm1-2 3vny-2 5fky-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

92.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.790, 148.780, 62.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	UDP-glucose 6-dehydrogenase 分子量: 45148.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター) 株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: kfiD, Cj1441c / プラスミド: pET31b / 詳細 (発現宿主): C-his / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P8H3, UDP-glucose 6-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.65 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5.0 mM UDP-glucose, 5.0 mM NAD+, 1.0 mM DTT, 32% pentaerythritol ethoxylate, 50 mM ammonium sulfate, 50 mM BIS-TRIS, 200 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→46.44 Å / Num. obs: 43332 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.68 Å² / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 2003 / R_sym value: 0.184 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
MOSFLM		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DLJ

1dlj

解像度: 2.09→46.44 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	2004	4.62 %
R_work	0.1898	41328	-
obs	0.1929	43332	96.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.55 Å² / B_iso mean: 48.4346 Å² / B_iso min: 24.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.09→46.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6285	0	160	180	6625
B_iso mean	-	-	44.38	45.74	-
残基数	-	-	-	-	777

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.09-2.14	0.3546	142	0.2744	2923	3065	98
2.14-2.2	0.3426	147	0.2559	2989	3136	97
2.2-2.26	0.3038	133	0.2395	3006	3139	98
2.26-2.34	0.3282	151	0.2231	2929	3080	96
2.34-2.42	0.3048	140	0.2139	2915	3055	95
2.42-2.52	0.287	129	0.2112	2807	2936	92
2.52-2.63	0.2613	147	0.2065	2932	3079	97
2.63-2.77	0.2796	147	0.2104	3026	3173	98
2.77-2.95	0.2854	140	0.2139	2977	3117	97
2.95-3.17	0.287	143	0.2153	2977	3120	98
3.17-3.49	0.2818	144	0.2015	2868	3012	94
3.49-4	0.2251	150	0.1704	3002	3152	98
4-5.03	0.2294	138	0.1504	3011	3149	98
5.04-46.44	0.2127	153	0.1721	2966	3119	96

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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