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- PDB-7km3: Dodecameric Structure of the Chlamydia trachomatis Flavin Prenylt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7km3
タイトルDodecameric Structure of the Chlamydia trachomatis Flavin Prenyltransferase UbiX Ortholog CT220 with FMN and DMAP
要素Flavin prenyltransferase UbiX
キーワードTRANSFERASE / Chlamydia
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Dimethylallyl monophosphate / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavin prenyltransferase UbiX
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Nguyen, T. / Nicely, N.I. / Belaia-Martiniouk, A. / Dunne, A.P. / McCafferty, D.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI107951 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Functional and structural validation of CT220 as the UbiX-like flavin prenyltransferase from Chlamydial menaquinone biosynthesis
著者: Nguyen, T. / Nicely, N.I. / Belaia-Martiniouk, A. / Dunne, A.P. / McCafferty, D.G.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Flavin prenyltransferase UbiX
I: Flavin prenyltransferase UbiX
A: Flavin prenyltransferase UbiX
B: Flavin prenyltransferase UbiX
C: Flavin prenyltransferase UbiX
D: Flavin prenyltransferase UbiX
E: Flavin prenyltransferase UbiX
F: Flavin prenyltransferase UbiX
G: Flavin prenyltransferase UbiX
H: Flavin prenyltransferase UbiX
J: Flavin prenyltransferase UbiX
K: Flavin prenyltransferase UbiX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,20036
ポリマ－263,73012
非ポリマー7,46924
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.270, 151.224, 167.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_5ens_1(chain "E" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_6ens_1(chain "F" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_7ens_1(chain "G" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_8ens_1(chain "H" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_9ens_1(chain "I" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_10ens_1(chain "J" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_11ens_1(chain "K" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))
d_12ens_1(chain "L" and (resid 2 through 71 or resid 83 through 186))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSSERC2 - 71
d_12ens_1ILELYSC80 - 183
d_21ens_1LYSSERD2 - 71
d_22ens_1ILELYSD79 - 182
d_31ens_1LYSSERE2 - 71
d_32ens_1ILELYSE83 - 186
d_41ens_1LYSSERF2 - 71
d_42ens_1ILELYSF83 - 186
d_51ens_1LYSSERG2 - 71
d_52ens_1ILELYSG79 - 182
d_61ens_1LYSSERH2 - 71
d_62ens_1ILELYSH83 - 186
d_71ens_1LYSSERI2 - 71
d_72ens_1ILELYSI78 - 181
d_81ens_1LYSSERJ2 - 71
d_82ens_1ILELYSJ79 - 182
d_91ens_1LYSSERB2 - 71
d_92ens_1ILELYSB73 - 176
d_101ens_1LYSSERK2 - 71
d_102ens_1ILELYSK83 - 186
d_111ens_1LYSSERL2 - 71
d_112ens_1ILELYSL83 - 186
d_121ens_1LYSSERA1 - 70
d_122ens_1ILELYSA72 - 175

