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- PDB-7koh: Crystal structure of antigen 43 from Escherichia coli EDL933 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7koh
タイトルCrystal structure of antigen 43 from Escherichia coli EDL933
要素Antigen 43
キーワードMICROBIAL PROTEIN / Autotransporters / Biofilm / Bacterial virulence / Bacterial infection
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / periplasmic space / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Autochaperone Domain Type 1 / Autochaperone domain type 1 / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain ...Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Autochaperone Domain Type 1 / Autochaperone domain type 1 / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Vo, J.L. / Paxman, J.J. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)180102987 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)150102287 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1143638 オーストラリア
引用ジャーナル: NPJ Biofilms Microbiomes / 年: 2022
タイトル: Variation of Antigen 43 self-association modulates bacterial compacting within aggregates and biofilms.
著者: Vo, J.L. / Ortiz, G.C.M. / Totsika, M. / Lo, A.W. / Hancock, S.J. / Whitten, A.E. / Hor, L. / Peters, K.M. / Ageorges, V. / Caccia, N. / Desvaux, M. / Schembri, M.A. / Paxman, J.J. / Heras, B.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen 43
B: Antigen 43
C: Antigen 43
D: Antigen 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,20968
ポリマ－228,3384
非ポリマー8,87064
水6,071337
1
A: Antigen 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,42016
ポリマ－57,0851
非ポリマー2,33515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Antigen 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,42519
ポリマ－57,0851
非ポリマー2,34118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Antigen 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,77612
ポリマ－57,0851
非ポリマー1,69211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Antigen 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,58821
ポリマ－57,0851
非ポリマー2,50320
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.550, 178.660, 246.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Antigen 43


分子量: 57084.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: Z1211, Z1651 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9L4

-
非ポリマー , 7種, 401分子

#2: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine) pH 7.4, 27% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50.83 Å / Num. obs: 86188 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.483 / Rpim(I) all: 0.197 / Rrim(I) all: 0.523 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 551091 / Scaling rejects: 61
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.98-3.036.42.5942625141180.3171.0382.7970.992.2
16.05-50.836.10.06540096520.8530.0310.07214.297.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KO9

