PDB-7kma: Crystal structure of eif2Balpha with a ligand.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kma

タイトル

Crystal structure of eif2Balpha with a ligand.

要素

Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Translation initiation factor eif-2b / translation factor activity / RNA binding / translation regulator activity / nucleic acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / response to glucose / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / translational initiation / response to peptide hormone / T cell receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Nocek, B. / Hao, Q. / Remarcik, C. / Stoll, V. / Wong, Y. / Sidrauski, C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Sugar phosphate activation of the stress sensor eIF2B.
著者: Qi Hao / Jin-Mi Heo / Boguslaw P Nocek / Kevin G Hicks / Vincent S Stoll / Clint Remarcik / Sean Hackett / Lauren LeBon / Rinku Jain / Dan Eaton / Jared Rutter / Yao Liang Wong / Carmela Sidrauski /

要旨: The multi-subunit translation initiation factor eIF2B is a control node for protein synthesis. eIF2B activity is canonically modulated through stress-responsive phosphorylation of its substrate eIF2. ...

履歴

登録	2020年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7kma_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
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CIF形式データ	7kma_validation.cif.gz	108.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kma	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	22924C 7kmfC 3ecsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kma-3 6n0z-2 1uus-d 3znq-1 5j60-1 1uur-d 7kma-4 5mpo-d 3g3e-1 1yis-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

C: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

D: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

E: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

F: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

G: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

H: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

ヘテロ分子

279 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

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ヘテロ分子

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2

B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

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ヘテロ分子

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3

D: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

E: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

ヘテロ分子

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4

F: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

G: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.200, 155.540, 140.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.893, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha

分子量: 34663.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B1, EIF2BA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14232

#2: 糖

ChemComp-M6P / 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / ALPHA-D-MANNOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 6-O-phosphono-D-mannose / 6-O-phosphono-mannose / α-D-マンノピラノ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン

分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 12% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 100 mM ammonium sulfate, 0.5% octyl-beta-glucoside, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→55.61 Å / Num. obs: 150142 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 59.66 Å² / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 15063 / R_pim(I) all: 0.32 / % possible all: 99.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3916	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ECS

3ecs

解像度: 2.7→55.61 Å / SU ML: 0.3434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.4496
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	3881	5.09 %
R_work	0.1909	72313	-
obs	0.1933	76194	93.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→55.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16840	0	132	153	17125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	17290
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9255	23505
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0574	2896
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	2936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.6091	6013

