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- PDB-7kwk: DNA-DB1879 complex: The DNA sequence 5'-CGCGAATTCGCG-3' presents ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kwk
タイトルDNA-DB1879 complex: The DNA sequence 5'-CGCGAATTCGCG-3' presents a binding site for the heterocyclic small molecule (DB1879).
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA
機能・相同性Chem-X8V / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Ogbonna, E. / Fang, Z. / Wilson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111749 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Drug design and DNA structural research inspired by the Neidle laboratory: DNA minor groove binding and transcription factor inhibition by thiophene diamidines.
著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Ross Terrell, J. / Fang, Z. / Chen, C. / Poon, G.M.K. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D.
履歴
登録2020年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02022年6月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7114
ポリマ－7,3272
非ポリマー3842
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.912, 39.945, 65.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-X8V / 2-[5-(4-carbamimidoylphenyl)thiophen-2-yl]-1H-indole-6-carboximidamide


分子量: 359.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17N5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% MPD, 0.04M Sodium Cacodylate trihydrate, 0.02M Hexamine Cobalt(III) Chloride, Magnesium Chloride hexahydrate
Temp details: Temperature was kept constant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.14 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月28日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL Si(200) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 14801 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 179467
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.37-1.399.70.56810.9390.1610.5260.7295
1.39-1.4210.80.4487120.9560.1350.4690.75597.9
1.42-1.4511.40.3917240.9750.1160.4090.8199
1.45-1.48120.3437180.9790.1020.3580.823100
1.48-1.5111.90.2987120.980.0880.3110.924100
1.51-1.5412.50.2527500.9840.0730.2630.978100
1.54-1.5812.10.2117110.990.0620.221.197100
1.58-1.6212.80.1517450.9970.0430.1571.212100
1.62-1.6712.70.1317310.9970.0370.1371.268100
1.67-1.7312.50.1337400.9960.0390.1391.42100
1.73-1.7912.20.1267180.9970.0370.1321.42100
1.79-1.8612.60.1227540.9960.0350.1271.393100
1.86-1.9412.70.1127260.9960.0330.1171.295100
1.94-2.05130.1037470.9970.0290.1071.158100
2.05-2.1712.50.0967490.9970.0280.11.064100
2.17-2.3412.40.0847540.9970.0250.0880.894100
2.34-2.5812.50.0767470.9980.0220.0790.75100
2.58-2.9512.70.0647640.9990.0180.0670.569100
2.95-3.7211.90.0417790.9990.0120.0430.39299.9
3.72-5011.50.0418390.9990.0120.0430.27699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000v721データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000v721データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BNA

1bna


解像度: 1.37→34.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 1.104 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2637 670 5 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2227 12812 90.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 35 Å2 / Biso mean: 13.418 Å2 / Biso min: 5.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→34.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 27 80 593
Biso mean--18.63 22.63 -
残基数----24
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.011573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0451.251878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6333.03672
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0350.02326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021147
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.405 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 31 -
Rwork0.278 558 -
obs--55.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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