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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ku5 | ||||||
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タイトル | The Structure of the moss PSI-LHCI reveals the evolution of the LHCI antenna | ||||||
要素 | PsaO | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / PSI / electron transport / chlorophyll / Antenna / light harvesting / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaO / membrane / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Photosystem I subunit O 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Physcomitrium patens (植物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å | ||||||
データ登録者 | Riddle, R. / Gorski, C. / Toporik, H. / Dobson, Z. / Da, Z. / Williams, D. / Mazor, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2022 タイトル: The structure of the Physcomitrium patens photosystem I reveals a unique Lhca2 paralogue replacing Lhca4. 著者: C Gorski / R Riddle / H Toporik / Z Da / Z Dobson / D Williams / Y Mazor / 要旨: The moss Physcomitrium patens diverged from green algae shortly after the colonization of land by ancient plants. This colonization posed new environmental challenges, which drove evolutionary ...The moss Physcomitrium patens diverged from green algae shortly after the colonization of land by ancient plants. This colonization posed new environmental challenges, which drove evolutionary processes. The photosynthetic machinery of modern flowering plants is adapted to the high light conditions on land. Red-shifted Lhca4 antennae are present in the photosystem I light-harvesting complex of many green-lineage plants but absent in P. patens. The cryo-EM structure of the P. patens photosystem I light-harvesting complex I supercomplex (PSI-LHCI) at 2.8 Å reveals that Lhca4 is replaced by a unique Lhca2 paralogue in moss. This PSI-LHCI supercomplex also retains the PsaM subunit, present in Cyanobacteria and several algal species but lost in vascular plants, and the PsaO subunit responsible for binding light-harvesting complex II. The blue-shifted Lhca2 paralogue and chlorophyll b enrichment relative to flowering plants make the P. patens PSI-LHCI spectroscopically unique among other green-lineage supercomplexes. Overall, the structure represents an evolutionary intermediate PSI with the crescent-shaped LHCI common in vascular plants, and contains a unique Lhca2 paralogue that facilitates the moss's adaptation to low-light niches. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ku5.cif.gz | 32 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ku5.ent.gz | 17.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ku5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ku5_validation.pdf.gz | 954.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ku5_full_validation.pdf.gz | 958 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ku5_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ku5_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7ku5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7ku5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 23034MC 7ksqC 7kuxC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9778.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1JDE1 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BCR / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Physcomitrium patens (植物) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 最終オイラー角割当 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15357 / 対称性のタイプ: POINT |