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- PDB-7knx: Crystal structure of SND1 in complex with C-26-A6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7knx
タイトルCrystal structure of SND1 in complex with C-26-A6
要素Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Endonuclease / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / mRNA catabolic process ...regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / transcription coregulator activity / osteoblast differentiation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / endonuclease activity / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue ...: / RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QOV / TYROSINE / Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kang, Y.
引用ジャーナル: Nat Cancer / 年: 2022
タイトル: Small-molecule inhibitors that disrupt the MTDH-SND1 complex suppress breast cancer progression and metastasis.
著者: Shen, M. / Wei, Y. / Kim, H. / Wan, L. / Jiang, Y.Z. / Hang, X. / Raba, M. / Remiszewski, S. / Rowicki, M. / Wu, C.G. / Wu, S. / Zhang, L. / Lu, X. / Yuan, M. / Smith, H.A. / Zheng, A. / ...著者: Shen, M. / Wei, Y. / Kim, H. / Wan, L. / Jiang, Y.Z. / Hang, X. / Raba, M. / Remiszewski, S. / Rowicki, M. / Wu, C.G. / Wu, S. / Zhang, L. / Lu, X. / Yuan, M. / Smith, H.A. / Zheng, A. / Bertino, J. / Jin, J.F. / Xing, Y. / Shao, Z.M. / Kang, Y.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
B: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
C: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
D: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,87210
ポリマ－147,1884
非ポリマー1,6846
水10,088560
1
A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3313
ポリマ－36,7971
非ポリマー5342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1502
ポリマ－36,7971
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1502
ポリマ－36,7971
非ポリマー3531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2423
ポリマ－36,7971
非ポリマー4452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.127, 81.880, 81.882
Angle α, β, γ (deg.)83.770, 70.890, 70.910
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA18 - 32823 - 322
21ASPASPBB18 - 32823 - 322
12ASPASPAA18 - 32823 - 322
22ASPASPCC18 - 32823 - 322
13ASPASPAA18 - 32823 - 322
23ASPASPDD18 - 32823 - 322
14ASPASPBB18 - 32823 - 322
24ASPASPCC18 - 32823 - 322
15VALVALBB18 - 33023 - 324
25VALVALDD18 - 33023 - 324
16ASPASPCC18 - 32823 - 322
26ASPASPDD18 - 32823 - 322

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1 / 100 kDa coactivator / EBNA2 coactivator p100 / Tudor domain-containing protein 11 / p100 co-activator


分子量: 36796.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains the deletions 65-70 and 235-239 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SND1, TDRD11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q7KZF4, micrococcal nuclease
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物
ChemComp-QOV / 5-chloro-2-methoxy-N-(2-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-8-yl)benzene-1-sulfonamide


分子量: 352.796 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13ClN4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 MES-NaOH pH 6.2, 0.9 M trisodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 37571 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2776 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.787 / SU B: 35.2 / SU ML: 0.418 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 1849 4.9 %RANDOM
Rwork0.2596 ---
obs0.2632 35722 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.94 Å2 / Biso mean: 55.537 Å2 / Biso min: 11.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3 Å20.48 Å2-1.53 Å2
2--0.64 Å20.64 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9317 0 110 560 9987
Biso mean--52.41 36.16 -
残基数----1168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0199616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.97112970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.018321077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78751154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33322.839465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92151715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.415111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022028
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A182360.05
12B182360.05
21A179720.06
22C179720.06
31A178460.05
32D178460.05
41B181180.05
42C181180.05
51B179620.06
52D179620.06
61C177660.06
62D177660.06
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 86 -
Rwork0.32 2678 -
all-2764 -
obs--95.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44740.0677-1.06051.5406-0.48953.05290.0986-0.028-0.1047-0.12570.09320.03590.0668-0.2234-0.19180.3251-0.09540.00930.04370.01450.022949.91753.361-39.413
22.99220.94520.24582.78190.31951.33290.14150.1167-0.068-0.1479-0.16280.2442-0.0927-0.03050.02130.3945-0.0310.01610.0291-0.03050.035436.70537.457-72.73
33.8335-0.92410.06132.515-0.01491.68340.0471-0.1345-0.08810.0999-0.10560.1810.1918-0.01330.05860.3482-0.12750.08310.0564-0.03170.048836.3619.463-55.191
43.0996-0.31821.15221.4826-0.59712.92860.0431-0.01640.16560.18420.12760.0144-0.1848-0.2241-0.17070.4201-0.05160.07480.05750.0160.042723.37570.564-88.833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 328
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2B18 - 330
4X-RAY DIFFRACTION2B2001
5X-RAY DIFFRACTION3C18 - 328
6X-RAY DIFFRACTION3C2001
7X-RAY DIFFRACTION4D18 - 330
8X-RAY DIFFRACTION4D1001 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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