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.3885	120	0.3122	2719	X-RAY DIFFRACTION	96.7
2.73-2.77	0.3043	158	0.2707	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.77-2.8	0.2889	136	0.2434	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.8-2.84	0.2963	146	0.2403	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.84-2.88	0.3166	134	0.2366	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.88-2.92	0.2988	173	0.2294	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.92-2.97	0.2852	173	0.2353	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.97-3.02	0.306	137	0.2418	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.02-3.07	0.2823	141	0.2448	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.07-3.13	0.317	148	0.2532	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.19	0.3398	124	0.2253	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.19-3.25	0.2603	131	0.2177	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.25-3.32	0.2747	164	0.2083	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.32-3.4	0.2702	120	0.2094	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.4-3.41	0.2172	13	0.2204	240	X-RAY DIFFRACTION	73.55
3.49-3.58	0.2699	150	0.208	2516	X-RAY DIFFRACTION	97.05
3.58-3.68	0.2637	116	0.2048	2050	X-RAY DIFFRACTION	75.05
3.68-3.8	0.26	141	0.1938	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.8-3.94	0.2122	81	0.1812	1690	X-RAY DIFFRACTION	60.73
3.94-4.1	0.2342	125	0.1773	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.03
4.1-4.28	0.209	169	0.1627	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.35
4.28-4.51	0.2036	180	0.1515	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.07
4.51-4.79	0.1882	155	0.1474	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.24
4.79-5.16	0.2035	130	0.1618	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.52
5.16-5.68	0.2237	173	0.1821	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.62
5.68-6.5	0.2482	161	0.2002	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.25
6.5-8.18	0.2243	146	0.1736	2743	X-RAY DIFFRACTION	98.8
8.19-55.61	0.182	136	0.1695	2795	X-RAY DIFFRACTION	98.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.21396300707	-0.608521300992	1.88000750484	3.0854442101	0.936578333616	7.91066468865	0.0757267438283	0.637458805347	-0.105627006617	-0.461163133657	-0.140350625097	-0.241677304098	0.952074555783	0.249127512388	-0.0711146565929	0.67999701603	0.00501661796902	0.201855823574	0.671619494637	0.0172632942909	0.604601672891	42.2145948009	52.8598465228	81.2923785229
2	3.91753166512	1.62736338091	2.56539115344	2.55611713135	0.144414840556	6.99463252029	-0.361672676735	0.615801229977	0.0347013774602	-0.613083757691	0.135602851628	-0.347344285466	-0.397619541971	0.344920353431	0.220071522729	0.394786801409	0.0702774822182	0.0783442727417	0.579453362913	0.110055288336	0.510571483009	44.6617409514	68.0124501494	92.8175694227
3	2.39376013991	0.666763934408	1.21329244219	1.80274733075	-0.203990787992	3.24356956331	-0.128444291787	0.0117407712494	-0.108370553501	-0.00203787590268	-0.0325811332492	-0.130277054359	0.127585948686	0.165613801618	0.129523003077	0.228024964096	0.0707153584044	0.0928465560709	0.444556309338	0.117711405209	0.386089217467	38.8884252232	60.9230566417	105.687535595
4	0.93939879995	0.0436922548681	0.639862227741	3.94012596918	-1.24326703426	1.5960481345	-0.336072647802	0.658253527842	-0.56012997406	0.303634813688	0.903343366689	1.53997500803	0.0563505604552	-0.665769558025	-0.541436162529	0.48868999105	-0.0195433802972	0.201045663056	0.80305982352	-0.0284494875599	1.20213615003	-7.60648733893	48.5734009358	101.428007623
5	4.84140644464	0.0936492763405	3.34828780931	2.12235138566	-2.99463260463	8.31892599277	-0.364620542949	0.248901999787	-1.52717913852	0.173219432115	0.715671950324	-0.716176437665	0.934585152283	0.379759150779	-0.422565295112	0.771388379148	0.104864809628	0.175282870127	0.877405735935	-0.0987545368936	1.125418822	1.5395870978	44.8276504641	104.926569776
6	1.70539046594	1.30069895608	-0.0652458891795	7.33206276708	-1.56960527815	0.364966872897	-0.0584701896056	0.553400019672	-1.04725214361	0.0901233823973	-0.27180731387	-0.814705222618	0.45080947153	0.245292060465	0.245190307145	0.460280513152	-0.108160989021	0.0484248381834	0.759016753145	-0.36381454306	1.23149173342	8.97134045221	50.0135388299	108.054242104
7	6.24562525645	0.171280028488	2.24943376557	2.90274046369	-0.948747583632	4.17375903366	-0.616040137733	-0.319979209381	-0.0741431744567	1.15940211676	0.422487146056	0.282757676331	-0.181858256736	-0.590840167402	0.0382526060501	0.618755478849	0.0548506773189	0.104942530524	0.888313111492	0.0698169829756	0.429491019394	1.81351633909	64.0219523795	109.287092711
8	2.30107635416	-1.02400656668	0.792322314551	3.00474194658	-0.72373874195	3.14547111115	-0.0622802255791	-0.285388431125	-0.201619564574	-0.0884449795241	0.130829792444	0.104639768539	0.0310635288125	-0.216168119214	-0.0569251400469	0.202569804804	-0.0557977607814	0.0239965683606	0.352241162341	0.0639998792796	0.287632910588	4.20846604096	68.1882494491	91.2793206834
9	4.95988540221	-0.424026988054	1.99391279979	4.12726785757	-1.53287135607	5.66422387327	0.360539474826	-0.271835799721	0.165811940193	0.543518223426	-0.398799877842	-0.861871229235	0.519603894356	0.290873010785	0.0057821183313	0.603699167587	-0.0132866202753	-0.0934566070978	0.606133595982	0.20062680555	0.748605798666	48.7312738106	44.4028764756	150.363532945
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15	2.61897811411	-0.641035117602	0.717342709509	4.55082737846	-0.727800415855	2.68547013157	-0.158803948156	-0.419138592877	0.117039145285	0.568489429567	0.135339421625	-0.129536999184	-0.0213346428753	-0.211445058412	0.0252987135505	0.407424839575	0.0235234283245	-0.0379561862656	0.483092715483	-0.0518888615578	0.277954746313	28.6583581643	82.8664133174	145.294874516
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17	1.06637461911	-0.457599915011	-0.159226935057	0.554079970429	0.119795850426	5.52997624859	0.156916316525	-0.0421772193327	0.034178966056	-0.149855009137	0.046076245579	0.020466485566	0.155437602885	0.169486595721	-0.188745974233	0.383881553656	-0.0787289978282	-0.00880134136606	0.275825875759	0.0252225773775	0.451484135619	35.302630232	97.5951346958	93.8635928
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21	5.54043667966	-0.665306728512	0.994485228764	2.67594740396	-0.139281286513	3.97405363509	0.115039255686	0.396151891832	0.186376456334	-0.497306062753	-0.130468200791	0.598432386119	-0.257806154609	-0.603425983507	0.048706304702	0.918800123724	0.00599994230387	-0.0981029829507	0.723095077244	-0.031226708952	0.471493855018	-6.09995695814	86.4894962477	46.6249993792
22	2.30568601835	-0.416130955825	-0.311320061755	3.52701933198	-0.488395061835	2.9956470631	-0.0174400369174	0.183440619382	-0.0886184272054	-0.43245895192	0.0270395448768	-0.0362931252239	-0.107825508948	-0.0637889678671	-0.0177240873931	0.394324419668	-0.0689577177639	-0.0263994211445	0.280464944971	-0.0121483910854	0.292192948075	8.20287591024	74.432831717	64.0548519534

