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万見
- PDB-7knv: Solution NMR structure of CDHR3 extracellular domain EC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7knv
タイトルSolution NMR structure of CDHR3 extracellular domain EC1
要素Cadherin-related family member 3
キーワードCELL ADHESION / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synaptic cleft / axon terminus / adherens junction / cell morphogenesis ...cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synaptic cleft / axon terminus / adherens junction / cell morphogenesis / beta-catenin binding / cell migration / virus receptor activity / cadherin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cadherin-related family member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lee, W. / Tonelli, M. / Frederick, R.O. / Watters, K.E. / Markley, J.L. / Palmenberg, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103399 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19-AI070503 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Solution NMR Determination of the CDHR3 Rhinovirus-C Binding Domain, EC1
著者: Lee, W. / Frederick, R.O. / Tonelli, M. / Palmenberg, A.C.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-related family member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8094
ポリマ－13,6881
非ポリマー1203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8590 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-related family member 3 / Cadherin-like protein 28


分子量: 13688.275 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain EC1, residues 21-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDHR3, CDH28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZTQ4
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
1141isotropic12D 1H-15N HSQC
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic23D HN(CA)CO
161isotropic23D HNCO
171isotropic23D HBHA(CO)NH
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY
191isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic33D (H)CCH-COSY
1111isotropic23D NOESY 1H-15N HSQC
1121isotropic23D NOESY 1H-13C HSQC aliphatic
1131isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CDHR3 extracellular domain EC1, 50 mM HEPES, 300 mM potassium chloride, 10 mM calcium chloride, 0.05 % w/v sodium azide, 10 % v/v [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMCDHR3 extracellular domain EC1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMHEPESnatural abundance1
300 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMcalcium chloridenatural abundance1
0.05 % w/vsodium azidenatural abundance1
10 % v/vD2O[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 380 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Varian VNMRVarianVNMR6002
Varian VNMRVarianVNMR8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli, Markleypeak picking
I-PINELee, Bahrami, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler and Markleychemical shift assignment
PONDEROSA-C/SLee, Petit, Cornilescu, Stark and Markleystructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing5
simulated annealing6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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