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- PDB-7kpc: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, E88Q mutant w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kpc
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, E88Q mutant with pyruvate bound in the active site and L-lysine bound at the allosteric site
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / Dihydrodipicolinate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / LYSINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Saran, S. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: THE ALLOSTERIC SITE RESIDUE, E88 INTERACTS WITH THE INHIBITORS TO TRANSMIT THE ALLOSTERIC INHIBITION SIGNALS IN Cj.DHDPS BY FORMING A HYDROGEN BOND.
著者: Saran, S. / Majdi Yazdi, M. / Chung, I. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,00494
ポリマ－205,1066
非ポリマー6,89888
水27,7251539
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,92536
ポリマ－68,3692
非ポリマー2,55734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,77831
ポリマ－68,3692
非ポリマー2,41029
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
3
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,30027
ポリマ－68,3692
非ポリマー1,93225
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.350, 231.610, 199.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 31 or (resid 32...
21(chain B and (resid 4 through 20 or (resid 21...
31(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...
41(chain D and (resid 4 through 20 or (resid 21...
51(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...
61(chain F and (resid 4 through 20 or (resid 21...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNILEILE(chain A and (resid 4 through 31 or (resid 32...AA4 - 3116 - 43
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 4 through 31 or (resid 32...AA3244
13ASNASNPHEPHE(chain A and (resid 4 through 31 or (resid 32...AA4 - 29816 - 310
14ASNASNPHEPHE(chain A and (resid 4 through 31 or (resid 32...AA4 - 29816 - 310
15ASNASNPHEPHE(chain A and (resid 4 through 31 or (resid 32...AA4 - 29816 - 310
21ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 4 through 20 or (resid 21...BB4 - 2016 - 32
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 4 through 20 or (resid 21...BB2133
23LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 4 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
24LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 4 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
25LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 4 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
26LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 4 through 20 or (resid 21...BB3 - 29815 - 310
31ASNASNGLYGLY(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC4 - 2016 - 32
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC2133
33ASPASPPHEPHE(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC2 - 29814 - 310
34ASPASPPHEPHE(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC2 - 29814 - 310
35ASPASPPHEPHE(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC2 - 29814 - 310
36ASPASPPHEPHE(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC2 - 29814 - 310
37ASPASPPHEPHE(chain C and (resid 4 through 20 or (resid 21...CC2 - 29814 - 310
41ASNASNGLYGLY(chain D and (resid 4 through 20 or (resid 21...DD4 - 2016 - 32
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 4 through 20 or (resid 21...DD2133
43LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 4 through 20 or (resid 21...DD3 - 29815 - 310
44LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 4 through 20 or (resid 21...DD3 - 29815 - 310
45LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 4 through 20 or (resid 21...DD3 - 29815 - 310
46LYSLYSPHEPHE(chain D and (resid 4 through 20 or (resid 21...DD3 - 29815 - 310
51ASNASNGLYGLY(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...EE4 - 2016 - 32
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...EE2133
53LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...EE3 - 29815 - 310
54LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...EE3 - 29815 - 310
55LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...EE3 - 29815 - 310
56LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...EE3 - 29815 - 310
57LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 4 through 20 or (resid 21...EE3 - 29815 - 310
61ASNASNGLYGLY(chain F and (resid 4 through 20 or (resid 21...FF4 - 2016 - 32
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 4 through 20 or (resid 21...FF2133
63ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 4 through 20 or (resid 21...FF2 - 29814 - 310
64ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 4 through 20 or (resid 21...FF2 - 29814 - 310
65ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 4 through 20 or (resid 21...FF2 - 29814 - 310
66ASPASPPHEPHE(chain F and (resid 4 through 20 or (resid 21...FF2 - 29814 - 310

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34184.273 Da / 分子数: 6 / 変異: E88Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 8種, 1627分子

#2: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.7 M Magnesium acetate, 10 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4), 60 mM L-lysine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射モノクロメーター: double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→43.7 Å / Num. obs: 194466 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.73
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.419 / Num. unique obs: 32180 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 1.76→43.7 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1686 9724 5 %
Rwork0.1418 184722 -
obs0.1431 194446 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.6 Å2 / Biso mean: 25.6572 Å2 / Biso min: 12.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→43.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13571 0 388 1539 15498
Biso mean--53.85 36.25 -
残基数----1783
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5052X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
12B5052X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
13C5052X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
14D5052X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
15E5052X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
16F5052X-RAY DIFFRACTION5.504TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.76-1.780.28673120.23725911622396
1.78-1.80.25463130.21245951626498
1.8-1.820.24133190.18916065638499
1.82-1.850.22593210.17626095641699
1.85-1.870.20563230.170861466469100
1.87-1.90.22233240.180661546478100
1.9-1.920.22073200.168360776397100
1.92-1.950.19653200.155660876407100
1.95-1.980.2113260.1561766502100
1.98-2.010.20193220.138261256447100
2.01-2.050.1743220.131161226444100
2.05-2.090.17993250.137561696494100
2.09-2.130.1853230.134761426465100
2.13-2.170.16933230.127561306453100
2.17-2.220.16423240.129961576481100
2.22-2.270.16563220.131361266448100
2.27-2.330.16673250.129161736498100
2.33-2.390.18163240.136661526476100
2.39-2.460.18033240.136961496473100
2.46-2.540.15333250.134161786503100
2.54-2.630.15863240.131961646488100
2.63-2.730.17113260.133861986524100
2.73-2.860.17413260.139961786504100
2.86-3.010.14683250.143861776502100
3.01-3.20.1743260.144161936519100
3.2-3.440.17773270.149762216548100
3.44-3.790.1593270.1462196546100
3.79-4.340.13173300.127162676597100
4.34-5.460.14933320.131263096641100
5.47-43.70.14683440.15265116855100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22490.38280.20332.0147-0.83791.5996-0.0115-0.0520.14620.16560.06020.2237-0.0787-0.0564-0.06850.17350.0470.0040.18530.04270.2228-76.087-65.40219.89
21.7412-0.1054-0.09924.9325-0.97672.95060.0039-0.07-0.04090.1310.16410.74480.0748-0.3657-0.1530.14550.03540.02290.25540.05120.2705-84.644-69.48218.066
30.9863-0.5695-0.16732.07580.12340.7445-0.02610.04680.0215-0.07120.05070.19910.0225-0.1235-0.02220.1181-0.0145-0.01930.15420.05130.1518-75.631-79.2178.659
40.52510.0123-0.15611.33670.34990.6687-0.02970.05950.0679-0.03030.04540.00530.0152-0.0409-0.00770.14080.0024-0.01530.17590.04480.1702-63.134-70.0945.519
51.55980.2172-0.11882.2375-2.09744.38420.00280.01710.18590.0837-0.0863-0.1905-0.21650.14290.04180.15150.031-0.01410.15540.00140.209-55.29-60.8714.537
60.33910.4137-0.17772.3376-0.57250.7751-0.0002-0.12910.0250.40160.0529-0.0146-0.1401-0.0346-0.04260.26060.0217-0.00190.21340.0180.1842-65.401-66.11831.08
71.44260.05480.13432.2010.03541.01910.01420.12550.0452-0.153-0.0735-0.27150.0610.12910.06270.1374-0.01630.03470.19170.06580.2088-25.514-78.395-2.423
80.95680.0562-0.61261.0044-0.34461.5955-0.0117-0.03630.12180.0468-0.028-0.1736-0.04830.17080.04340.1174-0.009-0.03860.1460.03930.2018-27.925-76.04313.698
90.4323-0.20790.04840.5117-0.11171.7348-0.04180.03620.12790.03270.0064-0.0751-0.0321-0.01720.02950.1489-0.015-0.0180.16340.03690.218-40.524-68.6167.675
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精密化 TLSグループ
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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