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.393871468361, 0.833656878723, 0.387145289224), (-0.135230789415, 0.364051849642, -0.921509025657), (-0.909163296666, -0.415310076123, -0.0306535587671)-57.7079877497, -18.0911073963, -55.0597972372
2given(0.963435192835, 0.0576503382207, 0.26166594679), (0.257765907156, -0.46599503147, -0.84640732969), (0.0731393622799, 0.882907169043, -0.463816304734)2.04033901495, 1.65234555119, -20.7599017919
3given(-0.095635316685, -0.124472178079, -0.987603444246), (-0.125518883149, -0.982723654457, 0.136011870597), (-0.987470959662, 0.136970419634, 0.0783594791323)-62.9409281916, 0.935218664735, -57.3213308102
4given(-0.615920608307, 0.726722774482, 0.304164122329), (0.7371262323, 0.395366843421, 0.548023700929), (0.278004895494, 0.561746444735, -0.779201007384)-68.4505501695, 41.9768684775, -15.7816861265
5given(-0.433170769832, -0.765799604337, 0.475304165941), (0.89398763426, -0.432144781434, 0.118477836194), (0.114669934825, 0.476237182375, 0.871807864251)-53.7365540118, 43.9977396121, 2.02478283314
6given(-0.155777451317, -0.824432788593, 0.544099221423), (-0.37529050275, 0.55891702952, 0.739438160131), (-0.913723384951, -0.0890074783617, -0.396468466071)-40.4313950795, -4.62317205305, -61.5038083416
7given(-0.317143588749, -0.656402084199, 0.684511685784), (-0.615630617182, -0.406538748961, -0.675074209833), (0.721400642711, -0.635501809166, -0.275170062404)-45.9777214304, -34.2114102594, 14.0709026521
8given(0.967502935831, 0.251237286842, 0.028598861127), (0.0938655686053, -0.461868092849, 0.881967754421), (0.234792087149, -0.85062194335, -0.470441266582)-1.89829144281, 21.270826064, -10.525657748
9given(-0.168618575687, -0.355290803245, -0.919421677503), (-0.828559701104, 0.556341496645, -0.0630314272199), (0.533906918517, 0.751167480819, -0.388189152501)-64.1279284887, -36.7468455107, 0.885408701695
10given(-0.35262283116, -0.143243409181, -0.924736970533), (0.85407905287, 0.354534336169, -0.380597393483), (0.382369076147, -0.924005806369, -0.00267570611969)-72.7881188519, 33.1672992148, 3.5578764157
11given(-0.473781164725, 0.873905264499, 0.108724406793), (-0.746725048629, -0.464107674349, 0.476451223485), (0.466833064062, 0.144546377648, 0.872452425641)-65.4359986121, -22.7223177388, 18.4579069066

-
要素

#1: タンパク質
Flavin prenyltransferase UbiX


分子量: 21977.537 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: ubiX, CT_220 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O84222, flavin prenyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-4LR / Dimethylallyl monophosphate / りん酸イソペンテニル


分子量: 166.112 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM Magnesium Acetate Tetrahydrate, 20% PEG-3350 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 107415 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.49 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5295 / CC1/2: 0.903 / Χ2: 1.09 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zaf

4zaf


解像度: 2.26→43.58 Å / SU ML: 0.3048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.5766
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 2000 1.86 %
Rwork0.1996 105304 -
obs0.2004 107304 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→43.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16822 0 492 525 17839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008617629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.063124103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06442986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00622923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.19656399
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.539225045159
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.517635641245
ens_1d_4CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.627884810621
ens_1d_5CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.623182030352
ens_1d_6CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.493532528515
ens_1d_7CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.612416901269
ens_1d_8CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.633559758581
ens_1d_9CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.769779573205
ens_1d_10CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.58582453063
ens_1d_11CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.569700862693
ens_1d_12CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.663688729488
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.310.37351300.28426868X-RAY DIFFRACTION92.18
2.31-2.380.28421420.25187479X-RAY DIFFRACTION99.97
2.38-2.450.31981430.24777492X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.530.30891410.24667470X-RAY DIFFRACTION99.99
2.53-2.620.2961430.24197501X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.720.27981420.2417507X-RAY DIFFRACTION99.93
2.72-2.840.29481440.23887520X-RAY DIFFRACTION99.96
2.84-2.990.30321420.23637506X-RAY DIFFRACTION99.99
2.99-3.180.3171440.22597545X-RAY DIFFRACTION99.94
3.18-3.430.25951440.22157569X-RAY DIFFRACTION99.95
3.43-3.770.26271440.20417577X-RAY DIFFRACTION99.96
3.77-4.320.19131440.16457648X-RAY DIFFRACTION99.96
4.32-5.440.1731460.14927676X-RAY DIFFRACTION99.96
5.44-43.580.17651510.16367946X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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