PDB-7ks4: Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain with partially...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ks4

タイトル

Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain with partially bound ADP

要素

Phage terminase large subunit

キーワード

VIRAL PROTEIN / Phage Large Terminase / ASCE ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus phage P7426 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.887 Å

データ登録者

Hilbert, B.J. / Kelch, B.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Viral packaging ATPases utilize a glutamate switch to couple ATPase activity and DNA translocation.
著者: Pajak, J. / Atz, R. / Hilbert, B.J. / Morais, M.C. / Kelch, B.A. / Jardine, P.J. / Arya, G.

履歴

登録	2020年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	7ks4_full_validation.pdf.gz	836 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ks4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ks4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4znl-3 4znj-d 4znl-1 4fxw-2 3hzf-d 5hca-3 3gbj-1 4wyq-1 2nbw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Phage terminase large subunit

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.515, 129.515, 129.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Phage terminase large subunit 分子量: 31580.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage P7426 (ファージ) / 遺伝子: P74p84 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR-DE3 / 参照: UniProt: A7XXR1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.09 % / 解説: Cube
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 mM Sodium Acetate:HCl pH 5.0, 0.5M ammonium sulfate.

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→45.79 Å / Num. obs: 29147 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.88→1.96 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2900 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.887→45.79 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2211	2400	8.23 %
R_work	0.1993	26747	-
obs	0.2011	29147	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.39 Å² / B_iso mean: 45.7883 Å² / B_iso min: 23.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.887→45.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2056	0	63	129	2248
B_iso mean	-	-	69.78	44.59	-
残基数	-	-	-	-	252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	3007
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.281	1285

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8872-1.9257	0.2927	139	0.2797	1561	100
1.9257-1.9676	0.2708	140	0.2594	1588	100
1.9676-2.0133	0.2485	137	0.2488	1533	100
2.0133-2.0637	0.3185	143	0.2459	1566	100
2.0637-2.1195	0.327	138	0.2373	1538	100
2.1195-2.1818	0.2559	143	0.2448	1594	100
2.1818-2.2523	0.2954	136	0.2281	1540	100
2.2523-2.3328	0.249	145	0.2214	1575	100
2.3328-2.4262	0.2316	136	0.2209	1565	100
2.4262-2.5366	0.2574	141	0.2194	1562	100
2.5366-2.6703	0.2792	143	0.2352	1571	100
2.6703-2.8376	0.2488	143	0.2144	1567	100
2.8376-3.0566	0.2233	141	0.2202	1578	100
3.0566-3.3641	0.2374	143	0.2058	1566	100
3.3641-3.8507	0.2	146	0.18	1586	100
3.8507-4.8506	0.1736	141	0.1531	1610	100
4.8506-45.79	0.1921	145	0.1871	1647	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6162	3.6315	0.512	2.8175	1.3959	7.2886	-0.3022	-1.6416	0.9283	1.3886	0.2328	0.5733	0.9604	1.9017	0.0725	0.5283	0.1912	-0.0319	0.6652	-0.0255	0.4882	-87.1666	145.3729	221.3448
2	1.9935	1.2677	-0.0201	7.6334	-3.0686	6.2003	0.347	0.3187	-0.3304	-0.5072	0.5284	1.9464	-1.0569	-1.0083	-0.371	0.3902	0.053	-0.2489	0.3101	0.0189	0.426	-93.1442	142.7582	215.1996
3	5.6787	-1.1758	-2.9336	6.061	-1.3835	4.6783	-0.683	0.7253	0.5431	-0.0522	0.604	1.7107	0.1639	-0.7044	0.1647	0.3274	0.0174	0.0538	0.4534	0.2133	0.7463	-94.5393	135.5897	223.9441
4	6.089	-2.6483	0.1628	7.8215	-0.2268	7.037	-0.4258	0.4685	1.8917	0.9076	-0.0684	-0.6161	-0.8865	-0.2004	0.4839	0.4934	0.0136	-0.0787	0.3209	0.068	0.4572	-85.049	137.8168	230.0524
5	1.3927	0.9942	-0.411	2.7486	0.0354	1.6177	-0.0376	0.0894	0.3485	-0.0435	0.1492	0.5282	-0.1959	-0.2736	-0.0976	0.319	-0.0161	-0.0768	0.3575	0.1085	0.3906	-87.6258	127.4494	227.185
6	8.8314	-1.2855	-4.1649	3.2881	-2.9947	6.056	-1.0335	0.8571	-0.7071	-1.0733	-0.4705	-0.289	1.2498	-1.2653	-0.8164	0.2672	-0.1709	-0.4952	0.6703	0.5005	0.7079	-97.109	124.9058	218.1464
7	5.05	1.1769	-1.9957	7.0414	-2.4071	1.8785	-0.0926	-0.3022	-0.4358	-0.3075	0.0152	0.1956	0.117	-0.0875	0.0163	0.3105	0.0066	-0.0492	0.3446	0.0596	0.3304	-83.9442	136.9771	217.197
8	1.3836	2.1495	0.0801	7.7096	0.1127	0.5591	0.0933	-0.2521	-0.3367	-0.3965	-0.3156	-0.8089	0.1066	0.47	0.1812	0.3479	0.0349	0.0401	0.4085	0.0538	0.3821	-75.5314	130.372	216.5289
9	3.6493	-1.9823	3.9358	2.2269	-1.3297	5.114	0.246	1.0592	-0.945	-1.4895	-0.409	0.1799	1.5659	0.1423	0.1547	0.7006	-0.0071	-0.0449	0.4802	-0.0727	0.5104	-82.8915	121.6857	209.6675
10	0.5472	-1.8176	0.3737	6.8934	-2.6699	1.5147	-0.0317	0.1389	-0.0247	-0.9623	0.1146	0.7752	0.2554	-0.3046	-0.1418	0.4491	-0.0225	-0.1293	0.3823	0.0398	0.3654	-84.5831	137.5852	207.5438
11	2.7278	-1.6696	0.2574	8.4986	1.8537	2.5983	-0.1674	0.4012	-0.3585	-1.2463	0.1649	0.2693	0.2708	0.3558	0.0175	0.6401	-0.0238	0.0049	0.4444	-0.0461	0.336	-76.5494	139.7487	204.2538
12	1.8926	2.7497	0.1006	4.9181	-0.6716	1.3272	-0.3752	0.0303	-0.4005	-1.0142	0.0952	-0.9592	0.2619	0.4809	0.2317	0.4485	0.0323	0.1342	0.4079	0.0247	0.3689	-71.7163	140.0521	208.1602
13	4.3668	-3.2888	-1.5816	4.3249	1.151	2.3719	-0.5529	1.4044	1.4172	-0.7571	1.1938	-0.3352	0.5107	1.6932	-0.4267	0.5291	0.1163	0.0234	0.8382	0.1755	0.5389	-69.1777	122.2795	215.6224
14	0.5391	-0.7725	-0.4145	4.1774	-1.7521	2.5565	-0.1025	0.0372	-0.0796	-0.5799	-0.3158	-0.5376	0.2686	0.3772	0.3776	0.2697	0.0428	0.0257	0.3274	0.1005	0.4352	-77.3552	122.4716	223.3417
15	4.3561	1.362	0.339	5.1305	-0.6432	2.3013	0.0974	-0.0782	-0.4761	0.1924	-0.1975	-0.7616	-0.0616	0.2684	0.0278	0.2574	-0.0149	-0.0761	0.3517	0.0947	0.3753	-78.7301	129.2079	225.1929
16	1.3189	-0.7589	-0.3918	3.2956	-1.0104	3.2356	0.0434	-0.1121	-0.1515	0.2621	0.1543	0.2336	-0.135	-0.226	-0.2042	0.2733	0.0149	-0.0171	0.4065	0.1357	0.4178	-88.5655	122.4905	235.9717
17	3.6911	1.3969	2.0453	0.654	1.93	2.3304	-0.0845	0.4503	0.5199	-0.1638	-0.306	0.2089	0.0948	-0.0052	0.3481	0.3348	-0.0233	-0.0415	0.4905	0.0972	0.4837	-103.762	124.4558	222.4851
18	2.8669	-2.7851	0.152	3.3803	0.6665	1.8298	0.369	-0.4405	-0.0412	0.0684	-0.0999	0.1209	-0.1047	0.1836	-0.0509	0.3723	-0.0463	-0.0458	0.407	-0.0136	0.4407	-107.4227	112.108	217.8427
19	3.8351	-3.2518	-0.9657	5.2798	5.1022	9.0541	0.3931	0.5208	-1.465	0.4972	-0.3158	1.6981	1.2546	1.6015	-0.0887	0.4088	-0.0576	-0.1388	0.656	-0.021	0.6436	-100.5391	111.4965	223.7296
20	9.3802	-0.0468	-1.2463	3.8776	2.5732	2.4685	-0.7453	0.0166	-0.9488	-0.4151	0.4218	0.2239	0.5473	0.231	0.4346	0.3445	-0.1313	-0.0378	0.558	0.1431	0.5881	-95.6799	114.8337	226.5971

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 4:10)	B	4 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 11:18)	B	11 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 19:26)	B	19 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 27:31)	B	27 - 31
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 32:38)	B	32 - 38
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 39:42)	B	39 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 43:58)	B	43 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 59:68)	B	59 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 69:75)	B	69 - 75
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 76:89)	B	76 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 90:101)	B	90 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 102:133)	B	102 - 133
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 134:143)	B	134 - 143
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 144:165)	B	144 - 165
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 166:180)	B	166 - 180
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 181:215)	B	181 - 215
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 216:233)	B	216 - 233
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 234:239)	B	234 - 239
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 240:245)	B	240 - 245
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 246:255)	B	246 - 255

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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