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- PDB-7krd: Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7krd
タイトルCrystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 4-(3-chloro-5-cyanophenoxy)-3-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenyl sulfurofluoridate (JLJ702)
要素
  • HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P51 SUBUNIT
  • HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P66 SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / Hydrolase/Inhibitor / Polymerase / reverse transcriptase / non-nucleoside inhibitor / Hydrolase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X2S / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bertoletti, N. / Ippolito, J.A. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49551 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155072 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Covalent Inhibition of Wild-Type HIV-1 Reverse Transcriptase Using a Fluorosulfate Warhead.
著者: Ippolito, J.A. / Niu, H. / Bertoletti, N. / Carter, Z.J. / Jin, S. / Spasov, K.A. / Cisneros, J.A. / Valhondo, M. / Cutrona, K.J. / Anderson, K.S. / Jorgensen, W.L.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P66 SUBUNIT
B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P51 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5113
ポリマ－114,0292
非ポリマー4821
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area45400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.403, 69.471, 104.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P66 SUBUNIT / p66 RT


分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P51 SUBUNIT


分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366
#3: 化合物 ChemComp-X2S / 4-(3-chloro-5-cyanophenoxy)-3-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenyl sulfurofluoridate


分子量: 481.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H13ClFN3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.232 Å / Num. obs: 42983 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.958 % / Biso Wilson estimate: 88.795 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.132 / Net I/σ(I): 17.06 / Num. measured all: 299064
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.867.161.7541.0349192689368700.6521.89299.7
2.86-3.067.1290.961.9645854643564320.8451.036100
3.06-3.36.9630.4564.1541955603360250.9550.49399.9
3.3-3.616.620.228.336686554955420.9860.23999.9
3.61-4.036.8530.10217.2434438502950250.9960.11199.9
4.03-4.647.2710.05531.1832544448344760.9990.05999.8
4.64-5.647.0380.04439.1126709379837950.9990.04899.9
5.64-7.846.4560.03544.8819427301230090.9990.03899.9
7.84-29.2326.7770.02173.53122591855180910.02297.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TW3

5tw3


解像度: 2.7→29.232 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 2148 5 %
Rwork0.2197 40786 -
obs0.2222 42934 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 285.56 Å2 / Biso mean: 122.778 Å2 / Biso min: 55.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7460 0 31 0 7491
Biso mean--107.17 --
残基数----953
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.76280.47491430.4411270199
2.7628-2.83180.43261420.3832692100
2.8318-2.90830.34621430.35032706100
2.9083-2.99380.39381410.34122699100
2.9938-3.09030.38661420.31222683100
3.0903-3.20060.28021410.2712678100
3.2006-3.32860.31191440.25822734100
3.3286-3.47990.28711430.26822717100
3.4799-3.6630.36221420.2582706100
3.663-3.8920.27161430.22852722100
3.892-4.19170.30641430.21382710100
4.1917-4.61210.2261430.1872722100
4.6121-5.27610.21911440.18682734100
5.2761-6.63450.2791460.22022759100
6.6345-29.2320.21031480.17232823100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68880.34220.14172.8266-1.8922.2533-0.4063-1.07040.56291.2155-0.0987-0.18-0.23810.35150.59971.36160.4045-0.40221.5398-0.31620.8713487.0519.772137.805
23.63411.0340.1113.02770.42887.3232-0.0404-2.0116-0.41230.0362-0.2481-0.38120.31641.13210.40260.87570.3653-0.1332.116-0.04660.9556495.0052.337141.939
34.4371-1.7065-0.8480.7931.13565.0593-0.7872-0.6334-4.12451.8237-0.5587-0.47291.65341.1480.61081.40860.4560.10581.83490.77474.0946487.043-11.217149.036
44.85630.8811-0.31081.86370.34150.7552-0.4629-1.0406-0.8270.3410.1352-0.00290.70390.39890.24411.20250.41190.12891.01720.19870.7892473.421-7.991131.824
52.60960.1968-3.85472.01050.79066.33871.3229-0.2460.7678-0.0627-0.10.9431-0.14550.4509-1.14641.60460.2188-0.07061.56920.0121.8383449.7182.355153.314
64.84451.1601-1.3941.468-2.40863.4295-0.4356-0.5176-0.68730.68090.1010.21270.4973-0.18540.35971.4161-0.00210.34960.72010.07641.0719444.341-10.601131.845
78.2307-1.4019-5.81572.95882.15115.6018-0.1666-0.12480.2883-0.08910.3124-0.19350.5586-0.2214-0.17670.66-0.05250.04620.9290.14841.0164420.1958.331136.554
85.9456-1.3572-0.66946.1112-0.52975.5593-0.50930.13730.67930.68860.3231-0.1304-0.0521-0.06990.18560.7345-0.0134-0.14240.62450.02840.5749464.02914.621114.266
94.9012-1.57760.70235.9724-2.4284.9269-0.40320.17510.26030.58720.3275-0.0854-0.3536-0.09130.06260.5655-0.02190.00880.4978-0.0010.4907463.26118.137110.385
103.7148-2.44012.24376.7440.97885.88990.08090.7298-0.1433-0.62360.23940.3484-0.2323-0.8356-0.38370.9517-0.13990.01171.06270.24070.9527453.15429.87995.354
117.73484.7611-3.23653.5781-3.33724.47920.33851.58611.8059-0.14360.5941.2919-0.8306-1.4717-1.04531.36660.09160.26491.68990.42281.5543418.43629.72123.536
127.47221.5131-2.58140.6514-0.41621.86890.84390.39112.16650.66070.07380.7369-0.8493-0.7915-0.74171.0140.25710.18550.99830.32551.331426.83329.357121.492
134.8503-4.343-1.62245.0232-0.25283.0777-1.40922.2311-1.3076-1.77340.2613.2451-0.4114-2.35450.85671.0608-0.3743-0.39251.3933-0.13281.0793436.3278.92110.664
148.53472.5803-3.57193.9131-1.23595.1784-0.1720.1108-0.33490.93540.17380.12430.105-0.79020.02620.96820.04830.0040.73810.08370.7316442.80117.605118.096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:29 )A3 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 30:63 )A30 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 64:72 )A64 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 73:282 )A73 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 283:290 )A283 - 290
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 291:392 )A291 - 392
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 393:551 )A393 - 551
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 5:95 )B5 - 95
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 96:159 )B96 - 159
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 160:237 )B160 - 237
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 238:281 )B238 - 281
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 282:356 )B282 - 356
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 357:369 )B357 - 369
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 370:428 )B370 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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