PDB-7kr6: Glycoside hydrolase family 16 endo-glucanase from Bacteroides ova...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kr6

タイトル

Glycoside hydrolase family 16 endo-glucanase from Bacteroides ovatus in complex with G4G3G-2F-DNP

要素

Glycoside hydrolase family 16 protein

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / glucanase

機能・相同性

: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / Glycoside hydrolase family 16 protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Tamura, K. / Brumer, H. / van Petegem, F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Orthogonal Active-Site Labels for Mixed-Linkage endo-beta-Glucanases.
著者: Jain, N. / Tamura, K. / Dejean, G. / Van Petegem, F. / Brumer, H.

履歴

登録	2020年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年10月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kr6.cif.gz	193.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kr6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kr6_validation.pdf.gz	908.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kr6_full_validation.pdf.gz	910.6 KB	表示
XML形式データ	7kr6_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	7kr6_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7kr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7kr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vhoC 5nboS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nbp-d 5nbo-d 6vho-d 4bt4-1 4a9o-d 3wdm-2 2xwa-d 3wdl-1 5zg4-1 4bt2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Glycoside hydrolase family 16 protein

BBB: Glycoside hydrolase family 16 protein

ヘテロ分子

62.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.447, 84.576, 67.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.983, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 16 protein

分子量: 30593.943 Da / 分子数: 2 / 変異: E148A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacteroides ovatus (バクテリア)
遺伝子: DW206_07605, DW890_00285, F3D51_00680, F3D58_00285, F3F38_18210
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y4PXW9

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 506.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
参照: beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*F][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a3-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp2fluoro]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→39.4 Å / Num. obs: 143215 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / Num. unique obs: 6822 / CC_1/2: 0.935

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NBO

5nbo

解像度: 1.56→39.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	3598	4.961 %
R_work	0.1722	68931	-
all	0.173	-	-
obs	-	72529	98.568 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.829 Å²	0 Å²	-2.23 Å²
2-	-	0.966 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→39.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3737	0	66	374	4177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.018	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.656	5317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.704	1.606	7921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.235	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.116	25	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.465	15	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.786	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.116	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.116	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.177	2.495	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.161	2.493	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.919	3.731	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.926	3.732	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.991	2.711	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.991	2.711	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.46	3.963	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.46	3.964	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.332	28.996	4339
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.265	28.611	4270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.6	0.295	301	0.275	4927	X-RAY DIFFRACTION	95.8211
1.6-1.644	0.259	267	0.242	4933	X-RAY DIFFRACTION	98.9911
1.644-1.692	0.237	250	0.225	4820	X-RAY DIFFRACTION	99.0428
1.692-1.744	0.241	211	0.212	4727	X-RAY DIFFRACTION	98.9579
1.744-1.801	0.242	247	0.19	4506	X-RAY DIFFRACTION	98.2634
1.801-1.864	0.219	251	0.189	4385	X-RAY DIFFRACTION	98.3036
1.864-1.935	0.244	213	0.187	4265	X-RAY DIFFRACTION	99.0927
1.935-2.014	0.218	210	0.19	4107	X-RAY DIFFRACTION	99.2642
2.014-2.103	0.23	211	0.191	3912	X-RAY DIFFRACTION	98.8018
2.103-2.206	0.205	164	0.176	3738	X-RAY DIFFRACTION	97.6721
2.206-2.325	0.204	201	0.164	3575	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.325-2.466	0.201	175	0.161	3390	X-RAY DIFFRACTION	99.359
2.466-2.636	0.205	157	0.172	3188	X-RAY DIFFRACTION	99.2582
2.636-2.847	0.191	161	0.172	2935	X-RAY DIFFRACTION	98.0989
2.847-3.118	0.189	141	0.171	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.4114
3.118-3.486	0.191	129	0.171	2483	X-RAY DIFFRACTION	99.2401
3.486-4.024	0.18	104	0.157	2193	X-RAY DIFFRACTION	98.8382
4.024-4.925	0.154	94	0.132	1856	X-RAY DIFFRACTION	98.7342
4.925-6.954	0.172	82	0.16	1443	X-RAY DIFFRACTION	99.026
6.954-39.4	0.161	29		818	X-RAY DIFFRACTION	97.5807

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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