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- EMDB-23040: The Structure of the moss PSI-LHCI reveals the evolution of the L... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23040
タイトルThe Structure of the moss PSI-LHCI reveals the evolution of the LHCI antenna
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 12種
キーワードPSI / electron transport / photosynthesis / chlorophyll / Antenna / light harvesting / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. ...Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit III / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Predicted protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Predicted protein ...Photosystem I reaction center subunit III / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Predicted protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Predicted protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Riddle R / Gorski C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2022
タイトル: The structure of the Physcomitrium patens photosystem I reveals a unique Lhca2 paralogue replacing Lhca4.
著者: C Gorski / R Riddle / H Toporik / Z Da / Z Dobson / D Williams / Y Mazor /
要旨: The moss Physcomitrium patens diverged from green algae shortly after the colonization of land by ancient plants. This colonization posed new environmental challenges, which drove evolutionary ...The moss Physcomitrium patens diverged from green algae shortly after the colonization of land by ancient plants. This colonization posed new environmental challenges, which drove evolutionary processes. The photosynthetic machinery of modern flowering plants is adapted to the high light conditions on land. Red-shifted Lhca4 antennae are present in the photosystem I light-harvesting complex of many green-lineage plants but absent in P. patens. The cryo-EM structure of the P. patens photosystem I light-harvesting complex I supercomplex (PSI-LHCI) at 2.8 Å reveals that Lhca4 is replaced by a unique Lhca2 paralogue in moss. This PSI-LHCI supercomplex also retains the PsaM subunit, present in Cyanobacteria and several algal species but lost in vascular plants, and the PsaO subunit responsible for binding light-harvesting complex II. The blue-shifted Lhca2 paralogue and chlorophyll b enrichment relative to flowering plants make the P. patens PSI-LHCI spectroscopically unique among other green-lineage supercomplexes. Overall, the structure represents an evolutionary intermediate PSI with the crescent-shaped LHCI common in vascular plants, and contains a unique Lhca2 paralogue that facilitates the moss's adaptation to low-light niches.
履歴
登録2020年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_23040.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23040.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å		1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å		1.04 Å/pix.
x 280 pix.
= 291.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.5
最小 - 最大-3.4054306 - 4.882017
平均 (標準偏差)-0.000000000016682 (±0.14418158)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 291.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : PSI

全体名称: PSI
要素
  • 複合体: PSI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PSI-F
    • タンパク質・ペプチド: PSI-G
    • タンパク質・ペプチド: PsaH
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: water

