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- PDB-7ksp: Crystal structure of hSAMD9_DBD with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ksp
タイトルCrystal structure of hSAMD9_DBD with DNA
要素
  • (DNAデオキシリボ核酸) x 2
  • Sterile alpha motif domain-containing protein 9
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / SAMD9 / Alba domain (オールバニ) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endosomal vesicle fusion / intracellular membrane-bounded organelle / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Sterile alpha motif domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Peng, S. / Pathak, P. / Xiang, Y. / Deng, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structure and function of an effector domain in antiviral factors and tumor suppressors SAMD9 and SAMD9L.
著者: Peng, S. / Meng, X. / Zhang, F. / Pathak, P.K. / Chaturvedi, J. / Coronado, J. / Morales, M. / Mao, Y. / Qian, S.B. / Deng, J. / Xiang, Y.
履歴
登録2020年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterile alpha motif domain-containing protein 9
B: Sterile alpha motif domain-containing protein 9
C: DNA
D: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0174
ポリマ－67,0174
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.796, 59.022, 88.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...
21(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPROPRO(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA160 - 1725 - 17
12TYRTYRTYRTYR(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA17318
13LEULEUPHEPHE(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA159 - 3804 - 225
14LEULEUPHEPHE(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA159 - 3804 - 225
15LEULEUPHEPHE(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA159 - 3804 - 225
16LEULEUPHEPHE(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA159 - 3804 - 225
17LEULEUPHEPHE(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA159 - 3804 - 225
18LEULEUPHEPHE(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA159 - 3804 - 225
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112LEULEUPHEPHE(chain A and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...AA159 - 3804 - 225
21THRTHRPROPRO(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...BB160 - 1725 - 17
22TYRTYRTYRTYR(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...BB17318
23LEULEUPHEPHE(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...BB159 - 3804 - 225
24LEULEUPHEPHE(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...BB159 - 3804 - 225
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210LEULEUPHEPHE(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...BB159 - 3804 - 225
211LEULEUPHEPHE(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...BB159 - 3804 - 225
212LEULEUPHEPHE(chain B and (resseq 160:172 or (resid 173 and (name...BB159 - 3804 - 225

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要素

#1: タンパク質 Sterile alpha motif domain-containing protein 9 / SAM domain-containing protein 9