7ko9


解像度: 2.98→48.78 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 4222 4.9 %
Rwork0.2058 81868 -
obs0.2081 86090 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.97 Å2 / Biso mean: 45.8778 Å2 / Biso min: 3.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.98→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15465 0 387 337 16189
Biso mean--58.28 32.78 -
残基数----2176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18321473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9082424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062869
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.98-3.010.31951120.31292553266592
3.01-3.050.36251450.32632548269392
3.05-3.090.38581300.31982554268493
3.09-3.130.31261410.32662569271093
3.13-3.170.33711450.31052598274394
3.17-3.210.42261230.29852568269193
3.21-3.260.32061390.29672654279395
3.26-3.30.34121180.28692622274094
3.3-3.360.32751390.26452668280795
3.36-3.410.30211490.25822633278296
3.41-3.470.32621300.23722720285096
3.47-3.530.28831410.24232669281096
3.53-3.60.2861430.23672697284097
3.6-3.670.2841540.21822703285797
3.67-3.750.29321190.20772782290198
3.75-3.840.25461440.20362727287198
3.84-3.940.25491540.19622748290299
3.94-4.040.22711180.18752782290099
4.04-4.160.23491540.17282757291199
4.16-4.30.22821500.157627812931100
4.3-4.450.21121450.140828242969100
4.45-4.630.18341550.126928052960100
4.63-4.840.14151440.124628032947100
4.84-5.090.19121360.140128232959100
5.09-5.410.22451470.170428252972100
5.41-5.830.21241300.184628282958100
5.83-6.420.23431510.19528452996100
6.42-7.340.25911490.206628733022100
7.34-9.240.25711470.20612880302799
9.24-48.780.2231700.213330293199100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2466-0.76840.45320.7495-0.22210.0341-0.0380.0418-0.1858-0.14960.043-0.0215-0.07090.01280.00070.2066-0.02080.05430.2671-0.02950.284663.2859-30.40365.3808
20.53660.11560.12760.46740.28130.9491-0.15720.05980.04280.02540.01890.03630.0294-0.112200.263-0.0912-0.05190.377-0.01370.21119.9597-9.4553-20.8032
30.0447-0.13730.03530.1825-0.04630.12990.1318-0.4153-0.0990.7056-0.0228-0.37780.4028-0.1251-0.00130.70140.0611-0.22580.31750.00280.54850.4943-27.443470.4654
40.3755-0.113-0.15940.3072-0.53530.56080.0381-0.1082-0.0135-0.0393-0.1035-0.22230.0689-0.0506-00.3927-0.0235-0.07370.1387-0.00190.285543.5016-18.788157.3385
50.2986-0.16560.36940.5061-0.12290.13460.0256-0.1050.1089-0.0568-0.0642-0.10080.0978-0.094-00.29660.03320.00520.2178-0.03390.233932.1936-2.774841.6401
60.73120.04470.46960.06910.20560.4174-0.178-0.07460.0745-0.1606-0.08810.0692-0.3961-0.1255-00.38690.0564-0.10180.3191-0.04430.283511.74571.441617.7893
70.37790.33350.23540.42420.35840.1447-0.18510.0595-0.05940.0826-0.01710.0907-0.1309-0.1172-00.22450.0572-0.00530.3767-0.09780.2957-2.9081-17.82831.8168
80.1608-0.0247-0.08580.23620.02270.0063-0.46820.3271-0.505-0.72340.47210.19690.00390.28190.00330.3371-0.03950.07180.4521-0.08020.3958-2.4072-25.9036-3.848
90.61940.01060.75991.59071.20922.0657-0.06790.1844-0.09680.06090.2909-0.26830.61250.04610.45030.6456-0.08940.04980.32760.08710.557141.1344-49.343541.3023
100.0982-0.1527-0.09640.7338-0.42830.08280.0169-0.1379-0.0859-0.0041-0.0059-0.07010.0199-0.0139-00.307-0.01360.02780.20690.02350.273247.2423-33.952936.7342
11-0.10130.12990.06160.66-0.06070.2885-0.0620.0964-0.0111-0.0220.10760.0526-0.11850.026400.2445-0.05630.00210.273-0.00120.241761.2772-8.428424.787
120.08190.52880.3080.4545-0.16940.2338-0.1880.09580.2012-0.20570.1244-0.013-0.0410.104400.2933-0.1147-0.01010.4351-0.02860.318181.739813.909335.6069
130.59270.02280.18070.29150.06180.6106-0.1147-0.202-0.00030.09530.0563-0.0056-0.25890.07100.2135-0.0282-0.00520.3629-0.08120.291291.540420.063657.1301
140.102-0.020.11650.0776-0.26840.44960.0094-0.0438-0.02920.2084-0.0050.0002-0.0307-0.175-00.2681-0.09540.07180.3576-0.04930.28049.80062.299880.2546
150.06120.0503-0.03710.2498-0.22570.38710.1110.0584-0.02430.0621-0.1399-0.0043-0.123-0.0251-0.00010.275-0.0287-0.00960.2184-0.00280.241524.567910.619766.8477
160.75570.257-0.00380.31650.13650.3089-0.15510.0786-0.0286-0.03580.1146-0.0444-0.0813-0.0826-00.2809-0.0298-0.01530.16920.00610.22748.694823.707747.0762
171.67350.1528-0.37280.7583-0.07211.0541-0.3745-0.19050.4567-0.1840.3070.0444-0.20310.2159-0.43260.4364-0.0351-0.17530.344-0.13410.614174.21549.512361.3065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 304 )A2 - 304
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 305 through 562 )A305 - 562
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 52 )B1 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 53 through 156 )B53 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 157 through 274 )B157 - 274
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 275 through 432 )B275 - 432
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 433 through 532 )B433 - 532
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 533 through 562 )B533 - 562
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 52 )C1 - 52
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 53 through 156 )C53 - 156
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 157 through 326 )C157 - 326
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 327 through 456 )C327 - 456
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 457 through 562 )C457 - 562
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 100 )D1 - 100
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 101 through 185 )D101 - 185
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 186 through 403 )D186 - 403
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 404 through 561 )D404 - 561

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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