+
超分子 #1: PSI

超分子名称: PSI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 82.313422 KDa
配列文字列: EVKIMVEKDP VKTSFEKWAK PGHFSRTLAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTNDLEEISR KVFSAHFGQL AVIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQKILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLIFA A LMLFAGWF ...文字列:
EVKIMVEKDP VKTSFEKWAK PGHFSRTLAK GPNTTTWIWN LHADAHDFDS HTNDLEEISR KVFSAHFGQL AVIFIWLSGM YFHGARFSN YEAWLSDPTH IKPSAQVVWP IVGQKILNGD VGGGFQGIQI TSGFFQLWRA SGITSELQLY TTAIGGLIFA A LMLFAGWF HYHKAAPKLA WFQNVESMLN HHLAGLLGLG SLAWAGHQVH VSLPINRLLD AGVDPKEIPL PHEFILNRDL LA QLYPSFS KGLTPFFTLN WSEYSDFLTF RGGLNPVTGG LWLTDTAHHH LAIAVLFLVA GHMYRTNFGI GHSMKEILEA HKG PFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL AMLGSLTIIV AHHMYAMPPY PYLATDYATQ LSLFTHHMWI GGFLVVGAAA HAAI FMVRD YDPTTQYNNL LDRVLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMSALG RPQDMFSDTA IQLQPVFAQW IQNTH ALAP SLTAPNATAS TSLTWGGGDL VAVGGKVALL PIPLGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSSRLIP DKANLG FRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNAI SVVIFHFSWK MQSDVWGSIS DQGVVTHITG GNFAQSSITI NGWLRDF LW AQASQVIQSY GSSLSAYGLL FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP AIQPRALSIV QGRAVGVA H YLLGGIATTW AFFLARIISV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 82.245477 KDa
配列文字列: SRFPKFSRGL SQDPTTRRIW FGIATAHDFE SHDDMTEERL YQKIFASHFG QLAIIFLWTS GNLFHVAWQG NFEAWGQDPL HVRPIAHAI WDPHFGQPAV EAFTRGGASG PVNIAYSGVY QWWYTIGLRT NQDLYGGSIF LLFVSALFLI AGWLHLQPKW K PSVSWFKN ...文字列:
SRFPKFSRGL SQDPTTRRIW FGIATAHDFE SHDDMTEERL YQKIFASHFG QLAIIFLWTS GNLFHVAWQG NFEAWGQDPL HVRPIAHAI WDPHFGQPAV EAFTRGGASG PVNIAYSGVY QWWYTIGLRT NQDLYGGSIF LLFVSALFLI AGWLHLQPKW K PSVSWFKN AESRLNHHLS GLFGVSSLAW TGHLVHVAIP ESRGEHVRWN NLLTALPHPQ GLGPFFAGQW NVYAQNPDSN SH LFGTSEG AGTAILTFLG GFHPQTQSLW LTDMAHHHLA IAVIFIIAGH MYRTNFGIGH SMKEILEAHT PPGGRLGRGH KGL YDTINN SLHFQLGLAL ASLGVITSLV AQHMYSLPPY AFLAQDFTTQ AALYTHHQYI AGFIMTGAFA HGAIFFIRDY NPEQ NKDNV LARMLEHKEA IISHLSWASL FLGFHTLGLY VHNDVMLAFG TPEKQILIEP VFAQWIQSAH GKALYGFDVL LSSAD SPAF NAGQTLWLPG WLDAINNNSN SLFLTIGPGD FLVHHAIALG LHTTTLILVK GALDARGSKL MPDKKEFGYS FPCDGP GRG GTCDISAWDA FYLAVFWMLN TIGWVTFYWH WKHITLWQGN VAQFNESSTY LMGWLRDYLW LNSSQLINGY NPFGMNS LS VWAWMFLFGH LVWATGFMFL ISWRGYWQEL IETLAWAHER TPLANLVRWK DKPVALSIVQ ARLVGLAHFS VGYIFTYA A FLIASTSGKF G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 20.761584 KDa
配列文字列: EWLPGNPRPS YLDGSAPGDF GFDPLGLGEV PENLERFKES ELIHARWAML AVPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPW GNLPVILAIE FLAIAFAESQ RNGEPDPEKR KYPGGAFDPL GFSKGANLEE LKLKEIKNGR LALVAFLGFA V QAIAYPGT ...文字列:
EWLPGNPRPS YLDGSAPGDF GFDPLGLGEV PENLERFKES ELIHARWAML AVPGVLIPEA LGYGNWVSAQ KWAATPGGQA TYLGNPVPW GNLPVILAIE FLAIAFAESQ RNGEPDPEKR KYPGGAFDPL GFSKGANLEE LKLKEIKNGR LALVAFLGFA V QAIAYPGT GPLENLKTHL ADPWHNTIAH VIIP

