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万見
- PDB-7kq1: PCNA bound to truncated peptide mimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kq1
タイトルPCNA bound to truncated peptide mimetic
要素
  • LYS-ARG-ARG-GLN-THR-SER-MET-THR-ASP-PHE-TYR-HIS-SER-LYS-ARG
  • Proliferating cell nuclear antigen
キーワードREPLICATION / PCNA / DNA replication / peptide mimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / MutLalpha complex binding ...positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / MutLalpha complex binding / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / replisome / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / replication fork processing / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / translesion synthesis / mismatch repair / response to cadmium ion / estrous cycle / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / epithelial cell differentiation / positive regulation of DNA repair / male germ cell nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / liver regeneration / Translesion synthesis by POLI / replication fork / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / nuclear estrogen receptor binding / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / receptor tyrosine kinase binding / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Vandborg, B.A. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Unlocking the PIP-box: A peptide library reveals interactions that drive high-affinity binding to human PCNA.
著者: Horsfall, A.J. / Vandborg, B.A. / Kowalczyk, W. / Chav, T. / Scanlon, D.B. / Abell, A.D. / Bruning, J.B.
履歴
登録2020年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: LYS-ARG-ARG-GLN-THR-SER-MET-THR-ASP-PHE-TYR-HIS-SER-LYS-ARG
C: Proliferating cell nuclear antigen
D: LYS-ARG-ARG-GLN-THR-SER-MET-THR-ASP-PHE-TYR-HIS-SER-LYS-ARG
E: Proliferating cell nuclear antigen
F: LYS-ARG-ARG-GLN-THR-SER-MET-THR-ASP-PHE-TYR-HIS-SER-LYS-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7976
ポリマ－91,7976
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area35460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.660, 136.660, 104.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...
21(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...
31(chain E and (resid 1 through 16 or (resid 17...
12(chain B and ((resid 142 through 143 and (name N...
22(chain D and ((resid 142 through 143 and (name N...
32(chain F and ((resid 142 through 143 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 41 - 4
121ARGARGARGARG(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA55
131METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
141METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
151METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
161METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
171METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
181METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
191METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
1101METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 4 or (resid 5...AA1 - 2571 - 257
211METMETALAALA(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 41 - 4
221ARGARGARGARG(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC55
231METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
241METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
251METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
261METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
271METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
281METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
291METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
2101METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 4 or (resid 5...CC1 - 2571 - 257
311METMETLEULEU(chain E and (resid 1 through 16 or (resid 17...EE1 - 161 - 16
321GLUGLUALAALA(chain E and (resid 1 through 16 or (resid 17...EE17 - 1817 - 18
331METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 16 or (resid 17...EE1 - 2591 - 259
341METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 16 or (resid 17...EE1 - 2591 - 259
351METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 16 or (resid 17...EE1 - 2591 - 259
361METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 16 or (resid 17...EE1 - 2591 - 259
112ARGARGARGARG(chain B and ((resid 142 through 143 and (name N...BB142 - 1432 - 3
122LYSLYSARGARG(chain B and ((resid 142 through 143 and (name N...BB141 - 1551 - 15
132LYSLYSARGARG(chain B and ((resid 142 through 143 and (name N...BB141 - 1551 - 15
142LYSLYSARGARG(chain B and ((resid 142 through 143 and (name N...BB141 - 1551 - 15
152LYSLYSARGARG(chain B and ((resid 142 through 143 and (name N...BB141 - 1551 - 15
212ARGARGARGARG(chain D and ((resid 142 through 143 and (name N...DD142 - 1432 - 3
222LYSLYSARGARG(chain D and ((resid 142 through 143 and (name N...DD141 - 1551 - 15
232LYSLYSARGARG(chain D and ((resid 142 through 143 and (name N...DD141 - 1551 - 15
242LYSLYSARGARG(chain D and ((resid 142 through 143 and (name N...DD141 - 1551 - 15
252LYSLYSARGARG(chain D and ((resid 142 through 143 and (name N...DD141 - 1551 - 15
312ARGARGARGARG(chain F and ((resid 142 through 143 and (name N...FF142 - 1432 - 3
322ARGARGLYSLYS(chain F and ((resid 142 through 143 and (name N...FF142 - 1542 - 14
332ARGARGLYSLYS(chain F and ((resid 142 through 143 and (name N...FF142 - 1542 - 14
342ARGARGLYSLYS(chain F and ((resid 142 through 143 and (name N...FF142 - 1542 - 14
352ARGARGLYSLYS(chain F and ((resid 142 through 143 and (name N...FF142 - 1542 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin


分子量: 28651.621 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12004
#2: タンパク質・ペプチド LYS-ARG-ARG-GLN-THR-SER-MET-THR-ASP-PHE-TYR-HIS-SER-LYS-ARG


分子量: 1947.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 % / 解説: needles
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium malonate and 8% poly(ethylene)glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen cryostat / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→44.73 Å / Num. obs: 17231 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.283 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.291 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.5618.23.1656378634970.6260.7553.2551.299.9
8.73-44.7317.60.0491770110070.9990.0120.054999.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MLO

5mlo


解像度: 3.3→41.38 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 1716 9.98 %
Rwork0.2417 15477 -
obs0.2443 17193 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.15 Å2 / Biso mean: 108.5069 Å2 / Biso min: 77.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→41.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6084 0 0 0 6084
残基数----816
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2313X-RAY DIFFRACTION10.882TORSIONAL
12C2313X-RAY DIFFRACTION10.882TORSIONAL
13E2313X-RAY DIFFRACTION10.882TORSIONAL
21B108X-RAY DIFFRACTION10.882TORSIONAL
22D108X-RAY DIFFRACTION10.882TORSIONAL
23F108X-RAY DIFFRACTION10.882TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.3-3.40.37451430.365512601403
3.4-3.510.37321440.339112741418
3.51-3.630.31871340.29612561390
3.63-3.780.3091420.288412761418
3.78-3.950.28091410.295412791420
3.95-4.160.34211440.270512791423
4.16-4.420.23561500.218712881438
4.42-4.760.26731410.205412761417
4.76-5.240.24711350.218713021437
5.24-5.990.28011480.261912921440
5.99-7.540.31131410.275713301471
7.54-41.380.20331530.192713651518

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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