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- PDB-7kpr: Structure of wild-type PPM1H phosphatase at 3.1 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kpr
タイトルStructure of wild-type PPM1H phosphatase at 3.1 Angstrom resolution
要素Protein phosphatase 1H
キーワードHYDROLASE / Rab GTPase / membrane trafficking / PPM family
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)]-phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphoprotein phosphatase activity / glutamatergic synapse / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein phosphatase 1H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Khan, A.R. / Waschbusch, D.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the specificity of PPM1H phosphatase for Rab GTPases.
著者: Waschbusch, D. / Berndsen, K. / Lis, P. / Knebel, A. / Lam, Y.P. / Alessi, D.R. / Khan, A.R.
履歴
登録2020年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 1H
B: Protein phosphatase 1H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8796
ポリマ－107,7822
非ポリマー974
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.684, 102.160, 148.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 35 through 104 or resid 142 through 183 or resid 235 through 511))
d_2ens_1(chain "B" and resid 35 through 511)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULYSA1 - 70
d_12ens_1VALASNA72 - 113
d_13ens_1ILEASNA127 - 403
d_21ens_1LEUASNB3 - 391

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.381201247254, -0.73465906491, 0.561214457617), (-0.727955782525, -0.612731068418, -0.307637800805), (0.569882433297, -0.291267396289, -0.768373161997)ベクター: 7. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.381201247254, -0.73465906491, 0.561214457617), (-0.727955782525, -0.612731068418, -0.307637800805), (0.569882433297, -0.291267396289, -0.768373161997)
ベクター: 7.20691578104, 37.6435359477, 30.3207356133)

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 1H


分子量: 53890.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPM1H, ARHCL1, KIAA1157, URCC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ULR3, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% isopropanol, 5% PEG4000, 0.05M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→28.78 Å / Num. obs: 19927 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 92.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 19.83
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 1853 / CC1/2: 0.855 / Rrim(I) all: 0.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6b67

6b67


解像度: 3.09→28.78 Å / SU ML: 0.3544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 26.0137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1876 5.04 %random
Rwork0.1956 35317 --
obs0.1969 19925 99.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.09→28.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6284 0 4 14 6302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00486416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96378688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.00992386
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.765726149409 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.09-3.170.34881160.31662498X-RAY DIFFRACTION89.92
3.17-3.270.35351500.26552681X-RAY DIFFRACTION99.89
3.27-3.370.34191350.26082758X-RAY DIFFRACTION99.86
3.37-3.490.26761640.25362733X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.630.30111450.23112748X-RAY DIFFRACTION99.93
3.63-3.80.25471390.22292743X-RAY DIFFRACTION99.86
3.8-40.2511460.22242751X-RAY DIFFRACTION99.93
4-4.250.23671400.19472726X-RAY DIFFRACTION99.83
4.25-4.570.20031410.17422740X-RAY DIFFRACTION99.97
4.57-5.030.21391440.17192740X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.750.19571430.18592744X-RAY DIFFRACTION100
5.75-7.230.19531520.19292737X-RAY DIFFRACTION99.93
7.23-28.780.1631610.15192718X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.8518424065 Å / Origin y: 10.743001406 Å / Origin z: 21.1718562482 Å
111213212223313233
T0.472585317447 Å20.0619944372486 Å20.0649450871998 Å2-0.472185952572 Å20.0431679457556 Å2--0.631022846108 Å2
L1.11555441961 °2-0.142973961229 °2-0.372904666338 °2-1.57698596408 °2-0.0876153718651 °2--2.77932688667 °2
S-0.116245089978 Å °-0.0704872290804 Å °-0.267488953275 Å °0.291624798016 Å °-0.143067390238 Å °0.0777918168118 Å °0.265986611439 Å °0.19848423494 Å °0.252419867076 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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