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- PDB-7kmv: Structure of Malaysian Banana Lectin F84T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kmv
タイトルStructure of Malaysian Banana Lectin F84T
要素Jacalin-type lectin domain-containing protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / MANNOSE-SPECIFIC JACALIN-RELATED LECTIN
機能・相同性Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / carbohydrate binding / Jacalin-type lectin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Musa acuminata (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-15-1-0067 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Targeted disruption of pi-pi stacking in Malaysian banana lectin reduces mitogenicity while preserving antiviral activity.
著者: Coves-Datson, E.M. / King, S.R. / Legendre, M. / Swanson, M.D. / Gupta, A. / Claes, S. / Meagher, J.L. / Boonen, A. / Zhang, L. / Kalveram, B. / Raglow, Z. / Freiberg, A.N. / Prichard, M. / ...著者: Coves-Datson, E.M. / King, S.R. / Legendre, M. / Swanson, M.D. / Gupta, A. / Claes, S. / Meagher, J.L. / Boonen, A. / Zhang, L. / Kalveram, B. / Raglow, Z. / Freiberg, A.N. / Prichard, M. / Stuckey, J.A. / Schols, D. / Markovitz, D.M.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Jacalin-type lectin domain-containing protein
B: Jacalin-type lectin domain-containing protein
C: Jacalin-type lectin domain-containing protein
D: Jacalin-type lectin domain-containing protein
E: Jacalin-type lectin domain-containing protein
F: Jacalin-type lectin domain-containing protein
G: Jacalin-type lectin domain-containing protein
H: Jacalin-type lectin domain-containing protein
I: Jacalin-type lectin domain-containing protein
J: Jacalin-type lectin domain-containing protein
K: Jacalin-type lectin domain-containing protein
L: Jacalin-type lectin domain-containing protein
M: Jacalin-type lectin domain-containing protein
N: Jacalin-type lectin domain-containing protein
O: Jacalin-type lectin domain-containing protein
P: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,66736
ポリマ－259,74616
非ポリマー1,92120
水35,8321989
1
A: Jacalin-type lectin domain-containing protein
B: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6604
ポリマ－32,4682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
2
C: Jacalin-type lectin domain-containing protein
D: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7565
ポリマ－32,4682
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
3
E: Jacalin-type lectin domain-containing protein
F: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8536
ポリマ－32,4682
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
4
G: Jacalin-type lectin domain-containing protein
H: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6604
ポリマ－32,4682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
5
I: Jacalin-type lectin domain-containing protein
J: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6604
ポリマ－32,4682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
6
K: Jacalin-type lectin domain-containing protein
L: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7565
ポリマ－32,4682
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
7
M: Jacalin-type lectin domain-containing protein
N: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6604
ポリマ－32,4682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
8
O: Jacalin-type lectin domain-containing protein
P: Jacalin-type lectin domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6604
ポリマ－32,4682
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.247, 157.871, 204.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Jacalin-type lectin domain-containing protein


分子量: 16234.124 Da / 分子数: 16 / 変異: F84T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Musa acuminata (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M0TZ81
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.8M Ammonium Sulfate, 5% Peg 400, 0.1M MES 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 234462 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 21.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 1657573
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.836.90.662115700.9180.2710.7160.65999.5
1.83-1.866.90.578115340.9270.2360.6250.68399.6
1.86-1.96.90.492116310.960.2010.5320.73999.7
1.9-1.946.90.461116360.940.1880.4980.93999.7
1.94-1.9870.342116020.9660.1390.370.76899.7
1.98-2.0370.272116660.9790.1110.2950.76799.8
2.03-2.0870.258116140.9790.1060.280.94299.9
2.08-2.1370.207116640.9890.0840.2240.84699.9
2.13-2.27.10.185116480.990.0750.20.85499.9
2.2-2.2770.215116590.9870.0880.2321.13899.9
2.27-2.357.10.163117310.9940.0660.1770.91299.9
2.35-2.447.10.141116590.9930.0570.1520.904100
2.44-2.557.10.118117480.9960.0480.1280.88599.9
2.55-2.697.20.101116850.9960.0410.1090.90499.9
2.69-2.867.30.085117450.9970.0340.0910.921100
2.86-3.087.30.075117880.9970.030.0811.056100
3.08-3.397.30.064118360.9980.0260.0691.19100
3.39-3.887.30.056118480.9980.0220.061.14299.9
3.88-4.887.10.047118920.9980.0190.0510.95899.3
4.88-5070.045123060.9980.0190.0490.7999.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BMY

2bmy


解像度: 1.8→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 11266 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 229852 97.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 146.48 Å2 / Biso mean: 22.7 Å2 / Biso min: 6.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2773 Å20 Å20 Å2
2---0.3116 Å20 Å2
3---0.0343 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16876 0 100 1989 18965
Biso mean--85.39 33.83 -
残基数----2245
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5654SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3007HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17471HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20808SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17471HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg23714HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.05
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2235 212 4.61 %
Rwork0.2045 4386 -
all0.2054 4598 -
obs--74.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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