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 22.124145 KDa
配列文字列: RPLWFPGSQP PEWLDGSLPG DFGFDPLGLG SDPELLKWFV QAELVHCRWA MLGAAGIFIP EALTKAGILN TPSWTVAGDQ QYFTDATTL FVIEIILFAW AEGRRWADII NPGCVNVDPV FPNNKLTGTD VGYPGGLWFD PLGWGQTGDA AKLKDLRTRE I KNGRLAML ...文字列:
RPLWFPGSQP PEWLDGSLPG DFGFDPLGLG SDPELLKWFV QAELVHCRWA MLGAAGIFIP EALTKAGILN TPSWTVAGDQ QYFTDATTL FVIEIILFAW AEGRRWADII NPGCVNVDPV FPNNKLTGTD VGYPGGLWFD PLGWGQTGDA AKLKDLRTRE I KNGRLAML AVLGAVVQAN YTHTGPIDNL LAHLADPGHN TIFAL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 23.834248 KDa
配列文字列: RSLIFASKQS LSYLDGTLPG DYGFDPLGLM DPEGAGGFID PQWLPYAEII NGRFAMLGAA GAIAPEVLGR IGLIPQETAI PWFQSGVIP PVGNYSYWAD PYTLFVLEMA LMGFAEHRRA QDYYKPGSMG KQYFLGLEKF LGGSGNPAYP GGPIFNFLGF G KNEKELQE ...文字列:
RSLIFASKQS LSYLDGTLPG DYGFDPLGLM DPEGAGGFID PQWLPYAEII NGRFAMLGAA GAIAPEVLGR IGLIPQETAI PWFQSGVIP PVGNYSYWAD PYTLFVLEMA LMGFAEHRRA QDYYKPGSMG KQYFLGLEKF LGGSGNPAYP GGPIFNFLGF G KNEKELQE LKVKEVKNGR LAMMAVLGYF TQAIFTGVGP FQNLLDHLAD PVHNNVLTNL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 22.305465 KDa
配列文字列: RPLWLPGSEA PKWLDGSLPG DYGFDPLDLA AEPGRLNWMV QAELVHCRWA MLGAAGIFIP ELLTKIGILN TPSWYKAGDA TYFADQGTL FIVELLLMAW AESRRWADIA RPGSVNTDPI FPNNKLTGTD VGYPGGLWFD PLGWGSGSED KLKEIRTKEV K NGRLAMLA ...文字列:
RPLWLPGSEA PKWLDGSLPG DYGFDPLDLA AEPGRLNWMV QAELVHCRWA MLGAAGIFIP ELLTKIGILN TPSWYKAGDA TYFADQGTL FIVELLLMAW AESRRWADIA RPGSVNTDPI FPNNKLTGTD VGYPGGLWFD PLGWGSGSED KLKEIRTKEV K NGRLAMLA VLGAFVQANV THVGPIDNLF AHLADPYHTT ILQSL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 8.649957 KDa
配列文字列:
AHSVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMVPW DGCKASQIAS APRTEDCVGC KRCESACPTD FLSVRVYLGA ETTRSMGLAY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #8: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 15.789038 KDa
配列文字列:
FTPPTLNADT PAPIFGGSTG GLLRKAQVEE FYVITWESPK EQIFEMPTGG AAIMRSGPNL LKLARKEQCL ALGARLRTKF KIQYQFYRV FPNGEVQYLH PKDGVYPEKV NAGRTAVGVN NRSIGQNANP AELKFAHKQA YDL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #9: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 7.081935 KDa
配列文字列:
IGPKRGSIVK VLRRESYWFN DTGKVVAVDQ APGVRYPVVV RFDKVNYAGV STNNYSPDEL EQS

UniProtKB: Predicted protein

+
分子 #10: PSI-F

分子名称: PSI-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 17.646625 KDa
配列文字列:
VAGLTPCKES KGFAKRQKQE IKKLEGRLKL YAPDSAPALA INATIEKTKR RFEFYGNQGL LCGTDGLPHL IVDGDQAHLG EFVYPGLVF LYIAGWIGWV GRAYLIDVRT SKKPTEKEII IDVPLALRIM SKGLTWPVAA IGELRSGKLV EKSSNITVSP R

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #11: PSI-G

分子名称: PSI-G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 9.72897 KDa
配列文字列:
ANTALTITLS TGALLFLGRF VFLPFQRDNV SRQGLPVQNG VTHFDAGDSR AQEVTSFLKT NDPAGFTIVD VLAWGALGHA VGFFILATI NN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

+
分子 #12: PsaH

分子名称: PsaH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 9.491607 KDa
配列文字列:
YFDLGEIDNT TGNWDLYGND DPNRYNGFQN KFFETFAGAF TKRGLLLKFL VLGGATTIGY LGSTSSGDLL AIKNGPKQAP IMGPRGR

UniProtKB: Predicted protein

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 3.791472 KDa
配列文字列:
MTASYLPSIF VPLIGLVFPA ITMASLFIYI EQDE

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 4.59746 KDa
配列文字列:
MQDVKTYLST APVLATLWFG FLAGLLIEIN RFFPDALVLP L

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #15: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 8.106365 KDa
配列文字列:
YIGSSTNLIM VASTTLMLFA GRFGLAPSAN RKSTAGLKLV DRDSGLQTGD PAGFTATDTL ACGAMGHVIG VGIVLGLKAT A

UniProtKB: PSI-K

+
分子 #16: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 16.692316 KDa
配列文字列:
QVIEPLNGDP FIGGLETPVT SSPLIAWYLS NLPAYRTAVA PLLRGVEIGL AHGYLLVGPF VLAGPLRNSA VRGEAGSLAA AGLVAILTM CLTIYGIASF KEGEASKAPS LTLTGRQKAA DKLQTAEGWA GFTGGFFFGG LSGVAWAYIL LYVLNLPYPV K

UniProtKB: PSI subunit V

+
分子 #17: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (植物)
分子量理論値: 3.179751 KDa
配列文字列:
SISDSQIIVA LVSAFITGIL ALRLGKSLYQ

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 141 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #20: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 26 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 7 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #24: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #25: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #26: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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分子 #27: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 14 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

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分子 #28: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 10 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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分子 #29: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 45 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5l8r

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114608
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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