分子量: 26759.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMD9, C7orf5, DRIF1, KIAA2004, OEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5K651
#2: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6773.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6724.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium acetate, 20mM magnesium chloride, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97887 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16022 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1976 / CC1/2: 0.833 / % possible all: 59.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1597 9.99 %
Rwork0.208 14392 -
obs0.2157 15989 92.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.62 Å2 / Biso mean: 83.5413 Å2 / Biso min: 27.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3496 902 0 10 4408
Biso mean---51.35 -
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2186351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8612591
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1824X-RAY DIFFRACTION12.717TORSIONAL
12B1824X-RAY DIFFRACTION12.717TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8012-2.89220.33781010.322193567
2.8922-2.99560.35031250.2863112480
2.9956-3.11550.38241410.2815127290
3.1155-3.25730.33461480.2641130895
3.2573-3.4290.32421500.2621136596
3.429-3.64370.31761540.2183137899
3.6437-3.9250.30441560.2063140799
3.925-4.31970.25931500.1777135496
4.3197-4.94430.22861580.1637142199
4.9443-6.22730.27711550.1994139298
6.2273-500.26061590.1918143697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9308-5.73550.26159.16941.22323.1562-0.3862-1.46231.14151.3080.1761-0.4897-0.2020.40040.14460.7335-0.13160.19840.5985-0.4640.755444.17811.237180.7779
20.3154-0.3531-0.71085.3860.75751.4665-0.4120.66982.0852-0.08540.3893-1.0477-0.5943-0.16740.21650.5535-0.02980.01110.67270.49431.333546.6989.23468.6033
33.6119-1.60370.97136.1284-1.33233.6819-0.10131.0080.8726-0.5921-0.29740.1204-0.29250.2873-0.05920.2044-0.01230.23710.70570.23390.627737.71783.627261.6196
42.7071.6069-0.16850.972-0.34093.18340.24840.84641.73870.178-0.0889-0.7346-0.26330.4991-0.03070.2598-0.00120.07250.57990.05931.209344.90410.695369.2999
53.8673-0.85930.42762.3985-0.13634.1918-0.11340.04730.62970.3833-0.06270.3516-0.2643-0.40940.22020.27960.07580.06330.542-0.01570.777534.17423.945470.3266
64.76380.38530.42884.372-0.14176.7188-0.10750.74890.3301-0.53760.0221-0.03830.3327-0.326-0.00850.29620.12430.25250.71010.03720.640839.0011-6.283459.2034
73.65611.42492.70768.7321.26176.21620.09350.55280.1939-0.7401-0.1288-1.4115-0.3132.0851-0.33490.47880.20690.22031.0980.22450.643350.4375-2.052456.7749
80.90740.1392-0.76850.71370.63211.46790.10220.65560.2229-0.30010.2664-0.5099-0.03630.5956-0.09380.47020.6730.93761.4705-0.18060.834453.8638-12.231354.1701
92.1577-1.3406-0.66729.5966-0.74682.06180.1498-0.84190.38241.96320.3745-1.80620.94651.5254-0.67510.64590.0963-0.26280.7587-0.03580.818452.9682-14.13273.0703
107.592-1.8341-3.81932.62811.81667.393-0.1371.2297-1.3873-1.0314-0.0355-0.27360.7683-0.01230.1780.54090.0294-0.00680.684-0.1550.629747.74158.53885.2366
110.26510.49721.05342.78241.15544.4864-0.81710.5331-1.24450.04360.7024-1.1413-0.05421.0657-0.49210.41090.10710.13930.7902-0.15761.312359.15989.919711.4464
125.63521.5326-1.15345.09330.22117.0841-0.2239-1.1605-1.42870.0915-0.2559-0.3360.70840.43070.40790.30210.05110.04890.49520.050.5544.497512.980722.3335
135.41330.7785-1.89637.34811.15674.7316-0.2815-0.4733-1.2520.34120.0083-1.36470.7490.48150.15270.39650.02150.06570.5074-0.00920.752548.64337.988516.9256
147.44581.032-0.13732.1021.09137.13660.1569-0.0477-1.15510.152-0.31720.58760.6477-0.91610.21390.3209-0.0804-0.06390.5868-0.07370.725332.311414.799719.6517
154.2047-3.617-1.86833.12931.75875.36780.05740.212-0.6757-0.2736-0.81091.35890.2358-0.69220.560.237-0.0522-0.01620.594-0.1180.596840.457116.401815.1332
163.061-0.84940.01366.35060.64284.7944-0.1415-1.15920.43840.4058-0.0285-0.43030.41940.47190.16880.3774-0.07280.01160.9575-0.12180.459449.814626.113526.7136
179.24791.98194.06473.1863-2.70766.27391.71960.3295-0.61950.6497-0.6311-1.80181.7178-2.0987-0.46331.9471-0.06110.2910.9384-0.39181.159147.30825.407355.3679
182.3346-2.2314-0.90798.93285.93467.54180.85040.9111-0.8737-0.6217-1.0507-0.7129-0.6314-1.16930.21111.5124-0.19040.44481.1303-0.55381.634349.1203-3.565334.3631
197.0748-3.2036-3.8994.39651.42923.81421.09040.31960.2747-0.12530.5751-2.3625-1.0396-0.7225-1.44312.3535-0.20340.0061.0701-0.46991.176249.6441-6.503533.4594
205.94593.71761.11266.79861.24955.58250.5365-0.98390.62931.1987-0.6986-0.61541.5409-0.78180.00682.0338-0.0712-0.16880.6176-0.12431.176249.58511.687250.1593
218.05521.5869-6.10413.6537-2.10025.17250.9302-0.10161.82310.20530.9331-2.21441.0545-0.2509-1.91411.51820.1766-0.18590.7199-0.08380.823345.163928.924853.4646
223.81862.9132.77562.35171.3836.10891.4774-1.0481.65290.62690.1468-1.70310.22010.8233-1.79411.3951-0.00790.04120.9118-0.57591.90945.192232.67467.3321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 159 through 178 )A159 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 179 through 207 )A179 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 208 through 228 )A208 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 229 through 253 )A229 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 254 through 309 )A254 - 309
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 310 through 341 )A310 - 341
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 342 through 355 )A342 - 355
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 356 through 365 )A356 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 366 through 380 )A366 - 380
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 159 through 178 )B159 - 178
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 179 through 188 )B179 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 189 through 228 )B189 - 228
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 229 through 253 )B229 - 253
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 254 through 271 )B254 - 271
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 272 through 309 )B272 - 309
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 310 through 380 )B310 - 380
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 11 through 22 )C11 - 22
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 10 )D1 - 10
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 11 through 15 )D11 - 15
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 16 through 20 )D16 - 20
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 21 through 22 )D21 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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