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- PDB-7kov: Crystal structure of Azotobacter vinelandii 3-mercaptopropionic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kov
タイトルCrystal structure of Azotobacter vinelandii 3-mercaptopropionic acid dioxygenase in complex with thiocyanate
要素Cysteine dioxygenase type I protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme iron / facial triad / thiocyanate
機能・相同性Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / ferrous iron binding / : / THIOCYANATE ION / Cysteine dioxygenase type I protein
機能・相同性情報
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kiser, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure of 3-mercaptopropionic acid dioxygenase with a substrate analog reveals bidentate substrate binding at the iron center.
著者: York, N.J. / Lockart, M.M. / Sardar, S. / Khadka, N. / Shi, W. / Stenkamp, R.E. / Zhang, J. / Kiser, P.D. / Pierce, B.S.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cysteine dioxygenase type I protein
A: Cysteine dioxygenase type I protein
C: Cysteine dioxygenase type I protein
D: Cysteine dioxygenase type I protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,17114
ポリマ－93,6454
非ポリマー52710
水43224
1
B: Cysteine dioxygenase type I protein
C: Cysteine dioxygenase type I protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1218
ポリマ－46,8222
非ポリマー2996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
2
A: Cysteine dioxygenase type I protein
D: Cysteine dioxygenase type I protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0506
ポリマ－46,8222
非ポリマー2284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.182, 102.182, 301.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13B
23D
14A
24C
15A
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROGLNGLNBA5 - 1955 - 195
21PROPROGLNGLNAB5 - 1955 - 195
12PROPROGLNGLNBA5 - 1955 - 195
22PROPROGLNGLNCC5 - 1955 - 195
13PROPROGLNGLNBA5 - 1955 - 195
23PROPROGLNGLNDD5 - 1955 - 195
14SERSERSERSERAB4 - 1964 - 196
24SERSERSERSERCC4 - 1964 - 196
15SERSERSERSERAB4 - 1964 - 196
25SERSERSERSERDD4 - 1964 - 196
16SERSERSERSERCC4 - 1964 - 196
26SERSERSERSERDD4 - 1964 - 196

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Cysteine dioxygenase type I protein


分子量: 23411.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1DN94
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M HEPES pH 7, 44% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.6 M sodium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 20505 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.468 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Rmerge(I) obs: 2.883 / Num. unique obs: 3185 / CC1/2: 0.468

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XB9

6xb9


解像度: 2.95→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 24.241 / SU ML: 0.395 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 1026 5 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs0.2162 19476 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.4 Å2 / Biso mean: 97.703 Å2 / Biso min: 59.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20.89 Å20 Å2
2--1.78 Å2-0 Å2
3----5.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6124 0 18 24 6166
Biso mean--111.56 81.39 -
残基数----773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0136304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.6418573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0491.57913205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6755769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.60320.495404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60715955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9351572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0370.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021570
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B60150.03
12A60150.03
21B60220.04
22C60220.04
31B60050.04
32D60050.04
41A60490.04
42C60490.04
51A60350.03
52D60350.03
61C60450.04
62D60450.04
LS精密化 シェル解像度: 2.951→3.028 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 73 -
Rwork0.403 1378 -
all-1451 -
obs--98.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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