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 85 )	A	A	2 - 85	1 - 77
2	2	chain 'A' and (resid 86 through 143 )	A	A	86 - 143	78 - 135
3	3	chain 'A' and (resid 144 through 306 )	A	A	144 - 306	136 - 287
4	4	chain 'B' and (resid 4 through 21 )	B	D	4 - 21	1 - 18
5	5	chain 'B' and (resid 22 through 62 )	B	D	22 - 62	19 - 49
6	6	chain 'B' and (resid 63 through 92 )	B	D	63 - 92	50 - 66
7	7	chain 'B' and (resid 93 through 118 )	B	D	93 - 118	67 - 92
8	8	chain 'B' and (resid 119 through 306 )	B	D	119 - 306	93 - 268
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 118 )	C	F	1 - 118	1 - 118
10	10	chain 'C' and (resid 119 through 306 )	C	F	119 - 306	119 - 294
11	11	chain 'D' and (resid 1 through 86 )	D	H	1 - 86	1 - 76
12	12	chain 'D' and (resid 87 through 170 )	D	H	87 - 170	77 - 160
13	13	chain 'D' and (resid 171 through 306 )	D	H	171 - 306	161 - 284
14	14	chain 'E' and (resid 3 through 114 )	E	J	3 - 114	1 - 101
15	15	chain 'E' and (resid 115 through 305 )	E	J	115 - 305	102 - 278
16	16	chain 'F' and (resid 1 through 118 )	F	L	1 - 118	1 - 112
17	17	chain 'F' and (resid 119 through 306 )	F	L	119 - 306	113 - 287
18	18	chain 'G' and (resid 1 through 62 )	G	N	1 - 62	1 - 60
19	19	chain 'G' and (resid 63 through 143 )	G	N	63 - 143	61 - 141
20	20	chain 'G' and (resid 144 through 306 )	G	N	144 - 306	142 - 290
21	21	chain 'H' and (resid 1 through 114 )	H	P	1 - 114	1 - 112
22	22	chain 'H' and (resid 115 through 306 )	H	P	115 - 306	113 - 289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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