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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7koe | |||||||||
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タイトル | Electron bifurcating flavoprotein Fix/EtfABCX | |||||||||
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![]() | FLAVOPROTEIN/Oxidoreductase / membrane-associated / flavin based electron bifurcation / FLAVOPROTEIN / FLAVOPROTEIN-Oxidoreductase complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Oxidoreductases; Acting on the CH-NH group of donors; With a quinone or similar compound as acceptor / iron-sulfur cluster binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Feng, X. / Li, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryoelectron microscopy structure and mechanism of the membrane-associated electron-bifurcating flavoprotein Fix/EtfABCX. 著者: Xiang Feng / Gerrit J Schut / Gina L Lipscomb / Huilin Li / Michael W W Adams / ![]() 要旨: The electron-transferring flavoprotein-menaquinone oxidoreductase ABCX (EtfABCX), also known as FixABCX for its role in nitrogen-fixing organisms, is a member of a family of electron-transferring ...The electron-transferring flavoprotein-menaquinone oxidoreductase ABCX (EtfABCX), also known as FixABCX for its role in nitrogen-fixing organisms, is a member of a family of electron-transferring flavoproteins that catalyze electron bifurcation. EtfABCX enables endergonic reduction of ferredoxin (°' ∼-450 mV) using NADH (°' -320 mV) as the electron donor by coupling this reaction to the exergonic reduction of menaquinone (°' -80 mV). Here we report the 2.9 Å structure of EtfABCX, a membrane-associated flavin-based electron bifurcation (FBEB) complex, from a thermophilic bacterium. EtfABCX forms a superdimer with two membrane-associated EtfCs at the dimer interface that contain two bound menaquinones. The structure reveals that, in contrast to previous predictions, the low-potential electrons bifurcated from EtfAB are most likely directly transferred to ferredoxin, while high-potential electrons reduce the quinone via two [4Fe-4S] clusters in EtfX. Surprisingly, EtfX shares remarkable structural similarity with mammalian [4Fe-4S] cluster-containing ETF ubiquinone oxidoreductase (ETF-QO), suggesting an unexpected evolutionary link between bifurcating and nonbifurcating systems. Based on this structure and spectroscopic studies of a closely related EtfABCX, we propose a detailed mechanism of the catalytic cycle and the accompanying structural changes in this membrane-associated FBEB system. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 411.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 333.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 110.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Electron transfer flavoprotein, ... , 2種, 4分子 AEBF
#1: タンパク質 | 分子量: 33003.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1530 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 36801.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: Tmari_1539 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 CGDH
#3: タンパク質 | 分子量: 49040.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: Tmari_1540 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: R4P168, Oxidoreductases; Acting on the CH-NH group of donors; With a quinone or similar compound as acceptor #4: タンパク質 | 分子量: 10730.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: Tmari_1541 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-FAD / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: octameric complex of electron bifurcating flavoprotein Fix/EtfABCX タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 284 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9096 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2471763 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285377 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |