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- PDB-7kus: Crystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 H137A Mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kus
タイトルCrystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 H137A Mutant in Complex with N8-Acetylspermidine (Tetrahedral Intermediate)
要素Polyamine deacetylase HDAC10
キーワードHYDROLASE / Histone Deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine deacetylation / spermidine deacetylation / HDACs deacetylate histones / acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / deacetylase activity / homologous recombination / swimming behavior ...polyamine deacetylation / spermidine deacetylation / HDACs deacetylate histones / acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / deacetylase activity / homologous recombination / swimming behavior / regulation of tubulin deacetylation / macroautophagy / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Chem-X54 / Polyamine deacetylase HDAC10
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Herbst-Gervasoni, C.J. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM49758 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: X-ray Crystallographic Snapshots of Substrate Binding in the Active Site of Histone Deacetylase 10.
著者: Herbst-Gervasoni, C.J. / Christianson, D.W.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine deacetylase HDAC10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,19312
ポリマ－75,1901
非ポリマー1,00311
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.489, 80.489, 245.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polyamine deacetylase HDAC10 / Histone deacetylase 10


分子量: 75189.750 Da / 分子数: 1 / 変異: H137A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F1QCV2, acetylspermidine deacetylase, acetylputrescine deacetylase

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非ポリマー , 7種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-X54 / 1-({4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}amino)ethane-1,1-diol


分子量: 205.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H23N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mg/mL HDAC10, 10 mM N8-Acetylspermidine, 1:1000 trypsin:HDAC10, 0.113 M sodium phosphate monobasic, 0.068 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG3350 (w/v), 3% (w/v) 1,5-Diaminopentane ...詳細: 10 mg/mL HDAC10, 10 mM N8-Acetylspermidine, 1:1000 trypsin:HDAC10, 0.113 M sodium phosphate monobasic, 0.068 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG3350 (w/v), 3% (w/v) 1,5-Diaminopentane dihydrochloride, HDAC10 microseed

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→69.71 Å / Num. obs: 62900 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 35.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.104 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6197 / CC1/2: 0.604 / Rpim(I) all: 0.393

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TD7

5td7


解像度: 2→60.6 Å / SU ML: 0.1867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.5651 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 3106 4.94 %
Rwork0.1749 59768 -
obs0.1767 62874 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→60.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4856 0 55 322 5233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00665092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86196941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.62664135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.29091490.25072658X-RAY DIFFRACTION99.26
2.03-2.060.29021450.24272709X-RAY DIFFRACTION99.37
2.06-2.10.27371050.24622655X-RAY DIFFRACTION98.5
2.1-2.140.27151360.23272590X-RAY DIFFRACTION96.16
2.14-2.180.27131390.22062701X-RAY DIFFRACTION99.44
2.18-2.220.25741250.21312691X-RAY DIFFRACTION99.44
2.22-2.270.22771500.20022651X-RAY DIFFRACTION99.43
2.27-2.330.24041210.19512733X-RAY DIFFRACTION99.51
2.33-2.380.21361850.18992616X-RAY DIFFRACTION99.47
2.38-2.450.21751160.18652768X-RAY DIFFRACTION99.72
2.45-2.520.20991490.18222699X-RAY DIFFRACTION99.62
2.52-2.60.24571530.18822692X-RAY DIFFRACTION99.65
2.6-2.690.24221500.18682714X-RAY DIFFRACTION99.65
2.69-2.80.23031580.19412675X-RAY DIFFRACTION99.79
2.8-2.930.25361370.19392738X-RAY DIFFRACTION99.76
2.93-3.080.23071340.192662X-RAY DIFFRACTION96.95
3.08-3.280.24271500.1822726X-RAY DIFFRACTION99.65
3.28-3.530.21971370.17752760X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.890.20071350.15422776X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.450.16321430.1382816X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.60.16231540.14152805X-RAY DIFFRACTION99.97
5.6-60.60.18371350.1652933X-RAY DIFFRACTION97.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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